Wszystko zależy od osobistych preferencji. Android SDK działa dobrze na Ubuntu (używam go codziennie) i niezależnie od IDE, którego chcesz użyć.
Osobiście używam IntellJ IDEA. Wersja społecznościowa obsługuje Androida i jest bezpłatna. Zaćmienie jest domyślnym narzędziem, jest również bezpłatne i działa dobrze.
Znam również wiele osób korzystających z innych edytorów, takich jak vim, komodoedit i inni. Proponuję jednak skorzystać z jednej z dwóch pierwszych sugestii.
Jeśli chodzi o budowanie aplikacji, powinieneś rozważyć użycie domyślnej kompilacji za pomocą Apache Ant lub możesz ją również zbudować np. Za pomocą Apache Maven i wtyczki Maven dla systemu Android. W każdym razie znajdź narzędzie do budowania, które jest niezależne od używanego IDE, a potencjalnie może nawet korzystać z serwera ciągłej integracji.