Zero-napompowany ujemny dwumianowy model mieszanych efektów w R.

17

Czy istnieje taki pakiet, który przewiduje oszacowanie modelu mieszanych efektów dwumianowych z zerowym napełnieniem ujemnym w R?

Rozumiem przez to:

  • Inflacja zerowa, w której można określić model dwumianowy dla inflacji zerowej, jak w funkcji zeroinfl w pakiecie pscl: 

    zeroinfl (y ~ X | Z, dist = "negbin")
    gdzie Z jest wzorem na model zerowej inflacji;

  • Ujemny rozkład dwumianowy dla części zliczającej modelu;

  • Określono losowe efekty podobne do funkcji lmer pakietu lme4.

Rozumiem, że glmmADMB może to wszystko zrobić, z wyjątkiem tego, że nie można określić formuły zerowej inflacji (jest to tylko punkt przecięcia, tzn. Z to tylko 1). Ale czy są jakieś inne pakiety, które mogą to wszystko zrobić?

Będę bardzo wdzięczny za twoją pomoc!

r mixed-model count-data negative-binomial zero-inflation Nikita Samoylov
źródło
Szukam tego samego. Myślę, że glmmADMB jest tym, czego chcę, ale nie mogę go uruchomić.
gregmacfarlane,
Zastanawiam się, czy pakiety ZIM lub AOD mogą robić to, co chcesz?
Graeme Walsh
2
W ramach aktualizacji pakiet glmmTMB firmy Ben Bolker obsługuje zerowy napompowany uogólniony liniowy model mieszany (ZIGLMM).
JWilliman

Odpowiedzi:

5

Myślę, że to jest pakiet, którego potrzebujesz: glmmADMB. Pobrałem go tutaj: http://otter-rsch.com/admbre/examples/glmmadmb/glmmADMB.html

Ale nadal miałem problemy z uruchomieniem go, więc postępowałem zgodnie z instrukcjami podanymi w tym linku i teraz działa dobrze http://glmmadmb.r-forge.r-project.org/

Mam nadzieję że to pomoże!

RocioC
źródło
Należy pamiętać, że ten pakiet pozwala jedynie na dopasowanie stałego terminu dla części modelu o zerowej inflacji.
user2390246
1

Pscl pakiet przewiduje zerową zawyżone modelu Poissona. Nie sądzę, że może zrobić negatywny model dwumianowy, ale może to być miejsce, od którego można zacząć. Połączony artykuł o JSS omawia również powiązane pakiety, które mogą prowadzić do tego, czego szukasz.

Charlie
źródło
1
Pakiet pscl zezwala (teraz) na ujemne modele dwumianowe przy użyciuzeroinfl(..., dist = "negbin", ...)
user2390246 19.04.18
0

W zależności od tego, co próbujesz zrobić, możesz spojrzeć na pakiet aster . Modele Aster pozwalają na wspólną analizę wielu zmiennych o różnych rozkładach prawdopodobieństwa, a ostatnio zostały zaktualizowane, aby umożliwić losowe efekty . Zostały one zaprojektowane do analizy historii życia i będą działać w sytuacjach, w których możesz podzielić swoją reakcję na różne części o różnych rozkładach (np. Przeżycie = Bernoulli, rozmnażanie = Poisson). Potrafią poradzić sobie z „inflacją zerową”, modelując większość zer jako bernoulli, a resztę odpowiedzi jako ujemny dwumianowy.

Znajdziesz mnóstwo dokumentacji tutaj:

http://www.stat.umn.edu/geyer/aster/

JohnSG
źródło