Jak działa normalizacja kwantowa?

15

W badaniach ekspresji genów za pomocą mikromacierzy dane dotyczące intensywności muszą zostać znormalizowane, aby można było porównać intensywności między poszczególnymi osobami, między genami. Pojęciowo i algorytmicznie, jak działa „normalizacja kwantowa” i jak wytłumaczyłbyś to statystyce?

Stephen Turner
źródło
2
Proste: to „stopniowanie na krzywej”. :-) Podaję algorytm na stronie quantdec.com/envstats/notes/class_03/probability.htm („Czytanie wykresów QQ”).
whuber
Ten plik PDF wyjaśnia normalizację kwantową za pomocą prostego, działającego przykładu: plexdb.org/modules/documentation/RMAexplained.pdf Artykuł wyjaśnia większy proces (RMA), ale normalizacja kwantowa jest wykonywana jako jeden z etapów.
JHubbard80,

Odpowiedzi:

7

Porównanie metod normalizacji danych matrycowych oligonukleotydów o wysokiej gęstości na podstawie wariancji i błędu systematycznego przez Bolstad i in. wprowadza normalizację kwantową dla danych tablicowych i porównuje ją z innymi metodami. Ma dość jasny opis algorytmu.

Koncepcyjne zrozumienie polega na tym, że jest to transformacja tablicy jot za pomocą funkcji fa^-1sol^jot gdzie sol^jot jest szacunkową funkcją rozkładu i fa^-1jest odwrotnością szacunkowej funkcji rozkładu. W konsekwencji znormalizowane rozkłady stają się identyczne dla wszystkich tablic. Do normalizacji kwantowejsol^jot jest empirycznym rozkładem macierzy jot i fa^ jest rozkładem empirycznym uśrednionych kwantyli w różnych tablicach.

Pod koniec dnia jest to metoda transformacji wszystkich tablic, aby miały wspólny rozkład intensywności.

NRH
źródło