Nie można zainstalować pakietu R w Ubuntu 11.04 [zamknięty]

130

Jestem nowy w Linuksie i R.

Zainstalowałem R 2.12 w Ubuntu 11.04. Dzisiaj próbowałem zainstalować nowy pakiet, więc uruchomiłem następujące polecenie:

install.packages('XML')

Ale instalacja nie powiodła się i podała następujące informacje:

* installing *source* package ‘XML’ ...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
No ability to remove finalizers on externalptr objects in this verison of R
checking for sed... /bin/sed
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking for xml2-config... no
Cannot find xml2-config
ERROR: configuration failed for package ‘XML’
* removing ‘/home/spirit/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12/XML’

The downloaded packages are in
    ‘/tmp/RtmpoZYxnv/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("XML") :
  installation of package 'XML' had non-zero exit status

Próbowałem też:

sudo install.packages('XML')

Ale podaje te same informacje o błędzie.

Czy ktoś może mi doradzić?

Derrick Zhang
źródło
Zainstalować xml2-config?
Wayne Werner
9
To pytanie właśnie pomogło mi (ponownie) w Ubuntu 14.04
geneorama
2
Nie wiem, czy pytanie jest nie na temat, czy nie, ale odpowiedź poniżej również rozwiązała mój problem z Ubuntu Trusty Tahr.
msoftrain
Czy należy to przenieść do stosu AskUbuntu? Jest to kwestia dotycząca korzystania z R lub RStudio (choć prawdopodobnie występuje z innym oprogramowaniem?), Spowodowana brakiem wymaganych pakietów oprogramowania w Ubuntu. Wydaje się, że jest to dość powszechne pytanie na liście „Powiązane”, którą widzę po prawej stronie. I słusznie można by zapytać, dlaczego tych pakietów brakuje w Ubuntu?
Rick Henderson
1
@rickHenderson Jest to również przydatne w innych dystrybucjach Linuksa.

Odpowiedzi:

213

Metoda install.packages

Musisz zainstalować pakiet ubuntu, libxml2-devwięc w zachęcie powłoki wpisz:

sudo apt-get update
sudo apt-get install libxml2-dev

Będziesz potrzebował sudodo tego specjalnych uprawnień.

Metoda pakietu Ubuntu

Jak wspomnieli Richie i Dirk, możesz również użyć:

sudo apt-get install r-cran-xml

Jeśli pójdziesz tą ścieżką, polecam sprawdzenie strony Źródła R ubuntu, która zapewni ci aktualną wersję R i powiązane pakiety R. Może to być ważne, jeśli używasz wersji LTS systemu Ubuntu.

csgillespie
źródło
1
Czy możesz spróbować synaptic? poszukaj tam pakietu, którego potrzebujesz
pacomet
r-cran-xml to za mało, musiałem zrobić libxml2-dev
Ferroao
Dzielę się obserwacją dotyczącą podobnego problemu, który może pomóc użytkownikom MAC. Mimo że miałem wszystkie zależne biblioteki, nadal otrzymuję błędy. Po wielu próbach to właśnie mnie uratowało - Podczas instalacji przez rstudio przy użyciu install.packages (), pojawia się pytanie -Czy chcesz zainstalować ze źródeł pakiet, który wymaga kompilacji? y / n: Wpisz tutaj swoją odpowiedź jako „n”. To zadziałało dla mnie.
sługus
Tylko w Debianie stretch sudo apt-get install libxml2-devwystarczy do pracy
Adriano Rivolli
Otrzymuję ten błąd: sudo apt-get install r-cran-xml
Suat Atan PhD
29

Odpowiedź Colina jest poprawna w wąskim sensie, ale jednocześnie błędna, jak możesz po prostu powiedzieć

 sudo apt-get install r-cran-xml

ponieważ XML jest jednym z pakietów CRAN dostępnych w Ubuntu. Czy apt-cache search r-cran-*widzisz innych.

Dirk Eddelbuettel
źródło