Powiedz, że masz takie dane o przeżyciu:
obs <- data.frame(
time = c(floor(runif(100) * 30), floor((runif(100)^2) * 30)),
status = c(rbinom(100, 1, 0.2), rbinom(100, 1, 0.7)),
group = gl(2,100)
)
Aby wykonać standardowy test rang dziennika, można użyć
survdiff(Surv(time, status) ~ group, data = obs, rho = 0)
dobrze?
Ale co z innym testem? Jak mógłbyś wykonać test rangi podpisany przez Wilcoxona, test Peto lub test Fleminga-Harringtona?
R zapewnia możliwość przeprowadzenia testu Wilcoxona , jednak nie znalazłem sposobu, aby pozwolić na uwzględnienie cenzury.
Ponadto doktor stwierdza, że ustawienie rho = 1
spowodowałoby, że test byłby „modyfikacją Peto i Peto testu Gehana-Wilcoxona”. Ale czy to to samo, co test Peto?
r
survival
wilcoxon-signed-rank
Marcel
źródło
źródło
survdiff
ustawień,rho=1
jest to test Peto ...wilcox.test
uwzględnienie cenzury. Zerho=1
jestem pewien, czy jest to test Peto lub test Wilcoxona, jak doc stwierdza „Peto i Peto modyfikację testu Gehan-Wilcoxona”. Nie trzeba głosować.Odpowiedzi:
(Prawdopodobnie powinieneś przytoczyć źródło swoich konwencji nazewnictwa i wyjaśnić bardziej szczegółowo, dlaczego powstaje to pytanie. Jeśli jest to przypadek próby dopasowania dokumentacji dla SAS lub SPSS, możemy napotkać trudności międzykulturowe).
Szybka odpowiedź na konkretne pytanie dotyczące sposobu uzyskania „testu Peto” polega na użyciu rho = 1, ale będzie to przybliżenie. Odnosząc się do sekcji z jedną próbą i dwóch prób z rozdziału 7 w „Analizy przetrwania” Kleina i Moeschbergera, czytamy, że wersja Peto-Peto i wersja Gehan były wersjami dwóch prób (ocenzurowanych) Manna-Whitneya Wilcoxona test dwóch próbek, ale wykorzystano różne wersje estymatora funkcji przeżycia. Nie ma jednego „testu Fleminga-Harringtona”, ponieważ termin ten odnosi się do rodziny testów, które redukują się do rangi logarytmicznej i testów typu Wilcoxona przy określonych wartościach
rho
. (Funkcja R / Ssurv.diff
ma parametr q rodziny Fleming-Harrington ustalony na 0 i zmienia tylko parametr p, który nazywa rho.)Meta-pytanie brzmi: czy powinieneś skupiać się na imionach, a nie na matematycznej substancji? Wybór p = rho = 0 (przy q ustalonej na 0) w rodzinie Fleminga-Harringtona waży różnice (OE) lub różnice między grupami jednakowo w całym zakresie czasów, podczas gdy testy Gehana-Wilcoxona i Peto-Peto ważą wcześnie śmierci silniej. Moim zdaniem (jako lekarza) rozsądne jest, aby ważenie rozważanych wczesnych różnic było bardziej prawdopodobne dla typowego przypadku, ale można sobie wyobrazić konkretne przypadki, w których można by obronić inny wybór.
źródło
Aby odpowiedzieć na pytanie, jak obliczyć to w R, możesz użyć
comp()
funkcji zsurvMisc
pakietu. Przykład:Aby wybrać parametry testu Fleminga-Harringtona (pokazane w ostatnim wierszu), użyj argumentów
FHp
iFHq
. Na przykład,daje ci normalny test log-rank (pokazany również w pierwszym wierszu w pierwszym przykładzie).
źródło
comp(ten(fit))