grep zachowuje się inaczej na Fedorze i Ubuntu

Kiedy uruchamiam to w Fedorze, widzę to:

$ ls hmm_data/indivA12_AATAAG/refs/par1/
2R-orths.alleles  2R-ref.alleles
$ ls hmm_data/indivA12_AATAAG/refs/par1/ | grep -F '-ref.alleles'
2R-ref.alleles

Ale kiedy uruchamiam na Ubuntu (te same dane), nie otrzymuję żadnych wyników z grep:

$ ls hmm_data/indivA12_AATAAG/refs/par1/
2R-orths.alleles  2R-ref.alleles
$ ls hmm_data/indivA12_AATAAG/refs/par1/ | grep -F '-ref.alleles'

Jakieś pomysły, co się dzieje? Jak mogę wymyślić coś, co będzie działać tak samo na obu systemach?

grep -F '-ref.alleles'

jest równa:

grep -F -ref.alleles

(żaden z znaków między apostrofami nie jest metaznakami powłoki, więc cytowanie ich nie ma żadnego efektu).

To z kolei odpowiada:

grep -F -r -e f.alleles

przez normalne parsowanie -prefiksowanych opcji. -eOpcja wymaga argumentu, ale -Fi -rnie.

Ponieważ nie określiłeś żadnych plików do grep, domyślnym zachowaniem jest działanie na stdin ... z wyjątkiem tego, że -ropcja nie ma sensu, więc domyślnie przeszukuje .(bieżący katalog) rekurencyjnie zamiast tego i ignoruje stdin. W niektórych wersjach.

Musisz użyć wskaźnika --„więcej opcji” przed wyrażeniem regularnym rozpoczynającym się od -jak w

grep -F -- -ref.alleles

Wyśledziłem punkt, w którym -rzmieniło się zachowanie bez argumentów pliku. To było w wersji 2.11, wydanej 2 marca 2012 r. Zobacz ogłoszenie o wydaniu.

Zatwierdzenia git, które wpłynęły na zachowanie, są tym i tym .

Jeśli działasz grep --versionna dwóch komputerach, jestem pewien, że zauważysz, że jedna z nich jest po niewłaściwej stronie 2.11

Największy -jest problem. Aby uzyskać takie same wyniki, dodaj --:

grep -F -- '-ref.alleles'

Od man bash:

A -- signals the end of options and disables further option
processing. Any arguments after the -- are treated as filenames
and arguments.

Sprawdź .bashrc, czy w poleceniu grep są jakieś aliasy, które przesłaniają jego zachowanie. Może to jest problem. Spróbuj także grep bez parametru „-F”.