R 3.5.0 dla Ubuntu

23

Pakiety instalacyjne R 3.5.0 dla Ubuntu Xenial (16.04) nie istnieją jeszcze na stronach lustrzanych Ubuntu. Czy istnieje alternatywna metoda aktualizacji R do wersji 3.5.0 na Ubuntu Xenial? Alternatywnie, czy istnieje inna metoda aktualizacji R do wersji 3.5.0?

16.04 software-installation r Larry
źródło
1
Czy obejrzałeś ten przewodnik ? Autor nigdzie tego nie mówi, ale są to wskazówki dotyczące instalacji 3.5
Hej Jin
Spróbuj tutaj: askubuntu.com/questions/862403/…
valiano
1
@Emily: Przewodnik, do którego linkujesz, dotyczy instalacji R. ze źródła.
krlmlr
1
@valiano: To odpowiada na inne pytanie.
krlmlr

Odpowiedzi:

24

R 3.5 są obecnie dostępne tylko z PPA, ponieważ niektóre pakiety CRAN mają problemy z budowaniem z R 3.5.

Postępuj na własne ryzyko.

Procedura, która zadziałała dla mnie to:

  1. Usuń wszystkie r-cran-*pakiety z systemu (YMMV, zwykle instaluję pakiety ze źródła i mam ich bardzo niewiele)

    • Wyszukaj za pomocą dpkg -l | grep r-cran-

  2. Dodaj PPA Michaela Ruttera :

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5
sudo apt-get update

  3. Upgrade R

    sudo apt install r-api-3.5

  4. Zainstaluj wszystkie potrzebne pakiety ze źródła (do biblioteki osobistej lub witryny za pośrednictwem install.packages()) lub instalując odpowiedni r-cran-*pakiet Ubuntu.

    Korzystam z następującego skryptu, aby ponownie zainstalować wszystkie moje pakiety z mojej osobistej biblioteki witryn dla wersji R 3.4:

    installed <- rownames(installed.packages())
pkgs <- dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4")
new <- setdiff(pkgs, installed)
new
install.packages(new)

    Jeśli masz maszynę z wieloma procesorami, możesz przyspieszyć proces, na przykład:

    install.packages(new, Ncpus = 6)

Referencje

krlmlr
źródło
3
Powyższa metoda działała dla mnie całkowicie poprawnie. (Dzięki Krlmlr.) Dwie dodatkowe sugestie dla osób, które nie mają doświadczenia z Ubuntu: 1. Usuń wcześniejsze pakiety r-cran- * za pomocą: sudo apt-get remove r-cran- * 2. Po dodaniu PPA Michaela Ruttera pamiętaj, aby uruchomić: sudo apt-get update
Larry
Powyższa metoda działała dla mnie całkowicie poprawnie. (Dzięki Krlmlr.) Dwie dodatkowe sugestie dla osób, które nie mają doświadczenia z Ubuntu: 1. Usuń wcześniejsze pakiety r-cran- * za pomocą: sudo apt-get remove r-cran- * 2. Po dodaniu PPA Michaela Ruttera pamiętaj, aby uruchomić: sudo apt-get update przed uruchomieniem: sudo apt install r-api-3.5
Larry
@ Larry: Dzięki. Czy możesz edytować post?
krlmlr
@krlmlr Sugeruję usunięcie Ncpus = 6z odpowiedzi. Może to prowadzić do nieoczekiwanych spowolnień, szczególnie dla osób, które (i) nie czytają w pełni kodu przed kopiowaniem / wklejaniem; oraz (ii) zrobi to na komputerze osobistym. Opcja nie jest również wymagana do odpowiedzi.
fridaymeetssunday
1
@fridaymeetssunday: Dodano komentarz. Zgadzam się, że Ncpus = 6może to być powolne na słabych komputerach, ale wtedy nikt nie powinien kopiować-wklejać bez przynajmniej skanowania kodu.
krlmlr
13

Witryna CRAN została zaktualizowana od czasu odpowiedzi @ krlmlr na początku czerwca: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ .

Instrukcje CRAN składają się z kilku kroków, ale podsumowanie jest takie, że sources.listplik powinien odwoływać się do repozytorium, które jest specyficzne dla wersji 3.5.xi 3.6.x. Wpis jest podobny

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/

zamiast poprzedniego (bez wersji) wpisu

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/

Odpowiedni opis ze strony internetowej (który ostatecznie się zmieni):

Pakiety R 3.6 dla Ubuntu na i386 i amd64 są dostępne dla najbardziej stabilnych wersji Ubuntu na komputery stacjonarne do ich oficjalnej daty zakończenia. Jednak tylko najnowsza wersja Long Term Support (LTS) jest w pełni obsługiwana. Od 18 listopada 2018 obsługiwane wersje to Xenial Xerus (16.04; LTS), Trusty Tahr (14.04; LTS), Bionic Beaver (18.04; LTS), Cosmic Cuttlefish (18.10) i Disco Dingo (19.04). Uwaga, aby zainstalować pakiety R 3.6, potrzebny jest inny wpis source.list. Szczegóły poniżej. Mimo że wersja R została przeniesiona do wersji 3.6, dla kompatybilności wpis sources.list nadal używa oznaczenia cran3.5.

edycja 2019-05-13: aktualizacja do wydania R 3.6.0 w zeszłym miesiącu.

wibeasley
źródło
2

xenial-cran35/Wersja repo nie działa, jeśli masz „uwolnienie” domyślny zestaw w APT, jak to ma miejsce w niektórych dystrybucjach, które działają na górze, takich jak Ubuntu Mint. Dla mojej dystrybucji Mint istnieje plik, /etc/apt/apt.conf.d/01ubuntuw którym deklaruje, Default-Release "xenial"; co to znaczy, że skoro r-base istnieje w repozytorium ubuntu w wersji 3.2, z wydaniem „Xenial”, nigdy nie użyje gałęzi 3.6 z inne repozytorium, ponieważ nazwa wydania dla tego repozytorium to „xenial-cran35”. Musisz edytować ten plik, aby zmienić domyślną wersję na „xenail-cran35”, lub zrób coś bardziej wskazanego, używając plików preferencji apt ( https://wiki.debian.org/AptPreferences#A.2Fetc.2Fapt.2Fpreferences ).

Jest to w zasadzie wina R za słabo sformatowane repozytorium. Powinny mieć 2 repozytoria, z których każde miało folder wydania „Xenial”, jeden adres URL do pracy w gałęzi 3.2 i jeden do pracy w gałęzi 3.5+. Zamiast tego mają jedno repozytorium i zamiast tego drażnią „nazwę wydania”, co po prostu działa w przypadku podstawowego Ubuntu, ale nie będzie działać, jeśli masz w ten sposób inną niż podstawowa konfiguracja apt.

Scott
źródło
0

Trzeba to zrobić w ten sposób obecnie:

sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
sudo apt autoremove
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo apt update
sudo apt install r-base-dev

„bionic” można zmienić na swoją wersję ubuntu; sprawdź dokumenty R: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/

/programming//a/56378217/4549682

słowami
źródło