W Ubuntu 9.x, 10.x plik .xinitrc najwyraźniej nie jest używany. Gdzie więc umieszczasz swoje rzeczy z Xinitem?
Uwaga: pytając o to tutaj, odpowiadając na nie sam, w świetle https://serverfault.com/questions/87156/ubuntu-karmic-ignores-xinitrc
Zamiast tego użyj .xsession. Możesz zdecydować się na dowiązanie symboliczne .xinitrc do .xsession, jeśli chcesz:
ln -s .xinitrc .xsession
Mimo to wciąż nie jestem pewien, dlaczego tak się dzieje. Więcej informacji na temat sposobu uruchamiania X Ubuntu będzie pomocne w tym przypadku.