Wprowadzenie

Mieliśmy histogramy i liczymy , ale nie wymieniliśmy ich wszystkich.

Każdego roku Dyalog Ltd. organizuje konkurs studencki. Wyzwanie polega na napisaniu dobrego kodu APL. To jest agnostyczna edycja kodu golfowego szóstego problemu tego roku.

Mam wyraźną zgodę na opublikowanie tutaj tego wyzwania od pierwotnego autora konkursu. Możesz to zweryfikować, klikając podany link i kontaktując się z autorem.

Problem

Termin k-mer zazwyczaj odnosi się do wszystkich możliwych podciągów o długości k zawartych w ciągu. W genomice obliczeniowej k-mery odnoszą się do wszystkich możliwych podsekwencji (o długości k ) z odczytu uzyskanego przez sekwencjonowanie DNA. Napisz funkcję / program, który pobiera ciąg ik (długość podłańcucha) i zwraca / wyprowadza wektor k-merów oryginalnego ciągu.

Przykłady

[4,"ATCGAAGGTCGT"] → ["ATCG","TCGA","CGAA","GAAG","AAGG","AGGT","GGTC","GTCG","TCGT"]

k > długość łańcucha? Zwróć nic / pusty wynik:
[4,"AC"]→ []lub ""lub[""]

Galaretka , 1 bajt

ṡ

Galaretka ma jednobajtowy atom dyadowy dla tej samej operacji

Wypróbuj online! (stopka dzieli wynikową listę na nowe linie, aby uniknąć wydrukowania zadumanej reprezentacji).

Oktawa, 28 bajtów

@(N,s)s((1:N)+(0:nnz(s)-N)')

Wypróbuj online!

W przypadku k> długość łańcucha działa w oknach Octave 4.2.1, ale w tio (Octave 4.0.3) nie działa.

Tworzy indeksy numeryczne kolejnych elementów i indeksuje ciąg według niego.

s= "ATCGAAGGTCGT"
N = 4
idx = (1:N)+(0:nnz(s)-N)'
 =
    1    2    3    4
    2    3    4    5
    3    4    5    6
    4    5    6    7
    5    6    7    8
    6    7    8    9
    7    8    9   10
    8    9   10   11
    9   10   11   12

s(idx) =

ATCG
TCGA
CGAA
GAAG
AAGG
AGGT
GGTC
GTCG
TCGT

05AB1E , 2 bajty

Kod:

Ν

Wyjaśnienie:

Π     # Get all substrings of the input
 ù     # Only keep the substrings of length the second input

Wykorzystuje kodowanie 05AB1E .

Wypróbuj online!

C (GCC na POSIX), 67 66 63 bajtów

-3 bajty dzięki @LeakyNun!

f(i,s,j)char*s;{for(;j+i<=strlen(s);puts(""))write(1,s+j++,i);}

Wypróbuj online!

Brachylog , 3 bajty

s₎ᶠ

Wypróbuj online!

Okular:

• Wkład: ["ATCGAAGGTCGT",4]
• Argument: Z
• Wydajność: Z = ["ATCG","TCGA","CGAA","GAAG","AAGG","AGGT","GGTC","GTCG","TCGT"]

Jak to działa

s₎ᶠ
s    Output is a substring of first element of input,
 ₎   with length specified by second element of input.
  ᶠ  Find all solutions.

Python 3 ,  47 45 42 bajtów

-3 bajty dzięki ovs (użyj odpakowania Python 3, aby ponownie użyć a[n-1:]na końcu).

f=lambda a,n:a[n-1:]and[a[:n],*f(a[1:],n)]

Funkcja rekurencyjna pobierająca ciąg aoraz długość plasterka ni zwracająca listę plasterków lub pusty ciąg.

a[n-1:]pobiera wycinek bieżącego ciągu od n- ^tego 1- ^tego (0-indeksowanego) elementu, aby sprawdzić, czy pozostało wystarczającej liczby elementów (pusty ciąg jest falsey w Pythonie) - jest on krótszy niż odpowiednik len(a)>=n.

• Jeśli istnieje wystarczająca ilość elementów listy jest zbudowane, [...]z pierwszych nelementów łańcucha, a[:n]i niespakowanego wyniku ponownie wywołaniu funkcji *f(...), z rozkolejkowywana wersją aktualnego wejścia (bez pierwszego elementu) a[1:].

• Jeśli nie ma wystarczającej liczby elementów, ogon rekurencji zostaje osiągnięty, gdy a[n-1:]jest zwracany (w tym przypadku pusty ciąg znaków).

Wypróbuj online!

45 dla Python 2 lub 3 z:

f=lambda a,n:a[n-1:]and[a[:n]]+f(a[1:],n)or[]

jot , 2 bajty

,\

To nie jest kompletny program, ale funkcja z operatorem.

Nazwij to tak:

echo 4 ,\ 'ATCGAAGGTCGT'

Wypróbuj online!

Jak to działa

Operator (zwany „koniunkcją”) \(o nazwie „ infix ”) jest używany jako taki:

(x u\ y)stosuje czasownik udo kolejnych części listy y(zwanych infiksami).

W utym przypadku funkcja (zwana „czasownikiem”) jest funkcją, ,która jest prostą funkcją „ dołącz ”:

Tworzy tablicę zawierającą elementy, xpo których następuje elementy y.

Mathematica, 21 bajtów

##~StringPartition~1&

Funkcja anonimowa. Bierze ciąg i liczbę (w tej kolejności) jako dane wejściowe i zwraca listę ciągów jako dane wyjściowe.

R, 65 61 bajtów

-2 bajty dzięki MickyT

-2 bajty poprzez zmianę indeksowania

zwraca anonimową funkcję.

function(s,n,x=nchar(s))`if`(n>x,'',substring(s,x:n-n+1,n:x))

substringprzełącza indeksy (w przeciwieństwie do substrktórych nie ma), a jeśli indeks początkowy jest mniejszy niż 1, 1zamiast tego przyjmuje wartość domyślną , więc sprawdza i zwraca pusty ciąg.

x:n-n+1jest równoważne, 1:(x-n+1)ponieważ :ma pierwszeństwo przed sumami / różnicami

Wypróbuj online!

Pyth , 2 bajty

.:

To nie jest kompletny program, ale wbudowana funkcja.

Nazwij to tak:

.:"ATCGAAGGTCGT"4

Wypróbuj online!

Pełny program:

.:.*

Wypróbuj online!

(To .*jest ikona).

Meduza , 7 bajtów

p
_I
\i

Wypróbuj online!

Jak to działa

W liniowym: p(\(I,i))gdzie pjest drukowany i \pobiera wymagane podciągi.

Ijest nieprzetworzonym pierwszym wejściem, podczas gdy ijest oszacowanym drugim wejściem.

W meduzach każda funkcja i operator otrzymują dwa argumenty, jeden z prawej strony, a drugi z dołu. Tutaj funkcja ppobiera argument z wyniku _, który jest wymagany, jeśli mamy użyć operatora \do uzyskania podłańcuchów.

Python 2 , 54 bajty

lambda x,n:map(''.join,zip(*[x[b:]for b in range(n)]))

Wypróbuj online!

Java (OpenJDK 8) , 92 bajty

void f(String s,int n){for(int i=n;i<=s.length();)System.out.println(s.substring(i-n,i++));}

Wypróbuj online!

Clojure, 19 bajtów

Cóż to jest przydatne:

#(partition % 1 %2)

Przykłady:

(def f #(partition % 1 %2))
(println [(f 4 "ATCGAAGGTCGT")
          (f 4 "abc")])

[((A T C G) (T C G A) (C G A A) (G A A G) (A A G G) (A G G T) (G G T C) (G T C G) (T C G T))
 ()]

CJam , 4 bajty

{ew}

Anonimowy blok, który oczekuje argumentów na stosie i pozostawia wynik na stosie po.

Wypróbuj online!

ew jest wbudowany, który robi dokładnie to, co jest wymagane.

Siatkówka , 41 38 bajtów

.*$
$*
!&`(.)+(?=.*¶(?<-1>.)+(?(1)¶)$)

Wypróbuj online!

Bierze ciąg i liczy na osobne linie. Pierwsze dwa wiersze są używane do konwersji liczby z dziesiętnej na jednostkową, więc jeśli jednoargumentowe wejście jest dopuszczalne, wówczas liczba bajtów zostanie zmniejszona do 34 31. Edycja: Zapisano 3 bajty dzięki @FryAmTheEggman. Lub, jeśli wolisz, 48-bajtowa wersja, która obsługuje znaki nowego wiersza w ciągu, chociaż powoduje to mylące dane wyjściowe:

.*$
$*
!&`(\S|\s)+(?=[\S\s]*¶(?<-1>.)+(?(1)$.)$)

Oktawa z pakietem obrazów, 29 bajtów

@(s,n)[im2col(+s, [1 n])' '']

Wypróbuj online!

Wyjaśnienie

Funkcja im2col(m,b)pobiera macierz m, wyodrębnia z niej bloki wielkości bi układa je jako kolumny. Domyślnie bloki przesuwają się (w przeciwieństwie do wyraźnych). Tutaj macierz mjest wektorem wierszowym kodów ASCII ciągu wejściowego s(jest to wykonywane jako +s, który jest krótszy niż standardowy double(s)), a rozmiar bma na [1 n]celu uzyskanie poziomo przesuwnych bloków nelementów.

Wynik jest transponowany (przy użyciu transpozycji złożonej sprzężonej ', która jest krótsza niż transpozycja .') w celu przekształcenia kolumn w wiersze, a następnie jest konwertowany z powrotem na znak char ( [... '']który jest krótszy niż standardowy char(...)).

ok, 2 bajty

':

Firma OK ma operatora przesuwnego okna !

Python 3 , 49 bajtów

f=lambda a,n:[a[i:i+n]for i in range(len(a)-n+1)]

Wypróbuj online!

Rozwiązanie nierekurencyjne, choć nie krótsze.

Kompatybilny z Python 2.

PHP, 75 bajtów

Wersja online

for([,$n,$s]=$argv;$i+$n-1<strlen($s);)$r[]=substr($s,$i++,$n);print_r($r);

80 bajtów bez podwójnych wartości

for([,$n,$s]=$argv;$i+$n-1<strlen($s);)$r[$p=substr($s,$i++,$n)]=$p;print_r($r);

Haskell, 39 bajtów

n#s|length s<n=[]|1<2=take n s:n#tail s

Przykład użycia: 4 # "ABCDEF"-> ["ABCD","BCDE","CDEF"].Wypróbuj online!

Prosta rekurencja, która utrzymuje pierwsze nznaki łańcucha wejściowego i kontynuuje ogon łańcucha, o ile jego długość jest nie mniejsza niż n.

Serwer Microsoft Sql, 199 bajtów

create function dbo.f(@s nvarchar(max),@ int)returns table as return
with v as(select 2 p,left(@s,@)g where len(@s)>=@ union all
select p+1,substring(@s,p,@)from v where len(@s)>p-2+@)select g from v

Sprawdź to.

PowerShell, 70 bajtów

$b={$c,$s=$args;[regex]::matches($s,"(?=(.{$c}))")|%{''+$_.groups[1]}}

Wypróbuj online!

Ułożone , 7 bajtów

infixes

Wypróbuj online!

Dość standardowy. Bez tego wbudowanego staje się 20 bajtów:

{%x#'y-#+:>y#-#>x\#}

Który jest:

{%x#'y-#+:>y#-#>x\#}
{%                 }   dyad; first arg: x, second arg: y
  x#'                  length of x (the array)
     y-                minus y (the skew)
       #+              plus 1
         :>            range [x, y]
           y#-         y minus 1
              #>       range from [[x, y], [x, y] + y]
                x\#    get indices from x

MATL , 3 bajty

YC!

Wypróbuj online!

Wyjaśnienie

YC   % Sliding blocks of input string with input size, arranged as columns
!    % Transpose

C # 89 bajtów

void a(string s,int n){for(int i=n;i<=s.Length;)Console.WriteLine(s.Substring(i++-n,n));}

Wypróbuj online!

Najlepsza metoda, jaką mogłem znaleźć w języku C #, jest w zasadzie taka sama jak Java

Rubinowy, 48 46 bajtów

->(s,k){0.upto(s.size-k).map{|i|s[i..i+k-1]}}

Żadnych szczególnych sztuczek, po prostu stabby-lambda definiująca funkcję, która pobiera wymagane podciągi z każdego ważnego punktu początkowego.

Zaoszczędzono dwa bajty, ponieważ wydaje się, że nie ma potrzeby przechowywania lambda.

V , 16 bajtów

òÀ|ly0Ïp
"_xòkVp

Obawiam się, że nie bardzo dobrze grałem w golfa, walcząc z „usuń ciąg, jeśli k> len (str)”. Dane wejściowe znajdują się w pliku, k jest argumentem. Gra w golfa przed wyjaśnieniem

Wypróbuj online!

Standardowy ML (mosml), 109 65 61 bajtów

fun f(n,x)=if n>length(x)then[]else List.take(x,n)::f(n,tl x)

Pobiera liczbę i listę znaków (dość powszechna alternatywa dla ciągów znaków w świecie SML). (Naprawdę działa oczywiście na wszystkich listach.)

Stosowanie:

- f(3,explode("ABCDEFGH"));
> val it =
    [[#"A", #"B", #"C"], [#"B", #"C", #"D"], [#"C", #"D", #"E"],
     [#"D", #"E", #"F"], [#"E", #"F", #"G"], [#"F", #"G", #"H"]] :
  char list list
- f(7, explode("ABCD"));
> val it = [] : char list list

Dziennik zmian:

• Tak, istnieje standardowa biblioteka. (-44 bajty)
• Zmień porównanie i zero na [] zgodnie z sugestią (-4 bajty)

JavaScript (Firefox 30-57), 51 bajtów

(s,n,t='')=>[for(c of s)if((t+=c)[n-1])t.slice(-n)]

64 bajty w ES6:

(s,n,t=s.slice(0,--n))=>[...s.slice(n)].map(c=>(t+=c).slice(~n))