W jaki sposób naukowcy wymyślają prawidłowe parametry i topologię ukrytego modelu Markowa?

Rozumiem, w jaki sposób ukryty model Markowa jest wykorzystywany w sekwencjach genomowych, takich jak znalezienie genu. Ale nie rozumiem, jak wymyślić konkretny model Markowa. Mam na myśli, ile stanów powinien mieć ten model? Ile możliwych przejść? Czy model powinien mieć pętlę? Skąd mieliby...