Podczas instalacji rJavy za pomocą install.packages("rJava")
polecenia otrzymuję następujący błąd:
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver : '/usr/bin/jar'
compiler : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
Mam zainstalowany pakiet Java JDK i java -version
zwraca:
$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)
Kiedy szukam błędu w Google, widzę, że inni mają ten sam problem, ale nie znajdują rozwiązania innego niż „zainstaluj cały JDK, a nie tylko JRE”, co zrobiłem.
Inną rzeczą, którą przeczytałem, było uruchomienie, sudo R CMD javareconf
które działa całkiem szczęśliwie bez błędów.
Jakieś pomysły na czym polega mój problem?
[[EDYTUJ]] Minęło kilka miesięcy, odkąd miałem ten problem. Początkowo rozwiązałem to, edytując moje ścieżki w Javie, jak pokazano w odpowiedzi, którą zamieściłem poniżej. Niedawno napotkałem ten sam problem podczas nowej instalacji Ubuntu. Wypróbowałem zalecenie Dirka, aby użyć apt-get do zainstalowania pakietu rJava. Działało idealnie. To, czego początkowo nie doceniłem, to fakt, że instalowanie pakietów przy użyciu metody Ubuntu apt-get różni się zasadniczo od zwykłego ładowania tego samego pakietu przy użyciu funkcji install.packages () w R. Pakiety Ubuntu rozwiązują niektóre problemy, których nie zdawałem sobie sprawy lub nie doceniałem .
readxl
ale do pisania z powrotem w Excelu wolęopenxlsx
. Żadne nie wymaga rJava.Odpowiedzi:
Nie
było łatwiejsze? Mogłeś mnie zapytać w useR! :)
źródło
update.packages()
dostaję, zauważam, że jest plikrJava update
. Instalacja z poziomu R kończy się niepowodzeniem. Kiedyapt-get install r-cran-rjava
nie ma dostępnej aktualizacji. Dlaczego to się dzieje?Okazuje się, że mój problem dotyczy mojej
JAVA_HOME
zmiennej środowiskowej. Tak, szokujące wiem. Moje początkowe ustawieniePATH
iJAVA_HOME
wyglądało następująco:I dodałem,
/jre
więc teraz wygląda to tak:Wszystko w Javie wydawało się działać dobrze bez
/jre
rJava, ale nie. Dziwny.źródło
R CMD javareconf
. W przeciwnym razie proces instalacji rJava nadal widzi stare lokalizacje nagłówków, bibliotek, itp.8-oracle
zamiast tego użyłem wersji.Dziękuję - Twoja sugestia dotycząca
$JAVA_HOME
doprowadzenia mnie do podobnego rozwiązania:przed odwołaniem się do R.
źródło
Natknąłem się na ten sam problem i zadziałał po uruchomieniu poniższych poleceń.
Zobacz szczegółowe informacje pod adresem http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html
źródło
Tak to robię:
W systemie Linux (Ubuntu 16.04)
w R:
źródło
To działało dla mnie na Ubuntu 12.04 i R w wersji 3.0
to jest katalog zawierający jni.h
Następnie utwórz miękki link do innego wymaganego pliku nagłówkowego (jestem zbyt leniwy, aby dowiedzieć się, jak uwzględnić więcej niż jeden katalog w opcji JAVA_CPPFLAGS poniżej):
Wreszcie
źródło
sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include
rozwiązał problem za mnie.echo $JAVA_HOME
na wszelki wypadekjava-6-sun
nie był to twój dokładny katalog.poniżej jedna z moich odpowiedzi w innym poście - błąd: nie można w tej chwili załadować zainstalowanych pakietów
(dotyczy to również tego pytania)
Użytkownicy systemu Linux (Ubuntu): jeśli masz zainstalowaną wersję oracle-java (7/8) . Będzie w tej lokalizacji
/usr/lib/jvm
isudo
dostęp jest wymagany.Utwórz plik
/etc/ld.so.conf.d/java.conf
z następującymi wpisami:(Zastąp java-8-oracle na java-7-oracle w zależności od wersji Java)
Następnie:
Uruchom ponownie RStudio, a następnie zainstaluj pakiet rJava.
źródło
Uruchomiony R pod Gentoo na AMD64. Zaktualizowałem do wersji 2.12.0
Wersja R 2.12.0 (2010-10-15) Copyright (C) 2010 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 Platforma: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) i te brzydkie wiadomości poszły z dala.
Jan Vandermeer
źródło
Próbowałem zainstalować openjdk-7- *, ale nadal miałem problemy z instalacją rJavy. Okazuje się, że po ponownym uruchomieniu komputera nie było żadnego problemu.
więc
źródło
Pakiet rJava szuka
/usr/lib/jvm/default-java/
folderu. Ale nie jest dostępny domyślnie. Ten folder ma dowiązanie symboliczne do domyślnej wersji Java skonfigurowanej dla systemu.Aby aktywować domyślną java, zainstaluj następujące pakiety:
sudo apt-get install default-jre default-jre-headless
Testowano na ubuntu 17.04 z CRAN R 3.4.1
źródło
To, co zadziałało, to zmiana JAVA_HOME z pliku
/usr/lib/R/etc/javaconf
I pierwszy sprawdzane co było moja wersja Java włączona:
sudo update-alternatives --config java
. W moim przypadku tak byłojava-8-oracle
Otworzyłem plik
/usr/lib/R/etc/javaconf
i zastąpiłemdefault-java
gojava-8-oracle
:zastąpiony przez :
I wtedy
sudo R CMD javareconf
Zrestartowałem RStudio i mogłem zainstalować rJava.
źródło
to, co robię, jest tutaj:
w /etc/apt/sources.list dodaj:
deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main
Uwaga: rjava powinna być najnowszą wersją
2 uruchom: sudo apt-get update sudo apt-get install r-cran-rjava
Po zaktualizowaniu starej wersji rjava można zainstalować rhdfs_1.0.8.
źródło
Mam to działające, pobierając: https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz i uruchamiając polecenie R CMD install rJava_0.9-8.tar.gz
źródło
Napotkałem ten sam problem podczas korzystania z systemu Windows 10. Rozwiązałem problem, stosując następującą procedurę
Uwaga : jdk1.8.0_201 i jre1.8.0_201 zostaną zmienione w zależności od wersji Java Development Kit i Java
Aby sprawdzić instalację, otwórz CMD \ Type javac \ Naciśnij Enter i wpisz java \ naciśnij enter. Pojawi się
W RStudio uruchom
Uwaga : jdk1.8.0_201 zostanie zmieniony w zależności od wersji Java Development Kit
Teraz możesz bez problemu zainstalować i załadować pakiet rJava.
źródło
Problem polegał na tym, że rJava nie zainstalowała się w
RStudio
(Version 1.0.136
). Poniższe działały dla mnie (macOS Sierra version 10.12.6
) (znalezione tutaj ):Krok 1: Pobierz i zainstaluj
javaforosx.dmg
z tutajStep-2: Następnie uruchom polecenie z wewnątrz RStudio:
źródło
Napotkałem podobny problem w Ubuntu 16.04 i mogłem go rozwiązać, tworząc folder o nazwie „default-java”
/usr/lib/jvm
i kopiując do niego całą zawartość pliku/usr/lib/jvm/java-8-oracle
. Zdecydowałem się na takie rozwiązanie, ponieważ poprawianie zmiennej środowiskowej JAVA_HOME okazało się bezużyteczne.źródło
default-jre
instalacji pakietu.