Jaki jest preferowany sposób instalowania pakietów R w Ubuntu?

Instaluję w R w Ubuntu, ale jestem nieco zdezorientowany wieloma opcjami instalacji pakietów.

Tradycyjnym sposobem jest je zainstalować wewnątrz R, robiąc install.package(). Ubuntu oferuje jednak możliwość instalacji przy pomocy apt-get. Jest to interesujące, ponieważ system operacyjny będzie aktualizował pakiety. Ponieważ mają tylko kilka dostępnych pakietów, prędzej czy później spowoduje problemy. W końcu będę miał instalować pakiety w tradycyjny sposób, instalując je na różne sposoby, a może (?) Spowoduje to również problemy z wersją.

Jaki jest preferowany sposób instalowania i przechowywania pakietów R w Ubuntu?

Myślę, że jedynymi pakietami R dostępnymi za pośrednictwem repozytoriów Ubuntu są pakiety utrzymywane przez główny zespół programistów R. Podobnie jak w przypadku większości pakietów, te dostępne poprzez aptlub synaptic nie zawsze są najnowszymi wersjami. Na szczęście masz możliwość dodania źródła oprogramowania zarządzanego przez CRAN poprzez utworzenie nowego pliku /etc/apt/sources.list.d/CRAN.listzawierającego jeden wiersz tekstu:

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

(zastąp trusty/kodową nazwą swojej dystrybucji; jeśli nie wiesz, wpisz lsb_release -cw terminalu). Po tym (i apt update) swój pakiet menedżer zawsze zainstalować (lub aktualizacja) wersje Cran utrzymane z r-base, r-base-coreitp, ponieważ będą one miały wyższe numery wersji niż te w źródłach Debiana. Zobacz tutaj, jeśli aptnarzeka na niepodpisanie repozytorium.

W przypadku wszystkich innych pakietów („pakietów wnoszonych” AKA) wolę instalować w ramach R za install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package"))każdym razem, gdy jest to możliwe, chyba że wiem na pewno, że wersja CRAN jest stara i że nowsza wersja ma funkcjonalność, której potrzebuję. W takich przypadkach możesz zainstalować z GitHub za pomocą devtools::install_github('AccountName/RepositoryName')lub pobrać archiwum i zainstalować je z okna terminala przez R CMD INSTALL name_of_package.tar.gzlub w R przez install.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source").

Dla kompletności, oto oficjalne wytyczne CRAN .

Zazwyczaj instalowałbym za pomocą, apt-get r-crangdy tylko jest to możliwe, ponieważ zajmuje się to zależnościami i aktualizacjami w czystszy sposób. Tylko jeśli nie jest dostępny, użyję instalacji z poziomu R.

Zauważ, że istnieją dwa repozytoria dla pakietów R Debiana:

1. Oficjalny R: zapewnia kilka pakietów. Aby go dołączyć, musisz dodać link do repozytorium, aktualizując plik source.list . Jest to udokumentowane na stronie CRAN-ubuntu , a następnie uruchom apt-get update, a następnie zaktualizuj

2. PPA: Michael Rutter zapewnia ppa , cran2deb4ubuntu , który zawiera wiele innych pakietów. Dokumentacja znajduje się na końcu tego bloga . Musisz tylko uruchomić (a następnie po aktualizacji / aktualizacji):

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u
   

Uwaga: w wersji R 3.5.0 nazwa repozytorium uległa zmianie, a biblioteki widoków zadań wstępnie skompilowane przez Michaela Ruttera są teraz dostępne na stronie cran2deb4ubuntu_3.5