Korzystasz z dystrybucji Eclipse ukierunkowanej na PHP. Możliwe jest rozszerzenie funkcjonalności dowolnej dystrybucji poprzez instalację wtyczek, ponieważ Eclipse jest platformą wtyczek. Może to jednak powodować problemy, takie jak niekompatybilność wtyczek (patrz podobne pytanie - https://stackoverflow.com/questions/31916085/combining-eclipse-for-java-ee-and-cdt?lq=1 ).
Więc jeśli szukasz rozwiązania z mniej możliwymi problemami, sugeruję użycie oddzielnej dystrybucji - Narzędzi Web ( http://www.eclipse.org/webtools/ ), która zawiera zainstalowane odpowiednie wtyczki. W ten sposób będziesz mieć dwie bezpieczne w użyciu dystrybucje, które nie będą na siebie oddziaływać.