Jednym z nieprzyjemnych ograniczeń upstream gnome jest to, że użycie Nautilus jest zakodowane na przykład w Gnome Panel. To powoduje, że Nautilus Elementary zastępuje pakiet nautilus i plik wykonywalny nautilus zamiast tworzyć osobny projekt. Uniemożliwia to również użytkownikom korzystanie z alternatywnych menedżerów plików, takich jak Pcmanfm.
Może Canonical powinien opracować jakiś sposób, aby umożliwić użytkownikowi wybór menedżera plików w Unity?