Mam eksperyment, który spróbuję tu streścić. Wyobraź sobie, że rzucam przed sobą trzy białe kamienie i proszę, abyś osądził ich pozycję. Rejestruję różnorodne właściwości kamieni i twoją odpowiedź. Robię to na wiele tematów. Generuję dwa modele. Jednym z nich jest to, że najbliższy kamień przewiduje Twoją odpowiedź, a drugi to, że geometryczny środek kamieni przewiduje Twoją odpowiedź. Używając lmera w RI można pisać.
mNear <- lmer(resp ~ nearest + (1|subject), REML = FALSE)
mCenter <- lmer(resp ~ center + (1|subject), REML = FALSE)AKTUALIZACJA I ZMIANA - bardziej bezpośrednia wersja zawierająca kilka pomocnych komentarzy
Mogłabym spróbować
anova(mNear, mCenter)Co jest oczywiście niepoprawne, ponieważ nie są zagnieżdżone i nie mogę ich tak naprawdę porównać. Spodziewałem się, że anova.mer zgłosi błąd, ale tak się nie stało. Ale możliwe zagnieżdżenie, które mógłbym tutaj wypróbować, nie jest naturalne i wciąż pozostawia mi nieco mniej analityczne stwierdzenia. Gdy modele są zagnieżdżone w sposób naturalny (np. Kwadratowy na liniowym), test jest tylko jeden sposób. Ale co w tym przypadku oznaczałoby asymetryczne ustalenia?
Na przykład mógłbym zrobić model trzy:
mBoth <- lmer(resp ~ center + nearest + (1|subject), REML = FALSE)Więc mogę anova.
anova(mCenter, mBoth)
anova(mNearest, mBoth)Jest to słuszne i teraz stwierdzam, że środek dodaje do najbliższego efektu (drugie polecenie), ale BIC faktycznie rośnie, gdy najbliższy jest dodawany do środka (korekta dolnego parsimony). Potwierdza to, co było podejrzane.
Ale czy znalezienie tego jest wystarczające? I czy to jest sprawiedliwe, gdy centrum i najbliższy są tak bardzo skorelowani?
Czy istnieje lepszy sposób analitycznego porównania modeli, gdy nie chodzi o dodawanie i odejmowanie zmiennych objaśniających (stopnie swobody)?
Odpowiedzi:
Mimo to można obliczyć przedziały ufności dla ustalonych efektów i zgłosić AIC lub BIC (patrz np. Cnann i in. , Stat Med 1997 16: 2349).
Teraz możesz zainteresować się oceną naśladowania modelu za pomocą parametrycznego bootstrap , autorstwa Wagenmakers i in. co wydaje się bardziej przypominać początkowe pytanie dotyczące oceny jakości dwóch konkurencyjnych modeli.
W przeciwnym razie dwa artykuły na temat miary wyjaśnionej wariancji w LMM, które przychodzą mi do głowy:
Ale może są lepsze opcje.
źródło
Postępowanie zgodnie z sugestią ronafa prowadzi do bardziej aktualnego artykułu Vuonga dotyczącego testu współczynnika wiarygodności na modelach nieporuszonych. Opiera się na KLIC (Kullback-Leibler Information Criterion), który jest podobny do AIC, ponieważ minimalizuje odległość KL. Ale ustanawia probabilistyczną specyfikację dla hipotezy, więc użycie LRT prowadzi do bardziej zasadniczego porównania. Bardziej dostępna wersja testów Coxa i Vuonga została przedstawiona przez Clarke i in .; w szczególności patrz rysunek 3, który przedstawia algorytm obliczania testu Vuong LRT.
Wygląda na to, że istnieją implementacje R testu Vuong w innych modelach, ale nie lmer. Jednak wspomniany powyżej zarys powinien wystarczyć do jego wdrożenia. Nie sądzę, aby można było oszacować prawdopodobieństwo oszacowane w każdym punkcie danych z lmera, jak jest to wymagane do obliczeń. W notatce na temat sig-ME Douglas Bates ma pewne wskazówki, które mogą być pomocne (w szczególności wspomnianą winietę ).
Starsze
Inną opcją jest rozważenie dopasowanych wartości z modeli w teście dokładności prognozowania. Statystyka Williamsa-Kloota może być tutaj odpowiednia. Podstawowym podejściem jest regresja wartości rzeczywistych względem liniowej kombinacji dopasowanych wartości z dwóch modeli i przetestowanie nachylenia:
Pierwszy artykuł opisuje test (i inne), podczas gdy drugi ma zastosowanie w ekonometrycznym modelu panelu.
Podczas używania
lmeri porównywania AIC domyślną funkcją jest użycie metody REML (Ograniczone maksymalne prawdopodobieństwo). Jest to przydatne do uzyskiwania mniej tendencyjnych oszacowań, ale przy porównywaniu modeli powinieneś ponownie dopasować, zREML=FALSEktórym używa się metody Maksymalnego prawdopodobieństwa do dopasowania. W książce Pinheiro / Bates wspomniano o pewnych warunkach, w których można porównywać AIC / Prawdopodobieństwo z REML lub ML, i mogą one mieć zastosowanie w twoim przypadku. Jednak ogólne zalecenie to po prostu ponowne dopasowanie. Na przykład zobacz post Douglasa Batesa tutaj:źródło
jest artykuł autorstwa drcoxa, który omawia testowanie osobnych [niezaniechanych] modeli. rozważa kilka przykładów, które nie powodują złożoności modeli mieszanych. [ponieważ moja funkcja z kodem R jest ograniczona, nie jestem pewien, jakie są twoje modele.]
artykuł altho coxa może nie rozwiązać twojego problemu bezpośrednio, może być pomocny na dwa możliwe sposoby.
możesz wyszukiwać w Google Scholar cytaty do jego pracy, aby sprawdzić, czy kolejne takie wyniki zbliżą się do tego, czego chcesz.
jeśli masz skłonność analityczną, możesz spróbować zastosować metodę Coxa do swojego problemu. [może nie dla osób o słabych nerwach.]
btw - cox wspomina przy przekazywaniu pomysłu srikant poruszył połączenie dwóch modeli w jeden większy. nie dąży do tego, jak zdecydować, który model jest lepszy, ale zauważa, że nawet jeśli żaden model nie jest bardzo dobry, model łączony może odpowiednio dopasować dane. [w twojej sytuacji nie jest jasne, czy kombinowany model miałby sens.]
źródło
Nie znam R na tyle dobrze, aby parsować kod, ale oto jeden pomysł:
Oszacuj model, w którym masz zarówno środek, jak i bliską zmienną towarzyszącą (nazwij to mBoth). Następnie mCenter i mNear są zagnieżdżone w mBoth i można użyć mBoth jako punktu odniesienia do porównania względnej wydajności mCenter i mNear.
źródło