Błąd podczas wykonywania polecenia

To był mój wkład w próbę zminimalizowania mojej struktury białka w AMBER.

$sander -O -i Min.in -o Min.out -p prmtop -c inpcrd -r Min.rst

i wynik powiedział

-bash: -O: command not found

To musi być składnia. Proszę pomóż.

Oczywiście twoim problemem jest to, że zmienna sandernie jest zdefiniowana lub ma pustą wartość. Możesz to sprawdzić, wykonując następujące polecenia:

echo $sander
set|grep sander