W badaniach ekspresji genów za pomocą mikromacierzy dane dotyczące intensywności muszą zostać znormalizowane, aby można było porównać intensywności między poszczególnymi osobami, między genami. Pojęciowo i algorytmicznie, jak działa „normalizacja kwantowa” i jak wytłumaczyłbyś to statystyce?
genetics
normalization
microarray
Stephen Turner
źródło
źródło
Odpowiedzi:
Porównanie metod normalizacji danych matrycowych oligonukleotydów o wysokiej gęstości na podstawie wariancji i błędu systematycznego przez Bolstad i in. wprowadza normalizację kwantową dla danych tablicowych i porównuje ją z innymi metodami. Ma dość jasny opis algorytmu.
Koncepcyjne zrozumienie polega na tym, że jest to transformacja tablicyjot za pomocą funkcji fa^- 1∘ G.^jot gdzie sol^jot jest szacunkową funkcją rozkładu i fa^- 1 jest odwrotnością szacunkowej funkcji rozkładu. W konsekwencji znormalizowane rozkłady stają się identyczne dla wszystkich tablic. Do normalizacji kwantowejsol^jot jest empirycznym rozkładem macierzy jot i fa^ jest rozkładem empirycznym uśrednionych kwantyli w różnych tablicach.
Pod koniec dnia jest to metoda transformacji wszystkich tablic, aby miały wspólny rozkład intensywności.
źródło