Gdybyś chciał wszystkich pytań, które miały wszystkie trzy z tych tagów, twoje zapytanie by wyglądało:

$questions = Question::whereHas('tags', function($q) {
    $q->where('name', 'Travel');
})->whereHas('tags', function($q) {
    $q->where('name', 'Trains');
})->whereHas('tags', function($q) {
    $q->where('name', 'Culture');
})->get();
Irfan