Obecnie pracuję nad modelem regresji logistycznej dla genomiki. Jednym z pól wejściowych, które chcę uwzględnić jako zmienną towarzyszącą, jest genes. Istnieje około 24 000 znanych genów. Istnieje wiele funkcji o tym poziomie zmienności w biologii obliczeniowej i potrzebne są setki tysięcy próbek.
- Jeśli ja
LabelEncoder()te geny 24K - a potem
OneHotEncoder()oni ...
Czy 24 000 kolumn sprawi, że moje czasy treningów z kamerami będą nieuzasadnione dla czterordzeniowego procesora i7 2,2 GHz?
Jeśli tak, to czy mogę zastosować inne podejście do kodowania?
Czy powinienem w jakiś sposób spróbować poświęcić warstwę mojego modelu tej funkcji?
Czy to oznacza, że potrzebuję 24K węzłów wejściowych?
machine-learning
keras
scikit-learn
HashRocketSyntax
źródło
źródło
Odpowiedzi:
Tak, użycie kodowania „na gorąco” dla funkcji 24k wymaga 24k węzłów wejściowych. Nie powinno to jednak stanowić problemu dla Keras (ani żadnej innej biblioteki do głębokiego uczenia się). Przetwarzanie języka naturalnego często wykorzystuje jedno-gorące kodowanie słów o rozmiarze słownictwa na tym samym boisku.
Jeśli używasz modelu „głębokiego”, jedna z ukrytych warstw powinna zadbać o zmniejszenie wymiarów danych. Oddzielny etap wstępnego przetwarzania zwykle nie jest potrzebny.
Czas szkolenia nie powinien być nierozsądny.
źródło
Osadzanie encji dla zmiennych kategorialnych ( oryginalny pager ) byłoby tutaj bardzo odpowiednim podejściem. Czytaj tutaj lub tutaj . Właściwie umieściłem fragmenty kodów tu i tam i zrobiłem pełną działającą implementację, zobacz to git repo. To z łatwością radzi sobie z bardzo dużymi zmiennymi kategorialnymi za pomocą sieci neuronowych. Nie wymienię zalet i wad BHP, wystarczy go Google, ale jedną z jego głównych wad jest esp. gdy ma się bardzo wysoką kardynalną zmienną kategorialną, drastycznie zwiększa się niepotrzebnie przestrzeń cech, co moim zdaniem nie jest idealne. Co ważniejsze, OHE, o ile mi wiadomo, nie uwzględnia semantycznego związku między kategoriami, jeśli istnieje taki związek! Osadzanie jednostek jest jednak pojęciem osadzania słów w NLP. Wagi, których uczy się kodowania kategorii, mogą potencjalnie uchwycić relacje wewnątrz kategorii.
źródło
Zasadniczo tę liczbę genów należy zredukować do znacznie mniejszego zestawu znaczących cech. Następnie zredukowany zestaw funkcji może być użyty w modelu. Na przykład analiza głównych składników (PCA) jest jedną z najpopularniejszych technik redukcji i została wykorzystana do danych dotyczących ekspresji genów .
„ Uczenie maszynowe dla integracji danych w biologii i medycynie: zasady, praktyka i możliwości” Zitnika i in. obejmuje różnorodne techniki inżynierii cech genów.
źródło