Polecenie R do ustawiania katalogu roboczego na lokalizację pliku źródłowego w Rstudio

Opracowuję kilka tutoriali w R. Każdy kod R jest zawarty w określonym folderze. Tam są pliki danych i inne pliki. Chcę otworzyć .rplik i pobrać z niego źródła w taki sposób, że nie muszę zmieniać katalogu roboczego w Rstudio, jak pokazano poniżej:

Czy istnieje sposób, aby automatycznie określić mój katalog roboczy w R.

Aby uzyskać lokalizację źródła skryptu, możesz użyć utils::getSrcDirectorylub utils::getSrcFilename. Tak więc zmianę katalogu roboczego na katalog bieżącego pliku można wykonać za pomocą:

setwd(getSrcDirectory()[1])

To nie działa w RStudio jeśli Uruchom kod zamiast Źródło ing go. W tym celu musisz użyć rstudioapi::getActiveDocumentContext.

setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path))

To drugie rozwiązanie wymaga oczywiście używania RStudio jako IDE.

Wiem, że to pytanie jest nieaktualne, ale szukałem rozwiązania również na to, a Google wyświetla to na samej górze:

this.dir <- dirname(parent.frame(2)$ofile)
setwd(this.dir)

umieść to gdzieś w pliku (najlepiej jednak na początku), aby wd był zmieniany zgodnie z tym plikiem.

Zgodnie z komentarzami może to niekoniecznie działać na każdej platformie (wydaje się, że Windows działa, dla niektórych Linux / Mac). Należy pamiętać, że to rozwiązanie służy do „pozyskiwania” plików, a nie do uruchamiania fragmentów tego pliku.

zobacz także pobierz nazwę pliku i ścieżkę do pliku `source`d

dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)

działa dla mnie, ale jeśli nie chcesz używać rstudioapi i nie jesteś w proyect, możesz użyć symbolu ~ na swojej ścieżce. Symbol ~ odnosi się do domyślnego katalogu roboczego RStudio (przynajmniej w systemie Windows).

Jeśli katalog roboczy RStudio to „D: / Documents”, setwd("~/proyect1") jest taki sam jak setwd ("D: / Documents / proyect1").

Gdy to ustawienie, można przejść do podkatalogu: read.csv("DATA/mydata.csv"). Jest taki sam jak read.csv("D:/Documents/proyect1/DATA/mydata.csv").

Jeśli chcesz przejść do folderu nadrzędnego, możesz użyć "../". Na przykład: read.csv("../olddata/DATA/mydata.csv")co jest tym samym, coread.csv("D:/Documents/oldata/DATA/mydata.csv")

To dla mnie najlepszy sposób na kodowanie skryptów, niezależnie od używanego komputera.

W przypadku rstudio możesz automatycznie ustawić katalog roboczy na katalog skryptów za pomocą rstudioapi w ten sposób:

library(rstudioapi)

# Getting the path of your current open file
current_path = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path 
setwd(dirname(current_path ))
print( getwd() )

Działa to podczas uruchamiania lub tworzenia źródła pliku.

Najpierw musisz zainstalować pakiet rstudioapi. Zauważ, że drukuję ścieżkę, aby mieć 100% pewności, że jestem we właściwym miejscu, ale jest to opcjonalne.

Ta odpowiedź może pomóc:

script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)

Uwaga: aby zwrócić poprawną ścieżkę, konieczne jest pobranie skryptu

Znalazłem to w: https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200895567-can-user-obtain-the-path-of-current-Project-s-directory-

Odpowiedź BumbleBee (z parent.frame zamiast sys.frame) nie zadziałała, zawsze otrzymuję błąd.

Rozwiązanie

dirname(parent.frame(2)$ofile)

nie działa dla mnie.

Używam algorytmu brutalnej siły, ale działa:

File <- "filename"
Files <- list.files(path=file.path("~"),recursive=T,include.dirs=T)
Path.file <- names(unlist(sapply(Files,grep,pattern=File))[1])
Dir.wd <- dirname(Path.file)

Łatwiejsze przeszukiwanie katalogu:

Dirname <- "subdir_name"
Dirs <- list.dirs(path=file.path("~"),recursive=T)
dir_wd <- names(unlist(sapply(Dirs,grep,pattern=Dirname))[1])

Jeśli pracujesz w systemie Linux, możesz spróbować tego:

setwd(system("pwd", intern = T) )

Mi to pasuje.

Właśnie szukałem rozwiązania tego problemu, trafiłem na tę stronę. Wiem, że to przestarzałe, ale poprzednie rozwiązania były dla mnie niezadowalające lub nie działały. Oto moja praca, jeśli jesteś zainteresowany.

filename = "your_file.R"
filepath = file.choose()  # browse and select your_file.R in the window
dir = substr(filepath, 1, nchar(filepath)-nchar(filename))
setwd(dir)

Zdaję sobie sprawę, że to stary wątek, ale miałem podobny problem z koniecznością ustawienia katalogu roboczego i nie mogłem sprawić, aby żadne z rozwiązań działało dla mnie. Oto, co zadziałało, na wypadek gdyby ktoś inny natknął się na to później:

# SET WORKING DIRECTORY TO CURRENT DIRECTORY:
system("pwd=`pwd`; $pwd 2> dummyfile.txt")
dir <- fread("dummyfile.txt")
n<- colnames(dir)[2]
n2 <- substr(n, 1, nchar(n)-1)
setwd(n2)

Jest to trochę zawiłe, ale w zasadzie używa się poleceń systemowych, aby uzyskać katalog roboczy i zapisać go w dummyfile.txt, a następnie R czyta ten plik za pomocą data.table :: fread. Reszta to tylko czyszczenie tego, co zostało wydrukowane w pliku, tak że pozostaje mi tylko ścieżka do katalogu.

Musiałem uruchomić R na klastrze, więc nie było sposobu, aby dowiedzieć się, w jakim katalogu skończę (zadania otrzymują numer i węzeł obliczeniowy). To załatwiło sprawę dla mnie.

Rozumiem, że jest to nieaktualne, ale nie mogłem sprawić, by poprzednie odpowiedzi działały bardzo zadowalająco, więc chciałem wnieść swój wkład w moją metodę na wypadek, gdyby ktoś inny napotkał ten sam błąd, o którym mowa w komentarzach do odpowiedzi BumbleBee.

Mój jest oparty na prostym poleceniu systemowym. Wszystko, co podajesz do funkcji, to nazwa twojego skryptu:

extractRootDir <- function(x) {
    abs <- suppressWarnings(system(paste("find ./ -name",x), wait=T, intern=T, ignore.stderr=T))[1];
    path <- paste("~",substr(abs, 3, length(strsplit(abs,"")[[1]])),sep="");
    ret <- gsub(x, "", path);
    return(ret);
}

setwd(extractRootDir("myScript.R"));

Wynik funkcji wyglądałby tak "/Users/you/Path/To/Script". Mam nadzieję, że pomoże to każdemu, kto utknął.

herePakiet zawiera here()funkcję, która zwraca katalogu głównym projektu w oparciu o pewne heurystyki.

Nie jest to idealne rozwiązanie, ponieważ nie znajduje lokalizacji skryptu, ale do niektórych celów wystarcza, więc pomyślałem, że umieściłem to tutaj.

Większość GUI zakłada, że ​​jeśli jesteś w katalogu i „otwierasz”, klikasz dwukrotnie lub w inny sposób próbujesz wykonać plik .R, katalog, w którym się on znajduje, będzie katalogiem roboczym, chyba że określono inaczej. Graficzny interfejs użytkownika komputera Mac zapewnia metodę zmiany tego domyślnego zachowania, które można zmienić w panelu Uruchamianie w Preferencjach ustawianych podczas bieżącej sesji i które mają obowiązywać przy następnym „uruchomieniu”. Powinieneś również przyjrzeć się:

?Startup

Dokumentacja RStudio mówi:

„Po uruchomieniu poprzez skojarzenie plików, RStudio automatycznie ustawia katalog roboczy na katalog z otwartym plikiem”. Domyślnie RStudio jest rejestrowane jako program obsługi dla plików .R, chociaż wspomina się również o możliwości ustawienia domyślnego „skojarzenia” z RStudio dla rozszerzeń .Rdata i .R. Nie mogę powiedzieć, czy status „obsługi” i „skojarzenia” są takie same w Linuksie.

http://www.rstudio.com/ide/docs/using/workspaces

dirname(parent.frame(2)$ofile)  

dla mnie też nie działa, ale poniższe (jak zasugerowano w https://stackoverflow.com/a/35842176/992088 ) działają dla mnie w Ubuntu 14.04

dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)

W przypadku korzystania z kodowania UTF-8:

path <- rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
Encoding(path) <- "UTF-8"
setwd(dirname(path))

Musisz zainstalować pakiet rstudioapi, jeśli jeszcze tego nie zrobiłeś.

Oto inny sposób, aby to zrobić:

set2 <- function(name=NULL) {
  wd <- rstudioapi::getSourceEditorContext()$path
  if (!is.null(name)) {
    if (substr(name, nchar(name) - 1, nchar(name)) != '.R') 
      name <- paste0(name, '.R')
  }
  else {
    name <- stringr::word(wd, -1, sep='/')
  }
  wd <- gsub(wd, pattern=paste0('/', name), replacement = '')
  no_print <- eval(expr=setwd(wd), envir = .GlobalEnv)
}
set2()