Jakiego narzędzia najlepiej użyć do wizualizacji (narysowania wierzchołków i krawędzi) wykresu zawierającego 1000000 wierzchołków? Na wykresie jest około 50000 krawędzi. Potrafię obliczyć położenie poszczególnych wierzchołków i krawędzi.
Zastanawiam się nad napisaniem programu do generowania pliku svg. Jakieś inne sugestie?
visualization
graphs
Cici
źródło
źródło
Odpowiedzi:
Sugeruję również
Gephioprogramowanie ( https://gephi.github.io ), które wydaje się być dość potężne. Niektóre dodatkowe informacje na temat korzystaniaGephiz dużych sieci można znaleźć tutaj i, bardziej ogólnie, tutaj .Cytoscape( http://www.cytoscape.org ) jest alternatywą dlaGephi, będąc kolejną popularną platformą do kompleksowej analizy i wizualizacji sieci.Jeśli chcesz programowo pracować z sieciami (w tym wizualizacją) w R, Python lub C / C ++, możesz sprawdzić
igraphkolekcję bibliotek. Mówiąc o R, możesz zainteresować następujące posty na blogu: na temat używania R z Cytoscape ( http://www.vesnam.com/Rblog/viznets1 ) oraz na temat używania R z Gephi ( http://www.vesnam.com/ Rblog / viznets2 ).Na rozległych list z analizy sieci i oprogramowania do wizualizacji , w tym niektóre porównania i opinie, może chcesz sprawdzić następujące strony: 1) http://wiki.cytoscape.org/Network_analysis_links ; 2) http://www.kdnuggets.com/software/social-network-analysis.html ; 3) http://www.activatenetworks.net/social-network-analysis-sna-software-review .
źródło
https://gephi.github.io/ mówi, że może obsłużyć milion krawędzi. Jeśli wykres ma 1000000 wierzchołków i tylko 50000 krawędzi, wówczas większość twoich wierzchołków i tak nie będzie miała żadnych krawędzi.
W rzeczywistości specyfikacja Gephi jest podwójna z twojego przykładu: „Sieci do 50 000 węzłów i 1 000 000 krawędzi”
źródło
Myślę, że w
Gephiobliczu problemów z brakiem pamięci potrzebujesz co najmniej 8 GB pamięci RAM. Chociaż liczba krawędzi nie jest bardzo duża.Być może bardziej odpowiednie byłoby w tym przypadku narzędzie
GraphViz. Jest to narzędzie wiersza polecenia do wizualizacji sieci i przypuszczalnie byłoby bardziej odporne na rozmiar wykresu. Co więcej, jak pamiętam, wGraphVizcelu ułatwienia obliczeń można użyć wstępnie obliczonych współrzędnych.Próbowałem znaleźć rzeczywiste przykłady użycia
GraphVizz dużymi wykresami, ale nie udało mi się. Chociaż znalazłem podobną dyskusję na temat nauk obliczeniowych .źródło
Zgłaszanie się: skończyłem z kodowaniem graphml i używaniem YEd do wizualizacji (tylko dlatego, że znam tę kombinację. Założę się, że gephi lub graphviz będą działać dobrze, a może nawet lepiej). Ponieważ obliczyłem położenie wszystkich węzłów, pamięć nie była tak dużym problemem. Kodowanie graphml jest trochę łatwiejsze w porównaniu do kodowania svg, ponieważ nie muszę jawnie określać położenia krawędzi.
źródło
PajekXXL jest zaprojektowany do obsługi ogromnych sieci. Ale Pajek jest również rodzajem dziwnego programu z nieintuicyjnym interfejsem.
źródło
Poleciłbym użyć Graphexp. Gephi jest wysoce zależne od pamięci RAM komputera, która jest oczywiście ograniczona. Z drugiej strony, Graphexp wyświetla tylko ograniczoną liczbę Węzłów, przez które można nawigować do innych węzłów. Wizualizowałem wykres z 700 milionami wierzchołków, używając Graphexp jako interfejsu użytkownika i Janusgraph z HBase jako pamięcią zaplecza. https://github.com/bricaud/graphexp
źródło
Spójrz na grafikę , mogą one obsługiwać węzły i krawędzie 1Mil.
źródło