Błędne numery linii skryptu R?

Jeśli uruchamiam długi skrypt R z wiersza poleceń (R --slave script.R), jak mogę sprawić, aby podawał numery wierszy w przypadku błędów?

Nie chcę dodawać poleceń debugowania do skryptu, jeśli to w ogóle możliwe - chcę tylko, aby R zachowywał się jak większość innych języków skryptowych ...

Nie da ci to numeru linii, ale powie ci, gdzie wystąpiła awaria na stosie wywołań, co jest bardzo pomocne:

traceback()

[Edit:] Podczas uruchamiania skryptu z wiersza poleceń będziesz musiał pominąć jedno lub dwa wywołania, zobacz traceback () dla interaktywnych i nieinteraktywnych sesji języka R

Nie znam innego sposobu na zrobienie tego bez zwykłych podejrzanych o debugowanie:

1. odpluskwić()
2. przeglądarka()
3. opcje (błąd = odzyskać) [a następnie opcje (błąd = NULL), aby go przywrócić]

Możesz spojrzeć na ten powiązany post.

[Edycja:] Przepraszamy ... właśnie zobaczyłem, że uruchamiasz to z linii poleceń. W takim przypadku sugerowałbym pracę z opcjami (błędami). Oto prosty przykład:

options(error = quote({dump.frames(to.file=TRUE); q()}))

Możesz utworzyć tak rozbudowany skrypt, jak chcesz, pod warunkiem błędu, więc powinieneś po prostu zdecydować, jakie informacje potrzebujesz do debugowania.

W przeciwnym razie, jeśli istnieją określone obszary, którymi się martwisz (np. Łączenie się z bazą danych), zawiń je w funkcję tryCatch ().

Doing options(error=traceback)dostarcza trochę więcej informacji o zawartości wierszy prowadzących do błędu. Powoduje wyświetlenie śledzenia wstecznego, jeśli wystąpi błąd, a dla niektórych błędów ma numer linii poprzedzony prefiksem #. Ale jest trafiony lub chybiony, wiele błędów nie otrzyma numerów linii.

Wsparcie dla tego pojawi się w wersji 2.10 i późniejszych. Duncan Murdoch właśnie wysłał wiadomość do r-devel 10 września 2009 na temat findLineNum i setBreapoint :

Właśnie dodałem kilka funkcji do R-devel, aby pomóc w debugowaniu. findLineNum()znajduje wiersz, którego funkcja odpowiada określonej linii kodu źródłowego; setBreakpoint()pobiera dane wyjściowe programu findLineNumi wywołuje tam trace()ustawienie punktu przerwania.

Opierają się one na umieszczaniu w kodzie informacji debugowania odniesienia do źródła. Jest to ustawienie domyślne dla kodu odczytywanego przez source(), ale nie dla pakietów. Aby uzyskać odniesienia do źródła w kodzie pakietu, ustaw zmienną środowiskową R_KEEP_PKG_SOURCE=yeslub w R, ustaw options(keep.source.pkgs=TRUE), a następnie zainstaluj pakiet z kodu źródłowego. Przeczytaj ?findLineNumszczegółowe informacje o tym, jak nakazać mu przeszukiwanie pakietów, zamiast ograniczać wyszukiwanie do środowiska globalnego.

Na przykład,

x <- " f <- function(a, b) {
             if (a > b)  {
                 a
             } else {
                 b
             }
         }"


eval(parse(text=x))  # Normally you'd use source() to read a file...

findLineNum("<text>#3")   # <text> is a dummy filename used by
parse(text=)

To się wydrukuje

 f step 2,3,2 in <environment: R_GlobalEnv>

i możesz użyć

setBreakpoint("<text>#3")

aby ustawić tam punkt przerwania.

Nadal istnieją pewne ograniczenia (i prawdopodobnie błędy) w kodzie; Będę naprawiać te

Robisz to przez ustawienie

options(show.error.locations = TRUE)

Zastanawiam się tylko, dlaczego to ustawienie nie jest domyślne w R? Powinno być, tak jak w każdym innym języku.

Określenie globalnej opcji R do obsługi błędów innych niż katastrofa działało w moim przypadku, wraz ze dostosowanym przepływem pracy do przechowywania informacji o błędzie i sprawdzania tych informacji po awarii. Obecnie używam wersji R 3.4.1. Poniżej zamieściłem opis przepływu pracy, który działał dla mnie, a także kod, którego użyłem do ustawienia opcji globalnej obsługi błędów w R.

Jak skonfigurowałem, obsługa błędów tworzy również plik RData zawierający wszystkie obiekty w pamięci roboczej w momencie wystąpienia błędu. Ten zrzut można wczytać z powrotem do load()języka R za pomocą, a następnie można interaktywnie sprawdzić różne środowiska, jakie istniały w momencie wystąpienia błędu debugger(errorDump).

Zwrócę uwagę, że udało mi się uzyskać numery wierszy w danych traceback()wyjściowych z dowolnych funkcji niestandardowych w stosie, ale tylko wtedy, gdy użyłem tej keep.source=TRUEopcji podczas wywoływania source()jakichkolwiek funkcji niestandardowych używanych w moim skrypcie. Bez tej opcji ustawienie opcji globalnej obsługi błędów, jak poniżej, wysłało pełne dane wyjściowe traceback()do dziennika błędów o nazwie error.log, ale numery wierszy nie były dostępne.

Oto ogólne kroki, które wykonałem w moim przepływie pracy i jak mogłem uzyskać dostęp do zrzutu pamięci i dziennika błędów po nieinteraktywnej awarii języka R.

1. Na górze głównego skryptu, który wywoływałem z wiersza poleceń, umieściłem następujący tekst. To ustawia globalną opcję obsługi błędów dla sesji języka R. Mój główny skrypt został nazwany myMainScript.R. Różne wiersze w kodzie mają po nich komentarze opisujące, co robią. Zasadniczo, z tą opcją, gdy R napotka błąd, który wyzwala stop(), utworzy plik zrzutu RData (* .rda) pamięci roboczej we wszystkich aktywnych środowiskach w katalogu, ~/myUsername/directoryForDumpa także zapisze dziennik błędów nazwany error.logz kilkoma przydatnymi informacjami do ten sam katalog. Możesz zmodyfikować ten fragment kodu, aby dodać inną obsługę w przypadku błędu (np. Dodać sygnaturę czasową do pliku zrzutu i nazwy plików dziennika błędów itp.).

   options(error = quote({
     setwd('~/myUsername/directoryForDump'); # Set working directory where you want the dump to go, since dump.frames() doesn't seem to accept absolute file paths.
     dump.frames("errorDump", to.file=TRUE, include.GlobalEnv=TRUE); # First dump to file; this dump is not accessible by the R session.
     sink(file="error.log"); # Specify sink file to redirect all output.
     dump.frames(); # Dump again to be able to retrieve error message and write to error log; this dump is accessible by the R session since not dumped to file.
     cat(attr(last.dump,"error.message")); # Print error message to file, along with simplified stack trace.
     cat('\nTraceback:');
     cat('\n');
     traceback(2); # Print full traceback of function calls with all parameters. The 2 passed to traceback omits the outermost two function calls.
     sink();
     q()}))

2. Upewnij się, że z głównego skryptu i wszelkich kolejnych wywołań funkcji, za każdym razem, gdy funkcja jest pobierana, keep.source=TRUEużywana jest opcja . To znaczy, aby utworzyć źródło funkcji, użyłbyś source('~/path/to/myFunction.R', keep.source=TRUE). Jest to wymagane, aby dane traceback()wyjściowe zawierały numery wierszy. Wygląda na to, że możesz również ustawić tę opcję globalnie options( keep.source=TRUE ), ale nie testowałem tego, aby sprawdzić, czy to działa. Jeśli nie potrzebujesz numerów linii, możesz pominąć tę opcję.

3. Z terminala (poza R), wywołaj główny skrypt w trybie wsadowym, używając Rscript myMainScript.R. Spowoduje to uruchomienie nowej nieinteraktywnej sesji języka R i uruchomienie skryptu myMainScript.R. Fragment kodu podany w kroku 1, który został umieszczony na górze, myMainScript.Rustawia opcję obsługi błędów dla nieinteraktywnej sesji języka R.
4. Napotkaj błąd gdzieś w trakcie wykonywania myMainScript.R. Może to być w samym skrypcie głównym lub głęboko zagnieżdżone kilka funkcji. Po napotkaniu błędu obsługa zostanie wykonana zgodnie z opisem w kroku 1, a sesja języka R zostanie zakończona.
5. Plik zrzutu RData o nazwie errorDump.rdai dzienniku błędów o nazwie error.logsą tworzone w katalogu określonym '~/myUsername/directoryForDump'w ustawieniu opcji globalnej obsługi błędów.

6. W wolnym czasie przejrzyj error.loginformacje o błędzie, w tym sam komunikat o błędzie i pełny ślad stosu prowadzący do błędu. Oto przykład dziennika, który jest generowany w przypadku błędu; zwróć uwagę, że liczby po #znaku to numery wierszy błędu w różnych punktach stosu wywołań:

   Error in callNonExistFunc() : could not find function "callNonExistFunc"
   Calls: test_multi_commodity_flow_cmd -> getExtendedConfigDF -> extendConfigDF
   
   Traceback:
   3: extendConfigDF(info_df, data_dir = user_dir, dlevel = dlevel) at test_multi_commodity_flow.R#304
   2: getExtendedConfigDF(config_file_path, out_dir, dlevel) at test_multi_commodity_flow.R#352
   1: test_multi_commodity_flow_cmd(config_file_path = config_file_path, 
   spot_file_path = spot_file_path, forward_file_path = forward_file_path, 
   data_dir = "../", user_dir = "Output", sim_type = "spot", 
   sim_scheme = "shape", sim_gran = "hourly", sim_adjust = "raw", 
   nsim = 5, start_date = "2017-07-01", end_date = "2017-12-31", 
   compute_averages = opt$compute_averages, compute_shapes = opt$compute_shapes, 
   overwrite = opt$overwrite, nmonths = opt$nmonths, forward_regime = opt$fregime, 
   ltfv_ratio = opt$ltfv_ratio, method = opt$method, dlevel = 0)

7. W wolnym czasie możesz załadować errorDump.rdado interaktywnej sesji języka R za pomocą load('~/path/to/errorDump.rda'). Po załadowaniu wywołaj, debugger(errorDump)aby przejrzeć wszystkie obiekty języka R w pamięci w dowolnym z aktywnych środowisk. Zobacz pomoc języka R, aby debugger()uzyskać więcej informacji.

Ten przepływ pracy jest niezwykle pomocny podczas uruchamiania języka R w pewnym typie środowiska produkcyjnego, w którym nieinteraktywne sesje języka R są inicjowane w wierszu poleceń i chcesz zachować informacje o nieoczekiwanych błędach. Możliwość zrzutu pamięci do pliku, którego można użyć do sprawdzenia pamięci roboczej w momencie wystąpienia błędu, wraz z numerami wierszy błędu w stosie wywołań, ułatwiają szybkie debugowanie pośmiertne tego, co spowodowało błąd.

Najpierw, options(show.error.locations = TRUE)a potem traceback(). Numer linii błędu zostanie wyświetlony po #