Dynamicznie wybieraj kolumny ramek danych za pomocą znaku $ i wartości znakowej

Mam wektor z różnymi nazwami kolumn i chcę mieć możliwość zapętlenia każdej z nich, aby wyodrębnić tę kolumnę z data.frame. Na przykład, rozważ zestaw danych mtcarsi niektóre nazwy zmiennych przechowywane w wektorze znakowym cols. Kiedy próbuję wybrać zmienną mtcarsprzy użyciu dynamicznego podzbioru cols, niższego z tych działań

cols <- c("mpg", "cyl", "am")
col <- cols[1]
col
# [1] "mpg"

mtcars$col
# NULL
mtcars$cols[1]
# NULL

jak sprawić, by zwracały te same wartości co

mtcars$mpg

Ponadto, jak mogę zapętlić wszystkie kolumny, colsaby uzyskać wartości w jakiejś pętli.

for(x in seq_along(cols)) {
   value <- mtcars[ order(mtcars$cols[x]), ]
}

Nie możesz zrobić tego rodzaju podzbiorów $. W kodzie źródłowym ( R/src/main/subset.c) stwierdza:

/ * Operator $ podzbioru.
Musimy być pewni, że oceniamy tylko pierwszy argument.
Drugi będzie symbolem, który należy dopasować, a nie oceniać.
* /

Drugi argument? Co?! Trzeba zdać sobie sprawę, że $, jak wszystko inne w R, (w tym na przykład (, +, ^etc) jest funkcją, która trwa argumentów i jest oceniany. df$V1można przepisać jako

`$`(df , V1)

lub rzeczywiście

`$`(df , "V1")

Ale...

`$`(df , paste0("V1") )

... na przykład nigdy nie zadziała, ani nic innego, co musi najpierw zostać ocenione w drugim argumencie. Możesz przekazać tylko ciąg, który nigdy nie jest oceniany.

Zamiast tego użyj [(lub [[jeśli chcesz wyodrębnić tylko jedną kolumnę jako wektor).

Na przykład,

var <- "mpg"
#Doesn't work
mtcars$var
#These both work, but note that what they return is different
# the first is a vector, the second is a data.frame
mtcars[[var]]
mtcars[var]

Możesz wykonać porządkowanie bez pętli, używając do.calldo skonstruowania wywołania order. Oto powtarzalny przykład poniżej:

#  set seed for reproducibility
set.seed(123)
df <- data.frame( col1 = sample(5,10,repl=T) , col2 = sample(5,10,repl=T) , col3 = sample(5,10,repl=T) )

#  We want to sort by 'col3' then by 'col1'
sort_list <- c("col3","col1")

#  Use 'do.call' to call order. Seccond argument in do.call is a list of arguments
#  to pass to the first argument, in this case 'order'.
#  Since  a data.frame is really a list, we just subset the data.frame
#  according to the columns we want to sort in, in that order
df[ do.call( order , df[ , match( sort_list , names(df) ) ]  ) , ]

   col1 col2 col3
10    3    5    1
9     3    2    2
7     3    2    3
8     5    1    3
6     1    5    4
3     3    4    4
2     4    3    4
5     5    1    4
1     2    5    5
4     5    3    5

Jeśli dobrze rozumiem, masz wektor zawierający nazwy zmiennych i chciałbyś zapętlić każdą nazwę i posortować według nich ramki danych. Jeśli tak, ten przykład powinien zilustrować rozwiązanie dla Ciebie. Podstawowym problemem w twoim (pełny przykład nie jest kompletny, więc nie jestem pewien, czego jeszcze możesz brakować) jest to, że powinno być order(Q1_R1000[,parameter[X]])zamiast order(Q1_R1000$parameter[X]), ponieważ parametr jest zewnętrznym obiektem, który zawiera nazwę zmiennej w przeciwieństwie do bezpośredniej kolumny ramki danych (które, gdy $byłoby właściwe).

set.seed(1)
dat <- data.frame(var1=round(rnorm(10)),
                   var2=round(rnorm(10)),
                   var3=round(rnorm(10)))
param <- paste0("var",1:3)
dat
#   var1 var2 var3
#1    -1    2    1
#2     0    0    1
#3    -1   -1    0
#4     2   -2   -2
#5     0    1    1
#6    -1    0    0
#7     0    0    0
#8     1    1   -1
#9     1    1    0
#10    0    1    0

for(p in rev(param)){
   dat <- dat[order(dat[,p]),]
 }
dat
#   var1 var2 var3
#3    -1   -1    0
#6    -1    0    0
#1    -1    2    1
#7     0    0    0
#2     0    0    1
#10    0    1    0
#5     0    1    1
#8     1    1   -1
#9     1    1    0
#4     2   -2   -2

Użycie dplyr zapewnia łatwą składnię do sortowania ramek danych

library(dplyr)
mtcars %>% arrange(gear, desc(mpg))

Przydatne może być użycie wersji NSE, jak pokazano tutaj, aby umożliwić dynamiczne budowanie listy sortowania

sort_list <- c("gear", "desc(mpg)")
mtcars %>% arrange_(.dots = sort_list)

Innym rozwiązaniem jest użycie #get:

> cols <- c("cyl", "am")
> get(cols[1], mtcars)
 [1] 6 6 4 6 8 6 8 4 4 6 6 8 8 8 8 8 8 4 4 4 4 8 8 8 8 4 4 4 8 6 8 4

Miałem podobny problem z powodu niektórych plików CSV, które miały różne nazwy dla tej samej kolumny.
To było rozwiązanie:

Napisałem funkcję zwracającą pierwszą prawidłową nazwę kolumny na liście, a następnie użyłem jej ...

# Return the string name of the first name in names that is a column name in tbl
# else null
ChooseCorrectColumnName <- function(tbl, names) {
for(n in names) {
    if (n %in% colnames(tbl)) {
        return(n)
    }
}
return(null)
}

then...

cptcodefieldname = ChooseCorrectColumnName(file, c("CPT", "CPT.Code"))
icdcodefieldname = ChooseCorrectColumnName(file, c("ICD.10.CM.Code", "ICD10.Code"))

if (is.null(cptcodefieldname) || is.null(icdcodefieldname)) {
        print("Bad file column name")
}

# Here we use the hash table implementation where 
# we have a string key and list value so we need actual strings,
# not Factors
file[cptcodefieldname] = as.character(file[cptcodefieldname])
file[icdcodefieldname] = as.character(file[icdcodefieldname])
for (i in 1:length(file[cptcodefieldname])) {
    cpt_valid_icds[file[cptcodefieldname][i]] <<- unique(c(cpt_valid_icds[[file[cptcodefieldname][i]]], file[icdcodefieldname][i]))
}

jeśli chcesz wybrać kolumnę o określonej nazwie, po prostu zrób

A=mtcars[,which(conames(mtcars)==cols[1])]
#and then
colnames(mtcars)[A]=cols[1]

możesz uruchomić to w pętli, a także w odwrotny sposób, aby dodać dynamiczną nazwę np. jeśli A jest ramką danych, a xyz jest kolumną, którą należy nazwać jako x, to lubię to

A$tmp=xyz
colnames(A)[colnames(A)=="tmp"]=x

ponownie można to również dodać w pętli

mtcars[do.call(order, mtcars[cols]), ]

za późno ... ale chyba mam odpowiedź -

Oto moja przykładowa ramka danych study.df -

   >study.df
   study   sample       collection_dt other_column
   1 DS-111 ES768098 2019-01-21:04:00:30         <NA>
   2 DS-111 ES768099 2018-12-20:08:00:30   some_value
   3 DS-111 ES768100                <NA>   some_value

I wtedy -

> ## Selecting Columns in an Given order
> ## Create ColNames vector as per your Preference
> 
> selectCols <- c('study','collection_dt','sample')
> 
> ## Select data from Study.df with help of selection vector
> selectCols %>% select(.data=study.df,.)
   study       collection_dt   sample
1 DS-111 2019-01-21:04:00:30 ES768098
2 DS-111 2018-12-20:08:00:30 ES768099
3 DS-111                <NA> ES768100
>