Wydajne porównywanie list w dwóch kolumnach pod kątem wierszy

16

Jeśli masz ramkę danych Pandas taką jak ta:

import pandas as pd
import numpy as np
df = pd.DataFrame({'today': [['a', 'b', 'c'], ['a', 'b'], ['b']], 
                   'yesterday': [['a', 'b'], ['a'], ['a']]})
                 today        yesterday
0      ['a', 'b', 'c']       ['a', 'b']
1           ['a', 'b']            ['a']
2                ['b']            ['a']                          
... etc

Ale mając około 100 000 wpisów, szukam dodawania i usuwania tych list w dwóch kolumnach według wierszy.

Jest to porównywalne z tym pytaniem: Pandas: Jak porównać kolumny z wierszami w ramce danych z Pandami (nie dla pętli)? ale patrzę na różnice, a Pandas.applymetoda wydaje się nie być tak szybka dla tak wielu wpisów. To jest kod, którego obecnie używam. Pandas.applyz numpy's setdiff1dmetodą:

additions = df.apply(lambda row: np.setdiff1d(row.today, row.yesterday), axis=1)
removals  = df.apply(lambda row: np.setdiff1d(row.yesterday, row.today), axis=1)

Działa to dobrze, jednak 120 000 wpisów zajmuje około minuty. Czy jest więc szybszy sposób na osiągnięcie tego?

MegaCookie
źródło
Ile pozycji maksymalnie (w jednym rzędzie) może pomieścić jedna z tych kolumn?
thushv89
2
czy wypróbowałeś metody w tym poście, do którego prowadzi link? konkretnie te, które używają przecięcia zestawu, wszystko, co musisz zrobić, to użyć zestawu różnic, prawda?
gold_cy
1
@aws_apprentice to rozwiązanie jest zasadniczo tym, co ma tutaj OP.
Quang Hoang
Pandas DataFrame może nie być odpowiednią strukturą danych do tego celu. Czy możesz udostępnić nieco więcej informacji o programie i danych?
AMC

Odpowiedzi:

14

Nie jestem pewien co do wydajności, ale przy braku lepszego rozwiązania może to mieć zastosowanie:

temp = df[['today', 'yesterday']].applymap(set)
removals = temp.diff(periods=1, axis=1).dropna(axis=1)
additions = temp.diff(periods=-1, axis=1).dropna(axis=1) 

Przeprowadzki:

  yesterday
0        {}
1        {}
2       {a}

Wzbogacenie:

  today
0   {c}
1   {b}
2   {b}
wieża
źródło
2
To jest bardzo szybkie.
rpanai
2
To jest rzeczywiście bardzo szybkie. Sprowadził się do około 2 sekund!
MegaCookie
2
Wow, jestem również zaskoczony występem applymap, ale cieszę się, że Ci się udało!
r.ook
2
Teraz, jak wiemy, rozwiązanie wieży jest szybkie, Czy ktoś może mi wyjaśnić. Dlaczego było szybciej?
Grijesh Chauhan
7
df['today'].apply(set) - df['yesterday'].apply(set)
Andreas K.
źródło
Dzięki! Myślę, że jest to najbardziej czytelne rozwiązanie, jednak rozwiązanie r.ook jest nieco szybsze.
MegaCookie
5

Zasugeruję, abyś obliczył additionsi removalsw ramach tego samego zastosowania.

Wygeneruj większy przykład

import pandas as pd
import numpy as np
df = pd.DataFrame({'today': [['a', 'b', 'c'], ['a', 'b'], ['b']], 
                   'yesterday': [['a', 'b'], ['a'], ['a']]})
df = pd.concat([df for i in range(10_000)], ignore_index=True)

Twoje rozwiązanie

%%time
additions = df.apply(lambda row: np.setdiff1d(row.today, row.yesterday), axis=1)
removals  = df.apply(lambda row: np.setdiff1d(row.yesterday, row.today), axis=1)
CPU times: user 10.9 s, sys: 29.8 ms, total: 11 s
Wall time: 11 s

Twoje rozwiązanie dotyczy tylko jednego

%%time
df["out"] = df.apply(lambda row: [np.setdiff1d(row.today, row.yesterday),
                                  np.setdiff1d(row.yesterday, row.today)], axis=1)
df[['additions','removals']] = pd.DataFrame(df['out'].values.tolist(), columns=['additions','removals'])
df = df.drop("out", axis=1)

CPU times: user 4.97 s, sys: 16 ms, total: 4.99 s
Wall time: 4.99 s

Za pomocą set

Chyba że twoje listy są bardzo duże, których możesz uniknąć numpy

def fun(x):
    a = list(set(x["today"]).difference(set(x["yesterday"])))
    b = list((set(x["yesterday"])).difference(set(x["today"])))
    return [a,b]

%%time
df["out"] = df.apply(fun, axis=1)
df[['additions','removals']] = pd.DataFrame(df['out'].values.tolist(), columns=['additions','removals'])
df = df.drop("out", axis=1)

CPU times: user 1.56 s, sys: 0 ns, total: 1.56 s
Wall time: 1.56 s

Rozwiązanie @ r.ook

Jeśli jesteś zadowolony z posiadania zestawów zamiast list jako danych wyjściowych, możesz użyć kodu @ r.ook

%%time
temp = df[['today', 'yesterday']].applymap(set)
removals = temp.diff(periods=1, axis=1).dropna(axis=1)
additions = temp.diff(periods=-1, axis=1).dropna(axis=1) 
CPU times: user 93.1 ms, sys: 12 ms, total: 105 ms
Wall time: 104 ms

@Andreas K. rozwiązanie

%%time
df['additions'] = (df['today'].apply(set) - df['yesterday'].apply(set))
df['removals'] = (df['yesterday'].apply(set) - df['today'].apply(set))

CPU times: user 161 ms, sys: 28.1 ms, total: 189 ms
Wall time: 187 ms

i możesz w końcu dodać, .apply(list)aby uzyskać ten sam wynik

rpanai
źródło
1
Fajne porównanie, które zrobiłeś!
MegaCookie
1

Oto pomysł przeniesienia części obliczeniowej na wektoryzowane narzędzia NumPy. Zbierzemy wszystkie dane do pojedynczych tablic dla każdego nagłówka, wykonamy wszystkie wymagane dopasowanie na NumPy i ostatecznie przekroimy z powrotem do wymaganych pozycji wierszy. Na NumPy, który wykonuje część do podnoszenia ciężarów, będziemy używać haszowania na podstawie identyfikatorów grup i identyfikatorów w obrębie każdej używanej grupy np.searchsorted. Korzystamy również z liczb, ponieważ są one szybsze dzięki NumPy. Implementacja wyglądałaby mniej więcej tak -

t = df['today']
y = df['yesterday']
tc = np.concatenate(t)
yc = np.concatenate(y)

tci,tcu = pd.factorize(tc)

tl = np.array(list(map(len,t)))
ty = np.array(list(map(len,y)))

grp_t = np.repeat(np.arange(len(tl)),tl)
grp_y = np.repeat(np.arange(len(ty)),ty)

sidx = tcu.argsort()
idx = sidx[np.searchsorted(tcu,yc,sorter=sidx)]

s = max(tci.max(), idx.max())+1
tID = grp_t*s+tci
yID = grp_y*s+idx

t_mask = np.isin(tID, yID, invert=True)
y_mask = np.isin(yID, tID, invert=True)

t_se = np.r_[0,np.bincount(grp_t,t_mask).astype(int).cumsum()]
y_se = np.r_[0,np.bincount(grp_y,y_mask).astype(int).cumsum()]

Y = yc[y_mask].tolist()
T = tc[t_mask].tolist()

A = pd.Series([T[i:j] for (i,j) in zip(t_se[:-1],t_se[1:])])
R = pd.Series([Y[i:j] for (i,j) in zip(y_se[:-1],y_se[1:])])

Dalsza optymalizacja jest możliwa na etapach obliczania t_maski y_mask, gdzie np.searchsortedmożna go ponownie użyć.

Moglibyśmy również użyć prostego przypisania tablicy jako alternatywy dla isinkroku, który należy wykonać, t_maska y_masktak -

M = max(tID.max(), yID.max())+1
mask = np.empty(M, dtype=bool)

mask[tID] = True
mask[yID] = False
t_mask = mask[tID]

mask[yID] = True
mask[tID] = False
y_mask = mask[yID]
Divakar
źródło