Jakie narzędzia Bioinformatyki i Biologii Obliczeniowej są dostępne?

12

Dzisiaj zostałem poproszony o wyszukanie Naukowej wersji Ubuntu. W rzeczywistości szukają narzędzi do analizy sekwencji DNA, weryfikacji białek, szacunków i wielu zadań związanych z biologią.

Pierwszy:

  1. Czy istnieje naukowa, zorientowana biologicznie wersja Ubuntu

  2. Czy istnieją narzędzia do analizy naukowej, takie jak wspomniane powyżej punkty?

Luis Alvarado
źródło
Już miałem opublikować coś na podobnych liniach. Dzięki za ujawnienie tego tematu :)
Chirag

Odpowiedzi:

15

Zrobiłem trochę googlingu na różnych systemach operacyjnych opartych na Debianie, RHEL i Virtal i narzędziach badawczych do biologii obliczeniowej i bioinformatyki. Kilka godnych uwagi podsumowano poniżej:

Debian Med : system operacyjny Debian, który jest szczególnie dobrze dostosowany do wymagań praktyki medycznej i badań biomedycznych.

DNALinux : to maszyna wirtualna z preinstalowanym oprogramowaniem bioinformatycznym.

Bioknoppix : to spersonalizowana dystrybucja Knoppix Linux Live CD. Pochodzi z aplikacjami przeznaczonymi dla biologa molekularnego. Oprócz korzystania z pamięci RAM, Bioknoppix nie dotyka komputera hosta (ponieważ jest to Live-CD) i jest idealny do pokazów, studentów biologii molekularnej, warsztatów itp.

Vigyaan : („Vigyaan” oznacza w języku hindi „Science”. Ale to nie jest zbyt naukowy Linux). Vigyaan to elektroniczny stół warsztatowy dla bioinformatyki, biologii obliczeniowej i chemii obliczeniowej. Został zaprojektowany, aby zaspokoić potrzeby zarówno początkujących, jak i ekspertów. VigyaanCD to płyta CD z systemem Linux na żywo, zawierająca całe oprogramowanie wymagane do uruchomienia komputera z gotowym do użycia oprogramowaniem do modelowania. VigyaanCD v1.0 jest oparty na KNOPPIX v3.7.

VLinux : to dystrybucja i urządzenie Linux dla studentów i badaczy w dziedzinie bioinformatyki. Opiera się na OpenSUSE i jest zbudowany przy użyciu Suse Studio firmy Novell.

BioSLAX : to nowy pakiet narzędzi bioinformatycznych na CD / DVD, który został wydany przez zespół ds. Zasobów Centrum BioInformatics (BIC), National University of Singapore (NUS). Ta płyta CD / DVD, którą można uruchomić z dowolnego komputera, obsługuje skompresowany smak SLACKWARE systemu operacyjnego LINUX znanego również jako SLAX.

Bio-Linux 6.0 : to w pełni funkcjonalna, wydajna, konfigurowalna i łatwa w utrzymaniu stacja robocza bioinformatyki. Bio-Linux zapewnia ponad 500 programów bioinformatycznych w systemie Ubuntu Linux 10.04. Istnieje graficzne menu programów bioinformatycznych, a także łatwy dostęp do systemu dokumentacji bioinformatycznej Bio-Linux i przykładowych danych przydatnych do testowania programów. Możesz także zainstalować pakiety Bio-Linux, aby obsługiwać typy danych sekwencji nowej generacji.


Moim zdaniem jako bioinformatyka jest pobranie i uruchomienie dowolnego linuksowego smaku, który ci odpowiada. Prawie wszystkie można bezpłatnie pobrać i używać. W mojej pracy badawczej używam Ubuntu i CentOS. Podzielę się swoim doświadczeniem.

CentOS : Jeśli zainstalujesz wszystkie biblioteki podczas instalacji, później nie napotkasz wielu problemów. Użyłem na nim pakietu Molecular Dynamics AMBER i Desmond . Działa ogólnie bez większych problemów.

Ubuntu: Ponieważ nie ma go w preinstalowanych wielu bibliotekach, musisz wiedzieć, gdzie znaleźć informacje na temat uruchamiania na nim oprogramowania. Ponieważ jednak Ubuntu jest bardzo popularne wśród badaczy , nie znajduję powodu, dla którego nie powinieneś tego próbować. W przypadku problemów z instalacją lub uruchomieniem oprogramowania możesz publikować pytania na konkretnych listach mailingowych związanych z tym oprogramowaniem. W centrum oprogramowania Ubuntu dostępne są programy takie jak Pymol , AutoDock , Unipro UGENE itp. Gromacs był dostępny wcześniej (nie znalazłem go w 12.04).

Zdecydowanie zalecam podjęcie jednorazowego wysiłku i zainstalowanie całego przydatnego oprogramowania w systemie Ubuntu, a następnie użycie Remastersys do wykonania kopii systemu operacyjnego w celu zainstalowania go na dowolnej liczbie komputerów stacjonarnych i stacji roboczych.

Osobiście widzę ogromny zakres posiadania specjalistycznego systemu operacyjnego Linux przeznaczonego dla odbiorców badań w dziedzinie biologii i chemii.

Mam nadzieję, że to pomoże.

Chirag
źródło
2
Cóż, to jest bardzo dobrze zbadana odpowiedź. Dzięki Chirag. Weźmie pod uwagę twoje porady.
Luis Alvarado,
2
Jeśli społeczność poważnie o tym myśli. Mogę zrobić więcej badań w tej sprawie. Potrafię generować ankiety online dla chemików obliczeniowych i biologów, dotyczące obsługi bibliotek oprogramowania naukowego. Jestem pewien, że Ubuntu może stać się bardziej przyjazną dla naukowców dystrybucją :) Wielu moich kolegów używa ubuntu. Porozmawiam z nimi i dam ci więcej informacji.
Chirag
7

Bio-Linux to stacja robocza bioinformatyki oparta na systemie Ubuntu.

Poza tym jest tam całe mnóstwo biologii zorientowanych programów / narzędzi dla Ubuntu, wyliczone i opracowane na tutaj .

dxvxd
źródło
Jeśli możesz dodać: distro.ibiblio.org/bio-linux/iso , znalazłem, że zawiera najnowszą i aktualną wersję. Myślałem, że ma 2 lata, ale widzę, że ciągle się aktualizuje.
Luis Alvarado,
1
Wygląda na to, że Bio-Linux jest ciągle w fazie rozwoju. Opiera się na LTS. Zgodnie z tym bugs.launchpad.net/bio-linux/+bug/998144 , wersja 7 oparta na Ubuntu 12.04 powinna być dostępna w październiku. Obecna wersja (6) oparta jest na 10.04.
reverendj1,
5

O ile mi wiadomo, nie ma specjalistycznej dystrybucji do tego celu.

(Istnieje dystrybucja o nazwie Scientific Linux , która jest oparta na RedHat / Centos, ale jest w dużej mierze opracowana i zaspokaja potrzeby fizyki wysokich energii (i nie ma żadnych ogólnych możliwości brakujących w standardowym systemie Ubuntu).)

Istnieje kategoria biologii (w nauce / inżynierii) z kolekcją pakietów, chociaż liczba specjalistycznych aplikacji naukowych spakowanych z Ubuntu jest stosunkowo niewielka (i spodziewam się, że tak też będzie w przypadku innych dystrybucji, na które możesz spojrzeć). Science + Engineering / Biology wymienia kilka, ale wydaje się, że nie są aktualne.

To powiedziawszy, wiele narzędzi naukowych, choć nie znajduje się w oficjalnych repozytoriach, zapewnia pakiety kompatybilne z Ubuntu (.deb), które można pobrać (np. LibSBML ), lub ogólne pliki binarne linux (np. Copasi ) lub są neutralne dla platformy (napisane w Javie, python itp.) i dlatego powinien działać całkiem dobrze w Ubuntu (np. ImageJ ).

Używam Ubuntu do biologii obliczeniowej, choć wymaga to głównie pracy z narzędziami ogólnego przeznaczenia (np. R, python), a nie ze specjalistycznymi aplikacjami.

chronitis
źródło
Bardzo miła analiza. Każda myśl o dystrybucji opartej na Debianie / Ubuntu.
Luis Alvarado,
1
Szczerze mówiąc, myślę, że specjalistyczna dystrybucja nie ma sensu. Z pewnością przydałoby się, gdyby do debian / ubuntu spakowano więcej specjalistycznych aplikacji, ale bardziej odpowiednie wydaje się ustawienie PPA dla tych aplikacji, niż wysiłek utrzymania całej dystrybucji - Ubuntu zapewnia doskonale dobry pulpit, i nie jest dla mnie oczywiste, że zmiany ogólnosystemowe są potrzebne dla dobrej platformy biologicznej, po prostu łatwe do zainstalowania i przetestowane narzędzia dla ogólnej platformy. To powiedziawszy, niepewne licencjonowanie większości tego oprogramowania może utrudnić.
chronitis
2

Widzę, że dostępnych jest kilka remiksów Ubuntu Science, ale wszystkie wydają się umrzeć. Wydaje się, że tak jest w przypadku wielu remiksów Ubuntu, ponieważ wiele razy po prostu nie oferują wiele poza automatyczną instalacją niektórych aplikacji, więc nie otrzymują masy krytycznej potrzebnej programistom do ich utrzymania .

Moją propozycją byłoby użycie solidnej opartej na nauce dystrybucji, takiej jak Scientific Linux , która jest używana (i rozwijana przez) przez Fermilab, CERN itp. To jest dystrybucja, która wkrótce się nie pojawi i ma świetne wsparcie ze strony społeczności naukowej. Niestety, jest oparty na Red Hat, więc może nie idealnie pasować do twoich potrzeb.

Jeśli chcesz korzystać z Ubuntu, w repozytoriach dostępnych jest kilka aplikacji naukowych, po prostu uruchom Centrum oprogramowania Ubuntu i przeglądaj „Science & Engineering” -> Biologia. Nie jestem pewien przydatności tych programów, ponieważ wynika to z mojej wiedzy specjalistycznej. Jeśli były wystarczające, można skonfigurować szybki skrypt bash, który zainstaluje je wszystkie podczas konfigurowania nowego komputera.

reverendj1
źródło