Czy można wyłączyć domyślny / synchronizowany folder synchronizacji?

Według kodu źródłowego - nie jest, ale co jeśli się mylę?

Zatem ostatnie pytanie: czy można uruchomić włóczęgę VM (napędzaną przez virtualbox) bez /vagrantsynchronizowanego folderu?

Tak. W pliku Vagrantfile:

Vagrant.configure('2') do |config|
  config.vm.synced_folder '.', '/vagrant', disabled: true
  # ...
end