Jak zainstalować R 3.3.1 we własnym katalogu

12

To jest dość powielone pytanie (zobacz Jak ustawić PATH dla R zainstalowanego w moim katalogu ), ale napotkałem nowy problem z nową wersją R.

Próbowałem zainstalować nową wersję R (R 3.3.1) we własnym katalogu. Śledziłem poprzednią instalację

Ale spotkałem problem, którego wcześniej nie miałem. 

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 
.......
checking for zlib.h... yes
checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required

wygląda na to, że wersja zlib jest zbyt niska, więc zainstalowałem aktualną wersję zlib 

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
 ./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install

potem spróbowałem ponownie wykonać konfigurację R: 

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include"

wciąż miałem ten sam błąd:

checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required

Potem zauważyłem, że ktoś obchodzi problem, modyfikując plik konfiguracyjny R.
Postępowałem zgodnie z tym przykładem, rozwiązałem błąd zlib. ale pojawiły się inne błędy. Krótko mówiąc, zainstalowałem inne biblioteki zależne

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME$Programme/zlib-1.2.11
make && make install

tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean
# modify the Makefile (original: CC=gcc after modification: CC=gcc -fPIC) as suggested [here][2]
make 
make install PREFIX=/opt/bzip2-1.0.6

tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz
cd /root/xz-5.2.3
./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3
make -j3
make install

tar zxvf pcre-8.40.tar.gz
cd /root/pcre-8.40
./configure  --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40  --enable-utf8
make -j3 && make install

tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz
cd /root/curl-7.52.1
./configure  --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1
make && make install

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"

Konfiguracja wydawała się działać:

R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu

  Source directory:          .
  Installation directory:    $HOME/Programme/R-3.3.1

  C compiler:                gcc -std=gnu99  -g -O2
  Fortran 77 compiler:       gfortran  -g -O2

  C++ compiler:              g++  -g -O2
  C++11 compiler:            g++  -std=c++0x -g -O2
  Fortran 90/95 compiler:    gfortran -g -O2
  Obj-C compiler:         

  Interfaces supported:      X11, tcltk
  External libraries:        readline, curl
  Additional capabilities:   PNG, JPEG, NLS, cairo, ICU
  Options enabled:           shared R library, shared BLAS, R profiling

  Capabilities skipped:      TIFF
  Options not enabled:       memory profiling
  Recommended packages:      yes

ale kiedy dzwonię 

make && make install

wciąż „make” nie mógł zrobić do końca: 

...
  gcc -std=gnu99 -Wl,--export-dynamic -fopenmp  -L../../lib -L//HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L//HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L//HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L//HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L//HOME/Programme/curl-7.52.1/lib -o R.bin Rmain.o  -lR -lRblas
/usr/bin/ld: warning: libpcre.so.1, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/usr/bin/ld: warning: liblzma.so.5, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_fullinfo'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_lzma_preset@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_alone_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_crc64@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_config'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_code@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_free'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_exec'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_version_string@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_maketables'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_compile'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_study'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_version'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_end@XZ_5.0'
collect2: error: ld returned 1 exit status

...
make: *** [R] Error 1

Kontynuacja: Na podstawie sugestii thriga dodałem poniższe wiersze do mojego pliku .cshrc 

setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib

i 

source .cshrc

problem rozwiązany!

software-installation configure r Jun
źródło
--prefix=$HOME/Programmei -L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/libwyglądają jak dwie różne rzeczy, gdzie właściwie jest Zlib? (I czy jest dostarczany z *.pcplikiem, więc możesz go użyć pkg-config?)
thrig
@ thrig, przepraszam, nie podałem poprawnie moich informacji konfiguracyjnych, edytowałem je, aby były dokładnie takie same, jak to, co zrobiłem.
Jun
2
W przypadku bibliotek współdzielonych „nie znaleziono” należy ustawić szybki hack w LD_LIBRARY_PATHcelu włączenia niezbędnych libkatalogów.
thrig
Gdybym to był ja, spróbowałbym zainstalować zależności ze wspólnym prefiksem, takim jak --prefix=/opt(zamiast osobnych podkatalogów --prefix=/opt/zlib-1.2.11itd.), A następnie ustawić odpowiednią ścieżkę wyszukiwania, pkg-confignp. export PKG_CONFIG_PATH=/opt/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATHPrzed konfiguracjąR
steeldriver
@thrig. TKS! zadziałało!
Jun

Odpowiedzi:

5

To jest rozwiązanie wyżej wspomnianego problemu

Postępuj zgodnie z przykładem, aby zmodyfikować plik konfiguracyjny R Następnie:

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install

tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean

zmodyfikuj plik Makefile (oryginał: CC = gcc po modyfikacji: CC = gcc -fPIC) zgodnie z sugestią tutaj

make 
make install PREFIX=$HOME/Programme/bzip2-1.0.6

tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz
cd xz-5.2.3
./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3
make -j3
make install

tar zxvf pcre-8.40.tar.gz
cd pcre-8.40
./configure  --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40  --enable-utf8
make -j3 && make install

tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz
cd curl-7.52.1
./configure  --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1 --with-ssl
make && make install

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"

Dodaj poniższe wiersze do mojego pliku .cshrc

setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib

i

source .cshrc

Teraz przejdź do katalogu R-3.3.1:

make && make install

powinno działać.

Jun
źródło