Jak mam postępować z ostrzeżeniem „pakiet 'xxx” nie jest dostępny (dla wersji R xyz)?

Próbowałem zainstalować pakiet, używając

install.packages("foobarbaz")

ale otrzymał ostrzeżenie

Warning message:
package 'foobarbaz' is not available (for R version x.y.z)

Dlaczego R nie sądzi, że pakiet jest dostępny?

Zobacz także następujące pytania dotyczące konkretnych przypadków tego problemu:

Mój pakiet nie działa dla
pakietu R 2.15.2 Pakiet „Rbbg” jest niedostępny (dla wersji R 2.15.2)
Pakiet nie jest dostępny (dla wersji R 2.15.2)
pakiet DOMC NIE jest dostępny dla wersji R 3.0.0 ostrzeżenie w install.packages
Zależność „Rglpk” nie jest dostępna dla pakietu „fPortfolio”
Co zrobić, gdy pakiet nie jest dostępny dla naszej wersji R?
Czy pakiet bigvis dla R nie jest dostępny dla wersji R 3.0.1?
pakiet „syncwave” / „mvcwt” nie jest dostępny (dla wersji R 3.0.2)
pakiet „diamenty” nie jest dostępny (dla wersji R 3.0.0)
Czy pakiet plyr dla R nie jest dostępny dla wersji R 3.0.2?
Pakiet bigmemory nie instaluje się w pakiecie R 64 3.0.2
„makeR” nie jest dostępny (dla wersji 3.0.2)
pakiet „RTN” nie jest dostępny (dla wersji R 3.0.1)
Problem z instalacją pakietu geoR pakiet
„twitterR” jest niedostępny (dla wersji R 3.1.0)
Jak zainstalować „Rcpp, pakiet? Mam „pakiet nie jest dostępny”
zestaw danych pakietu nie jest dostępny (dla wersji R 3.1.1)
„pakiet„ rhipe ”nie jest dostępny (dla wersji R 3.1.2)”

1. Nie możesz przeliterować

Pierwszą rzeczą do przetestowania jest to, czy poprawnie przeliterowałeś nazwę paczki? W nazwach pakietów rozróżniana jest wielkość liter w R.

2. Nie szukałeś w odpowiednim repozytorium

Następnie sprawdź, czy pakiet jest dostępny. Rodzaj

setRepositories()

Zobacz także ? SetRepositories .

Aby zobaczyć, które repozytoria R będą szukać twojego pakietu, i opcjonalnie wybierz kilka dodatkowych. Przynajmniej zazwyczaj będziesz chciał CRANzostać wybrany, a CRAN (extras)jeśli korzystasz z systemu Windows i Bioc*repozytoriów, jeśli je masz[gen / prote / metabol / transkrypt] omiki analizy biologiczne.

Aby trwale to zmienić, dodaj wiersz podobny setRepositories(ind = c(1:6, 8))do swojego Rprofile.sitepliku.

3. Pakiet nie znajduje się w wybranych repozytoriach

Zwróć wszystkie dostępne pakiety za pomocą

ap <- available.packages()

Zobacz także nazwy dostępnych pakietów grupę R , ? Available.packages .

Ponieważ jest to duża matryca, możesz użyć przeglądarki danych do jej zbadania. Możesz też szybko sprawdzić, czy pakiet jest dostępny, testując nazwy wierszy.

View(ap)
"foobarbaz" %in% rownames(ap)

Alternatywnie listę dostępnych pakietów można zobaczyć w przeglądarce CRAN , CRAN (dodatki) , Bioconductor , R-forge , RForge i github .

Innym możliwym komunikatem ostrzegawczym, który może pojawić się podczas interakcji z serwerami lustrzanymi CRAN, jest:

Warning: unable to access index for repository

Co może wskazywać, że wybrane repozytorium CRAN jest obecnie niedostępne. Możesz wybrać inne dublowanie za pomocą chooseCRANmirror()i spróbować ponownie zainstalować.

Istnieje kilka powodów, dla których pakiet może być niedostępny.

4. Nie chcesz pakietu

Być może tak naprawdę nie chcesz pakietu. Często mylą się różnice między pakietem a biblioteką lub pakietem i zestawem danych.

Pakiet to ustandaryzowany zbiór materiałów rozszerzających R, np. Dostarczający kod, dane lub dokumentację. Biblioteka to miejsce (katalog), w którym R wie, że może znaleźć pakiety, których może użyć

Aby wyświetlić dostępne zestawy danych, wpisz

data()

5. R lub Bioconductor jest nieaktualny

Może zależeć od nowszej wersji R (lub jednego z pakietów, od których jest importowany / zależy). Patrzeć na

ap["foobarbaz", "Depends"]

i rozważ zaktualizowanie instalacji R do bieżącej wersji. W systemie Windows najłatwiej to zrobić za pomocą installrpakietu.

library(installr)
updateR()

(Oczywiście może być konieczne install.packages("installr")najpierw.)

Odpowiednio dla pakietów Bioconductor, może być konieczne zaktualizowanie instalacji Bioconductor.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BiocUpgrade")

6. Pakiet jest nieaktualny

Być może został zarchiwizowany (jeśli nie jest już utrzymywany i nie przechodzi R CMD checktestów).

W takim przypadku możesz załadować starą wersję pakietu za pomocą install_version()

library(remotes)
install_version("foobarbaz", "0.1.2")

Alternatywą jest instalacja z kopii lustrzanej github CRAN.

library(remotes)
install_github("cran/foobarbaz")

7. Nie ma pliku binarnego Windows / OS X / Linux

Może nie mieć pliku binarnego Windows z powodu wymagania dodatkowego oprogramowania, którego nie ma CRAN. Ponadto niektóre pakiety są dostępne tylko za pośrednictwem źródeł dla niektórych lub wszystkich platform. W takim przypadku w CRAN (extras)repozytorium może znajdować się wersja (patrz setRepositorieswyżej).

Jeśli pakiet wymaga kompilacji kodu (np. C, C ++, FORTRAN), to w Windows zainstaluj Rtools lub w OS X zainstaluj narzędzia programistyczne towarzyszące XCode i zainstaluj wersję źródłową pakietu poprzez:

install.packages("foobarbaz", type = "source")

# Or equivalently, for Bioconductor packages:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("foobarbaz", type = "source")

W CRAN możesz sprawdzić, czy potrzebujesz specjalnych narzędzi do zbudowania pakietu ze źródła, patrząc na NeedsCompilationflagę w opisie.

8. Pakiet znajduje się na github / Bitbucket / Gitorious

Może mieć repozytorium na Github / Bitbucket / Gitorious. Te pakiety wymagają remoteszainstalowania pakietu.

library(remotes)
install_github("packageauthor/foobarbaz")
install_bitbucket("packageauthor/foobarbaz")
install_gitorious("packageauthor/foobarbaz")

(Podobnie jak w przypadku pierwszej installrpotrzeby, może być konieczne install.packages("remotes")).

9. Nie ma źródłowej wersji pakietu

Chociaż wersja binarna twojego pakietu jest dostępna, wersja źródłowa nie jest. Możesz wyłączyć tę kontrolę, ustawiając

options(install.packages.check.source = "no")

zgodnie z opisem w tej SO odpowiedzi imanuelc i sekcji Szczegóły ?install.packages.

10. Pakiet znajduje się w niestandardowym repozytorium

Twoja paczka znajduje się w niestandardowym repozytorium (np Rbbg.). Zakładając, że jest w wystarczającym stopniu zgodny ze standardami CRAN, nadal możesz go pobrać za pomocą install.packages; musisz tylko podać adres URL repozytorium.

install.packages("Rbbg", repos = "http://r.findata.org")

RHIPEz drugiej strony nie znajduje się w repozytorium podobnym do CRAN i ma własną instrukcję instalacji .

W najnowszej wersji R (3.2.3) występuje błąd, który czasami uniemożliwia znalezienie poprawnego pakietu. Obejściem tego problemu jest ręczne ustawienie repozytorium:

install.packages("lubridate", dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')

Znalazłem rozwiązanie w innym pytaniu

Wygląda na to, że jest problem z niektórymi wersjami Ri libcurl. Miałem ten sam problem na Mac (R version 3.2.2)i Ubuntu (R version 3.0.2)w obu przypadkach został rozwiązany po prostu działa to przed install.packageskomendą

options(download.file.method = "wget")

Rozwiązanie zostało zasugerowane przez znajomego, jednak nie udało mi się go znaleźć na żadnym z forów, dlatego też przesłałem tę odpowiedź innym osobom.

To rozwiązanie może złamać R, ale tutaj jest najłatwiejsze rozwiązanie, które działa 99% czasu.

Musisz tylko zrobić:

install.packages('package-name',repos='http://cran.us.r-project.org')

Jak wspomniano tutaj autor

11. R (lub inna zależność) jest nieaktualna i nie chcesz jej aktualizować.

Ostrzeżenie, że nie jest to najlepsza praktyka.

• Pobierz źródło pakietu.
• Przejdź do DESCRIPTIONpliku.

• Usuń obraźliwą linię za pomocą edytora tekstu, np

  Depends: R (>= 3.1.1)

• Zainstaluj z lokalnego (tj. Z katalogu nadrzędnego DESCRIPTION) np

  install.packages("foo", type="source", repos=NULL)

Jedna rzecz, która się wydarzyła, to to, że wersja R dostarczona przez moją dystrybucję linuksową (wersja R 3.0.2 dostarczona przez Ubuntu 14.04) była za stara dla najnowszej wersji pakietu dostępnego na CRAN (w moim przypadku plyrwersja 1.8.3 od dzisiaj). Rozwiązaniem było użycie systemu pakowania mojej dystrybucji zamiast próby instalacji z wersji R ( apt-get install r-cran-plyrmam wersję 1.8.1 plyr). Być może mógłbym spróbować zaktualizować R przy użyciu updateR(), ale obawiam się, że spowodowałoby to zakłócenie menedżera pakietów mojej dystrybucji.

Zaoszczędziło mi to dużo czasu na debugowanie, co jest nie tak. W wielu przypadkach są tylko nieaktualne kopie lustrzane. Ta funkcja może instalować wiele pakietów wraz z ich zależnościami https://cran.rstudio.com/:

packages <- function(pkg){
    new.pkg <- pkg[!(pkg %in% installed.packages()[, "Package"])]
    if (length(new.pkg))
        install.packages(new.pkg, dependencies = TRUE, repos='https://cran.rstudio.com/')
    sapply(pkg, require, character.only = TRUE)
}

packages(c("foo", "bar", "baz"))

To właśnie mogłem w końcu zrobić, instalując pakiet psych w wersji R-3.4.1, kiedy dostałem to samo ostrzeżenie

1: Googled dla tego pakietu.

2: pobrałem go ręcznie, mając rozszerzenie tar.gz

3: Wybierz opcję „Plik archiwum pakietów (.zip; .tar.gz)” dla pakietów instalacyjnych w języku R

4: lokalnie przejrzałem do miejsca, w którym został pobrany i kliknął zainstalować

Może pojawić się ostrzeżenie: zależności „xyz” są niedostępne dla pakietu, następnie najpierw zainstaluj je z repozytorium, a następnie wykonaj kroki 3-4.

Naprawiłem ten błąd na Ubuntu przez starannie wykonując instrukcje dotyczące instalowania R . Obejmowało to:

1. dodawanie deb http://cran.utstat.utoronto.ca/bin/linux/ubuntu trusty/do mojego pliku /etc/apt/sources.list
2. Bieganie sudo apt-get update
3. Bieganie sudo apt-get install r-base-dev

W kroku 1 możesz wybrać dowolne lustro pobierania CRAN zamiast mojego uniwersytetu w Toronto, jeśli chcesz.

Popełniłem błąd, zapominając o wstawieniu repos=NULLpodczas instalowania pakietu R z kodu źródłowego. W takim przypadku komunikat o błędzie jest nieco mylący:package 'foobarbaz' is not available (for R version x.y.z)

Problemem nie była wersja R, tylko reposparametr. Zrobiłem to, install.packages('path/to/source/code/of/foobarbaz', type='source', repos=NULL)co zadziałało dla mnie przy tej okazji.

Mam nadzieję, że to komuś pomoże.

Miałem ten sam problem (w systemie Linux), który można rozwiązać, zmieniając ustawienia proxy. Jeśli jesteś za serwerem proxy, sprawdź konfigurację za pomocą Sys.getenv("http_proxy")R. W moim ~/.Renvironmiałem następujące wiersze (od https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200488488-Configuring-R-to-Use -an-HTTP-or-HTTPS-Proxy ) powodujący problem:

http_proxy=https://proxy.dom.com:port
http_proxy_user=user:passwd

Zmieniam na

http_proxy="http://user:[email protected]:port"

Rozwiązać problem. Możesz zrobić to samo dla https.

To nie była pierwsza myśl, kiedy przeczytałem „pakiet xxx nie jest dostępny dla wersji r-xyz” ...

HTH

Kolejny powód + rozwiązanie

Wystąpił ten błąd („pakiet XXX nie jest dostępny dla wersji R XXX”) podczas próby zainstalowania pkgdown w moim RStudio na HPC mojej firmy.

Okazuje się, że migawka CRAN, którą mają na HPC, pochodzi z stycznia 2018 r. (Prawie 2 lata) i rzeczywiście wtedy pkgdown nie istniał. Miało to kontrolować źródło pakietów dla zwykłych użytkowników, ale jako programista możesz w większości przypadków to zmienić poprzez:

## checking the specific repos you currently have
getOption("repos")

## updating your CRAN snapshot to a newer date
r <- getOption("repos")
r["newCRAN"] <- "https://cran.microsoft.com/snapshot/*2019-11-07*/"
options(repos = r)

## add newCRAN to repos you can use
setRepositories()

Jeśli wiesz, co robisz i być może potrzebujesz więcej niż jednego pakietu, który może nie być dostępny w systemie CRAN systemu, możesz to skonfigurować w swoim projekcie .Rprofile.

Jeśli to tylko jedna paczka, może po prostu użyj install.packages("package name", repos = "a newer CRAN than your company's archaic CRAN snapshot").

1. Odwiedź https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ .
2. Znajdź pakiet, który chcesz zainstalować za pomocą Ctrl+F
3. Kliknij nazwę pakietu
4. Określ, którą wersję chcesz zainstalować
5. Otwórz RStudio
6. Wpisz „ install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/[NAME OF PACKAGE]/[VERSION NUMBER].tar.gz", repos = NULL, type="source")”

W niektórych przypadkach konieczne jest wcześniejsze zainstalowanie kilku pakietów, aby użyć pakietu, którego chcesz użyć.

Na przykład, musiałem zainstalować 7 pakietów ( Sejong, hash,rJava , tau, RSQLite, devtools, stringr), aby zainstalować KoNLPpakiet.

install.packages('Sejong')
install.packages('hash')
install.packages('rJava')
install.packages('tau')
install.packages('RSQLite')
install.packages('devtools')
install.packages('stringr')

library(Sejong)
library(hash)
library(rJava)
library(tau)
library(RSQLite)
library(devtools)
library(stringr)

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/KoNLP/KoNLP_0.80.2.tar.gz", repos = NULL, type="source")
library(KoNLP)

Prawie zawsze działa dla mnie, gdy używam bioprzewodnika jako źródła, a następnie wywołuję biocLite. Przykład:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("preprocessCore")

Kolejny drobny dodatek, podczas próby przetestowania starej wersji R przy użyciu obrazu dokera rocker/r-ver:3.1.0

1. Ustawieniem domyślnym reposjest MRANto, że nie można uzyskać wielu pakietów.
2. Ta wersja R nie ma https, więc na przykład: install.packages("knitr", repos = "https://cran.rstudio.com")wydaje się działać.

Odkryłem, że niewielka różnica w pakiecie nr 6 jest nieaktualna stosunku do doskonałego rozwiązania @Richie Cotton.

Czasami opiekun pakietu może pokazywać luki w wersji R, których nie obsługuje. W takim przypadku masz co najmniej dwie opcje: 1) uaktualnij wersję R do następnej, którą pakiet docelowy już obsługuje, 2) zainstaluj najnowszą wersję ze starszych dostępnych, która będzie działać z twoją wersją R.

Konkretny przykład: najnowsza wersja CRAN pakietu rattledo eksploracji danych, 5.3.0, nie obsługuje wersji R 3.4, ponieważ miała dużą aktualizację między wersjami pakietu 5.2.0 (R> = 2.13.0) i 5.3.0 (R > = 3,5).

W takim przypadku alternatywą dla uaktualnienia instalacji R jest już wspomniane rozwiązanie. Zainstaluj pakiet, devtoolsjeśli go nie masz (zawiera pakiet remotes), a następnie zainstaluj konkretną wersję, która będzie działać w bieżącym R. Informacje te można znaleźć na stronie CRAN dla konkretnych archiwów pakietów.

library("devtools")
install_version("rattle", version = "5.2.0", repos = "http://cran.us.r-project.org")

W moim przypadku rozwiązaniem było po prostu uaktualnienie R.

Jak wspomniano tutaj (w języku francuskim), może się to zdarzyć, gdy na komputerze są zainstalowane dwie wersje R. Odinstaluj najstarszy, a następnie spróbuj ponownie zainstalować pakiet! Dla mnie działało dobrze.