Materiały do ​​nauki łańcucha Markowa i ukrytych modeli Markowa

57

Szukam zasobów (samouczki, podręczniki, webcast itp.), Aby dowiedzieć się więcej o Markov Chain i HMM. Pochodzę z zawodu biologa i obecnie jestem zaangażowany w projekt związany z bioinformatyką.

Ponadto, jakie są niezbędne podstawy matematyczne, których potrzebuję, aby dobrze zrozumieć modele Markowa i HMM?

Rozglądałem się za pomocą Google, ale jak dotąd nie znalazłem dobrego samouczka wprowadzającego. Jestem pewien, że ktoś tu wie lepiej.

references markov-process hidden-markov-model bioinformatics łuk
źródło
2
Prawdopodobnie powinieneś zamienić swój post w wiki społeczności, ponieważ nie ma poprawnej odpowiedzi.
csgillespie
1
Właśnie to przekonwertowałem.

Odpowiedzi:

19

Oto kilka samouczków (dostępnych jako pliki PDF):

  1. Dugad i Desai, Samouczek na temat ukrytych modeli markowa
  2. Valeria De Fonzo1, Filippo Aluffi-Pentini2 i Valerio Parisi (2007). Ukryte modele Markowa w bioinformatyce . Current Bioinformatics , 2 , 49-61.
  3. Smith, K. Hidden Markov Models in Bioinformatics with Application to Gene Finding in Human DNA

Zobacz także samouczki poświęcone bioconduktorom .

Zakładam, że chcesz wolnych zasobów; w przeciwnym razie Bioinformatyka z Polańskiego i Kimmela (Springer, 2007) zapewnia ładny przegląd (§ 2.8–2.9) i zastosowania (część II).

chl
źródło
8

Zaskakujące jest to, że żadna z odpowiedzi nie wspomina o tutorialu Rabinera na temat HMM.

Chociaż praktyczne wdrożenie (druga część artykułu) koncentruje się na rozpoznawaniu mowy, ten artykuł jest prawdopodobnie najczęściej cytowany w literaturze HMM, ze względu na jego jasny i dobrze przedstawiony charakter.

Zaczyna się od wprowadzenia łańcuchów markowa, a następnie przechodzi do HMM.

Zhubarb
źródło
5

W przypadku aplikacji bioinformatycznych klasyczny tekst na temat HMM brzmiałby: Durbin, Eddy, Krough i Michison, „ Analiza sekwencji biologicznej - probabilistyczne modele białek i kwasów nukleinowych”, Cambridge University Press, 1998, ISBN 0-521-62971-3. Jest to techniczne, ale bardzo jasne i uważam, że jest bardzo przydatne.

Dla MCMC jest najnowsza (wersja) książka Roberta i Caselli „ Wprowadzenie do metod Monte Carlo za pomocą R” , Springer, która wygląda dobrze, ale nie miałem jeszcze okazji jej przeczytać (na przykład używa R. co jest dobrym sposobem na naukę, ale najpierw muszę się nauczyć R; o)

Dikran Torbacz
źródło
3

Oto kilka notatek Ramona van Handla z Princeton:

Kurs stanowi wprowadzenie do niektórych podstawowych metod matematycznych, statystycznych i obliczeniowych dla ukrytych modeli Markowa.

Pierwsza sekcja zawiera ładny zestaw aplikacji HMM w biologii, finansach, ...

Rodrigo de Azevedo
źródło
2

Oto miłe interaktywne wprowadzenie do łańcuchów Markowa http://setosa.io/ev/markov-chains/

Galina Alperowicz
źródło
Ponieważ pytanie dotyczy zasobów do nauki Łańcuchów Markowa, odpowiedni jest tutaj link do samouczka - jest to jeden z przypadków, w którym nie spodziewalibyśmy się, że twoja odpowiedź będzie samodzielna i spróbujesz całkowicie podsumować treść linku - ale byłoby znacznie lepiej, gdybyś mógł dołączyć do linku trochę opisu tego, co obejmuje ten zasób, np. na jakim poziomie jest on rozłożony (jakieś warunki matematyczne?) i jakie tematy obejmuje.
Silverfish,