Podczas pracy nad rozwiązaniem innego problemu mam ten problem:

Mogę usunąć wszystkie obiekty R poprzez:

rm(list = ls(all = TRUE))

Czy istnieje równoważne polecenie, które może odłączyć zainstalowane pakiety podczas sesji roboczej?

> sessionInfo()
R version 2.12.2 (2011-02-25)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base 

wymagają (ggplot2)

Loading required package: ggplot2
Loading required package: reshape
Loading required package: plyr

Attaching package: 'reshape'

The following object(s) are masked from 'package:plyr':

    round_any

Loading required package: grid
Loading required package: proto

sessionInfo ()

R version 2.12.2 (2011-02-25)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.8.9 proto_0.3-9.1 reshape_0.8.4 plyr_1.4 

Próbowałem w ten sposób, chociaż nawet to działało w nie globalnym rozwiązaniu:

pkg <- c("package:ggplot2_0.8.9", "package:proto_0.3-9.1", "package:reshape_0.8.4",  "package:plyr_1.4")

 detach(pkg, character.only = TRUE)

Error in detach(pkg, character.only = TRUE) : invalid 'name' argument
In addition: Warning message:
In if (is.na(pos)) stop("invalid 'name' argument") :
  the condition has length > 1 and only the first element will be used

Szukam czegoś globalnego, takiego jak:

  rm(list = ls(all = TRUE))

dla obiektów, spodziewaj się, że nie usunie dołączonych pakietów podstawowych

dzięki;

Więc ktoś powinien był po prostu odpowiedzieć na następujące pytania.

lapply(paste('package:',names(sessionInfo()$otherPkgs),sep=""),detach,character.only=TRUE,unload=TRUE)

(edycja: 6-28-19) W najnowszej wersji R 3.6.0 użyj zamiast tego.

invisible(lapply(paste0('package:', names(sessionInfo()$otherPkgs)), detach, character.only=TRUE, unload=TRUE))

Zauważ, że użycie invisible (*) nie jest konieczne, ale może być przydatne, aby zapobiec blokowaniu przez odpowiedź NULL pionowo okna R.

(edycja: 20.09.2019) W wersji 3.6.1

Pomocne może być names(sessionInfo()$loadedOnly)najpierw przekonwertowanie załadowanych tylko na jawnie dołączone pakiety, a następnie odłączenie tych pakietów.

lapply(names(sessionInfo()$loadedOnly), require, character.only = TRUE)
invisible(lapply(paste0('package:', names(sessionInfo()$otherPkgs)), detach, character.only=TRUE, unload=TRUE, force=TRUE))

Można spróbować wyładować pakiety podstawowe za pośrednictwem $ basePkgs, a także spróbować użyć unloadNamespace(loadedNamespaces()). Jednak są one zwykle obarczone błędami i mogą powodować uszkodzenie podstawowych funkcji, takich jak sessionInfo()zwracanie tylko błędów. Dzieje się tak zazwyczaj z powodu braku odwracalności w projekcie oryginalnego opakowania. Obecnie timeDatemoże np. Nieodwracalnie się zepsuć.

Spróbuj tego:

detachAllPackages <- function() {

  basic.packages <- c("package:stats","package:graphics","package:grDevices","package:utils","package:datasets","package:methods","package:base")

  package.list <- search()[ifelse(unlist(gregexpr("package:",search()))==1,TRUE,FALSE)]

  package.list <- setdiff(package.list,basic.packages)

  if (length(package.list)>0)  for (package in package.list) detach(package, character.only=TRUE)

}

detachAllPackages()

Byłeś blisko. Zauważ, co ?detachma do powiedzenia o pierwszy argument namez detach():

Argumenty:

name: The object to detach.  Defaults to ‘search()[pos]’.  This can
      be an unquoted name or a character string but _not_ a
      character vector.  If a number is supplied this is taken as
      ‘pos’.

Musimy więc wielokrotnie wywoływać detach()raz dla każdego elementu pkg. Jest jeszcze kilka innych argumentów, które musimy określić, aby to zadziałało. Pierwsza tocharacter.only = TRUE , która pozwala funkcji przyjąć, że namejest to ciąg znaków - bez niego nie będzie działać. Po drugie, prawdopodobnie chcemy również zwolnić wszelką powiązaną przestrzeń nazw. Można to osiągnąć poprzez ustawienie unload = TRUE. Tak więc rozwiązaniem jest na przykład:

pkg <- c("package:vegan","package:permute")
lapply(pkg, detach, character.only = TRUE, unload = TRUE)

Oto pełny przykład:

> require(vegan)
Loading required package: vegan
Loading required package: permute
This is vegan 2.0-0
> sessionInfo()
R version 2.13.1 Patched (2011-09-13 r57007)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.utf8       LC_NUMERIC=C             
 [3] LC_TIME=en_GB.utf8        LC_COLLATE=en_GB.utf8    
 [5] LC_MONETARY=C             LC_MESSAGES=en_GB.utf8   
 [7] LC_PAPER=en_GB.utf8       LC_NAME=C                
 [9] LC_ADDRESS=C              LC_TELEPHONE=C           
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.utf8 LC_IDENTIFICATION=C      

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[7] base     

other attached packages:
[1] vegan_2.0-0   permute_0.7-0

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.13.1     lattice_0.19-33 tools_2.13.1   
> pkg <- c("package:vegan","package:permute")
> lapply(pkg, detach, character.only = TRUE, unload = TRUE)
[[1]]
NULL

[[2]]
NULL

> sessionInfo()
R version 2.13.1 Patched (2011-09-13 r57007)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.utf8       LC_NUMERIC=C             
 [3] LC_TIME=en_GB.utf8        LC_COLLATE=en_GB.utf8    
 [5] LC_MONETARY=C             LC_MESSAGES=en_GB.utf8   
 [7] LC_PAPER=en_GB.utf8       LC_NAME=C                
 [9] LC_ADDRESS=C              LC_TELEPHONE=C           
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.utf8 LC_IDENTIFICATION=C      

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[7] base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.13.1     lattice_0.19-33 tools_2.13.1

Jeśli chcesz przekształcić to w funkcję, przestudiuj kod, sessionInfo()aby zobaczyć, jak identyfikuje to, co oznacza jako „inne dołączone pakiety:”. Połącz ten fragment kodu z powyższym pomysłem w jednej funkcji, a będziesz suchy. Jednak zostawię to tobie.

nothing

Warto dodać rozwiązanie udostępnione przez Romaina François . Po załadowaniu pakiet nothing, który jest obecnie dostępny na GitHub , wyładuje wszystkie załadowane pakiety; jak w przykładzie, który podaje Romain:

loadedNamespaces()
[1] "base"      "datasets"  "grDevices" "graphics"  "methods"   "stats"
[7] "utils"

require(nothing, quietly = TRUE)

loadedNamespaces()
[1] "base"

Instalacja

Przy korzystaniu z devtoolspakietu:

devtools::install_github("romainfrancois/nothing")

pacman

Alternatywne podejście wykorzystuje pacmanpakiet dostępny w CRAN:

pacman::p_unload(pacman::p_loaded(), character.only = TRUE)

Opierając się na odpowiedzi Gavina, ale niezupełnie do pełnej funkcji, byłaby następująca:

sess.pkgs <- function (package = NULL) 
{   z <- list()
       if (is.null(package)) {
        package <- grep("^package:", search(), value = TRUE)
        keep <- sapply(package, function(x) x == "package:base" || 
            !is.null(attr(as.environment(x), "path")))
        package <- sub("^package:", "", package[keep])
    }
    pkgDesc <- lapply(package, packageDescription)
    if (length(package) == 0) 
        stop("no valid packages were specified")
    basePkgs <- sapply(pkgDesc, function(x) !is.null(x$Priority) && 
        x$Priority == "base")
    z$basePkgs <- package[basePkgs]
    if (any(!basePkgs)) {
        z$otherPkgs <-  package[!basePkgs]
    }
    z
}

lapply(paste("package:",sess.pkgs()$otherPkgs, sep=""), detach, 
                             character.only = TRUE, unload = TRUE)

lub jeśli masz RStudio, po prostu odznacz wszystkie zaznaczone pola na karcie Pakiety, aby odłączyć

#Detach all  packages
detachAllPackages <- function() {

  basic.packages <- c("package:stats","package:graphics","package:grDevices","package:utils","package:datasets","package:methods","package:base")

  package.list <- search()[ifelse(unlist(gregexpr("package:",search()))==1,TRUE,FALSE)]

  package.list <- setdiff(package.list,basic.packages)

  if (length(package.list)>0)  for (package in package.list) detach(package, character.only=TRUE)

}

detachAllPackages()

zapewni to odłączenie wszystkich pakietów poza pakietami podstawowymi

W większości przypadków jest to problem z plyrvs. dplyrUżyj tego na początku kodu:

detach("package:plyr", unload=TRUE)

Więc za każdym razem, gdy skrypt jest uruchamiany, czyści plyrpakiet

Jeśli masz problemy z pakietami, które mają podobnie nazwane funkcje, które są ze sobą w konflikcie, zawsze możesz odwołać się do przestrzeni nazw pakietu, której funkcja, której potrzebujesz.

pkg_name::function_i_want()

Połączenie fragmentów różnych odpowiedzi dało najpotężniejsze rozwiązanie, jakie udało mi się znaleźć ...

packs <- c(names(sessionInfo()$otherPkgs), names(sessionInfo()$loadedOnly))
if(length(packs) > 0){ 
  message('Unloading packages -- if any problems occur, please try this from a fresh R session')
  while(length(packs) > 0){
    newpacks <- c()
    for(packi in 1:length(packs)){
      u=try(unloadNamespace(packs[packi]))
      if(class(u) %in% 'try-error') newpacks <- c(newpacks,packs[packi])
    }
    packs <- newpacks
    Sys.sleep(.1)
  }
}