Ponieważ ogólną zgodą wydaje się być stosowanie modeli mieszanych lmer()
w R zamiast klasycznej ANOVA (z często cytowanych powodów, takich jak niezrównoważone projekty, skrzyżowane efekty losowe itp.), Chciałbym spróbować z moimi danymi. Martwię się jednak, że będę w stanie „sprzedać” to podejście mojemu przełożonemu (który w końcu oczekuje klasycznej analizy z wartością p) lub później recenzentom.
Czy mógłbyś polecić jakieś fajne przykłady opublikowanych artykułów, które wykorzystywały modele mieszane lub lmer()
różne projekty, takie jak powtarzane pomiary lub wiele projektów wewnątrz i między podmiotami dla biologii, psychologii, medycyny?
nlme
lublme4
.Odpowiedzi:
Aktualizacja 3 (maj 2013): Kolejny bardzo dobry artykuł na temat mieszanych modeli w psychologii został opublikowany w Journal of Memory and Language (chociaż nie zgadzam się z wnioskami autorów dotyczącymi uzyskiwania wartości p , patrz pakiet
afex
). Bardzo ładnie omawia sposób określania struktury efektów losowych. Przeczytaj to!Barr, DJ, Levy, R., Scheepers, C., i Tily, HJ (2013). Struktura efektów losowych do testowania hipotez potwierdzających: zachowaj maksymalną wartość . Journal of Memory and Language , 68 (3), 255–278. doi: 10.1016 / j.jml.2012.11.001
Aktualizacja 2 (lipiec 2012 r.): Artykuł zalecający stosowanie w psychologii (społecznej) w przypadku skrzyżowania (np. Uczestników i przedmiotów) efektów losowych.
Najważniejsze jest to: pokazuje, jak uzyskać wartości p za pomocą pakietu pbkrtest :
Judd, CM, Westfall, J., i Kenny, DA (2012). Traktowanie bodźców jako przypadkowego czynnika w psychologii społecznej: Nowe i kompleksowe rozwiązanie wszechobecnego, ale w dużej mierze ignorowanego problemu. Journal of Personality and Social Psychology , 103 (1), 54–69. doi: 10.1037 / a0028347
(dostępny tylko jako Word .doc)
Jake Westfall powiedział mi (na pocztę), że alternatywą dla uzyskania wartości p dla zalecanego przybliżenia Kenwarda-Rogersa (stosowanego w pbkrtest) jest (mniej optymalne) przybliżenie Satterthwaite, które można znaleźć w pakiecie MixMod za pomocą tej
anovaTab
funkcji.Mała aktualizacja do ostatniej aktualizacji: Mój pakiet R
afex
zawiera funkcjęmixed()
wygodnego uzyskiwania wartości p dla wszystkich efektów w modelu mieszanym. Alternatywnie,car
pakiet uzyskuje teraz także wartości p dla modeli mieszanych wAnova()
użyciutest.statistic = "F"
AKTUALIZACJA 1: Kolejny artykuł opisujący lme4
Kliegl, R., Wei, P., Dambacher, M., Yan, M., i Zhou, X. (2011). Efekty eksperymentalne i indywidualne różnice w liniowych modelach mieszanych: szacowanie związku między efektami przestrzennymi, obiektowymi i przyciągania w uwadze wzrokowej. Frontiers in Quantitative Psychology and Measurement , 1, 238. doi: 10.3389 / fpsyg.2010.00238
Oryginalna odpowiedź:
Nie mam wielu przykładów, tylko jeden (patrz poniżej), ale znam kilka artykułów, które powinieneś zacytować z Psychologii / Nauk poznawczych. Najważniejszy z nich to zdecydowanie:
Baayen, RH, Davidson, DJ i Bates, DM (2008). Modelowanie efektów mieszanych ze skrzyżowanymi efektami losowymi dla przedmiotów i przedmiotów. Journal of Memory and Language , 59 (4), 390–412. doi: 10.1016 / j.jml.2007.12.005
Kolejnym z Baayen jest:
Baayen, RH i Milin, P. (2010). Analizowanie czasów reakcji. International Journal of Psychological Research , 3 (2), 12–28.
Właściwie całkowicie spodobała mi się również jego książka, która zawiera również ładny rozdział wprowadzający na temat modelu mieszanego (i jest dość tani jak na książkę ze statystykami):
Baayen, RH (2008). Analizowanie danych językowych: praktyczny wstęp do statystyk z wykorzystaniem R . Cambridge, Wielka Brytania; Nowy Jork: Cambridge University Press.
Prawdopodobnie ma też dużo artykułów
lme4
, ale ponieważ moim głównym zainteresowaniem nie jest psycholingwistyka, możesz sprawdzić jego stronę główną .Z mojej dziedziny (rozumowania) znam ten jeden artykuł, który wykorzystuje
lme4
:Fugard, AJB, Pfeifer, N., Mayerhofer, B., i Kleiter, GD (2011). Jak ludzie interpretują warunki warunkowe: Przechodzi w stronę zdarzenia warunkowego. Journal of Experimental Psychology: Learning, Memory and Cognition , 37 (3), 635–648. doi: 10.1037 / a0022329
(choć mam wrażenie, że używają testu współczynnika wiarygodności do porównywania modeli, które różnią się jedynie ustalonymi parametrami, o których słyszałem, że nie jest to właściwy sposób. Myślę, że zamiast tego należy użyć AIC.)
źródło
ez
pakietu: groups.google.com/forum/#!topic/ez4r/GQTEtNziRwE Mike cytuje Pinheiro i Batesa (2000), patrz link.To bardzo cytowany artykuł na temat mieszanych modeli ekologii i ewolucji:
źródło
Poniższy artykuł stara się promować wykorzystanie modelowania wielopoziomowego w środowisku nauk społecznych:
Cytując streszczenie:
Analiza artykułów wymienionych w Google Scholar jako cytowanie tego artykułu sugeruje kilka innych przydatnych wskazówek .
źródło
lme
znlme
zamiastlmer
zlme4
. (+1)Czytam Zuur, AF, Ieno, EN, Walker, N., Saveliev, AA i Smith, GM (2009). Modele efektów mieszanych i rozszerzenia w ekologii z R . Nowy Jork, NY: Springer Science + Business Media, LLC. Jest napisany dla ekologów, więc statystyki są dość łatwe do naśladowania; Myślę, że przydałoby się to osobom z innych dyscyplin, takich jak medycyna czy psychologia. Uwzględniono wiele studiów przypadków, a każde zawiera szczegółową sekcję, w jaki sposób najlepiej spisać statystyki w formie papierowej.
źródło
Doskonałym przykładem zastosowania mieszanych modeli w ekologii jest:
Niestety używa starszych bibliotek R.
źródło