Próbuję określić wzór dla liniowego modelu mieszanego efektu (z lme4
) dla mojego projektu eksperymentalnego, ale nie jestem pewien, czy robię to dobrze.
Projekt: w zasadzie mierzę parametr odpowiedzi na roślinach. Mam 4 poziomy leczenia i 2 poziomy nawadniania. Rośliny są pogrupowane na 16 poletek, w ramach każdego poletka próbuję 4 podploty. Na każdym poletku wykonuję od 15 do 30 obserwacji (w zależności od liczby znalezionych roślin). Oznacza to, że w sumie jest 1500 wierszy.
Początkowo poziom podplotu był tutaj tylko do celów próbkowania, ale pomyślałem, że chciałbym wziąć to pod uwagę w modelu (jako zmienna 64-poziomowa), ponieważ widziałem, że istnieje duża zmienność między poszczególnymi podplotami , nawet na tym samym poletku (większa niż zmienność między całymi poletkami).
Moim pierwszym pomysłem było napisanie:
library(lme4)
fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot/plot), data=mydata)
lub
fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot) + (1|plot), data=mydata)
Czy to jest poprawne? Nie jestem pewien, czy muszę zachować oba poziomy wykresu / wykresu cząstkowego w mojej formule. Żaden ustalony efekt nie jest znaczący, ale efekty losowe są bardzo znaczące.
źródło