Błąd ładowania rJava w RStudio / R po „uaktualnieniu” do OSX Yosemite

Niedawno „zaktualizowałem” system OSX Mountain Lion do Yosemite iz wersji R 3.1.3 do 3.2. Zaraz po aktualizacji, kiedy otworzyłem R lub RStudio, pojawiło się wyskakujące okienko z informacją, że muszę zainstalować Javę 6. Ponadto ładowanie rJavalub dowolny pakiet zależny od rJava (np. xlsx) Spowodował awarię RStudio (R również się zawiesił kiedy próbowałem tego, otwierając R.appbezpośrednio).

Po wypróbowaniu kilku poprawek znalezionych w Stack Overflow i innych miejscach (więcej szczegółów poniżej), jestem w punkcie, w którym ładowanie rJavalub dowolny pakiet, od którego zależy, rJavanie powoduje już awarii R, ale powoduje następujący błąd:

library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

Jeśli jednak wywołam R z wiersza poleceń, a następnie załaduję rJavalub dowolny pakiet, od którego zależy rJava, wydaje się, że działa (lub przynajmniej nie otrzymuję żadnych komunikatów o błędach).

Próbowałem wielu różnych poprawek, niektóre z nich kilka razy, i nie pamiętam dokładnie, co zrobiłem w jakiej kolejności (nie zdawałem sobie sprawy, że to będzie takie grzęzawisko i tak naprawdę nie śledziłem) , ale oto istota tego:

• Dodano do mojego .bash_profile(zgodnie z tą odpowiedzią SO ):

  export JAVA_HOME = "/ usr / libexec / java_home -v 1.8"
  export LD_LIBRARY_PATH = $ JAVA_HOME / jre / lib / server

• Ponownie skonfigurowano Javę z wiersza poleceń w następujący sposób:

  sudo R CMD javareconf -n

• Sprawdziłem options("java.home")i odkryłem, że jest to ustawione na NULL. Próbowałem ustawić go na następujące (na to pytanie SO ):

  opcje ("java.home" = "/ Library / Java / JavaVirtualMachines / jdk1.8.0_45.jdk / Contents / Home / jre")

• Zainstalowałem najnowszy zestaw Java Development Kit i ponownie zainstalowałem rJava ze źródła (nie pamiętam, gdzie go znalazłem).

W pewnym momencie, próbując wszystkich, udało mi się załadować rJava bez awarii R, ale zamiast tego otrzymałem komunikat o błędzie opublikowany powyżej. Ponadto, kiedy opuszczałem RStudio, wydawałoby się, że zamyka się normalnie, ale wtedy wyskakuje komunikat „RStudio zakończyło się nieoczekiwanie”, wskazując, że program uległ awarii podczas próby zamknięcia.

Ostatecznie zdecydowałem się zainstalować Javę na OS X 2014-001 (Java 6), ponieważ wydawało mi się, że się opcje. Teraz, gdy otworzyłem R lub RStudio, wyskakujący komunikat „To oprogramowanie wymaga Java 6” nie jest już wyświetlany. Jednak nadal otrzymywałem .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'powyższy komunikat o błędzie.

Przeglądając niektóre posty, które już przeglądałem, zauważyłem inną TAK odpowiedź , którą wcześniej przegapiłem, która zalecała otwarcie RStudio z następującym kodem wiersza poleceń, który daje RStudio poprawną ścieżkę do java:

LD_LIBRARY_PATH = $ (/ usr / libexec / java_home) / jre / lib / server: open -a RStudio

To otworzyło okno RStudio i mogłem też załadować rJava i pakiety, które od niego zależą, bez błędu.

Na koniec spróbowałem uruchomić R z wiersza poleceń (czego wcześniej nie robiłem). Okazuje się, że w linii poleceń ładowanie rJavaczy jakikolwiek pakiet zależny od rJavadziała i nie wyrzuca żadnych błędów.

Więc teraz mogę dostać rJava do pracy, jeśli otworzę RStudio z wiersza poleceń z kodem, który daje RStudio ścieżkę java (jak wspomniano powyżej). Chciałbym jednak znaleźć sposób na naprawienie podstawowego problemu, cokolwiek by to nie było, tak aby RStudio można było otworzyć w zwykły sposób na Maca, bez potrzeby używania wiersza poleceń. Obawiam się również, że zainstalowanie starej wersji Javy może spowodować problemy.

Czy ktoś ma jakieś pomysły jak zdiagnozować i rozwiązać ten problem?

Miałem ten sam problem i przeszedłem przez te same kroki co Ty. Ostatnim krokiem umożliwiającym uruchomienie RStudio przez Finder / Spotlight było połączenie libjvm.dylib z / usr / local / lib:

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

-f flaga jest dodawana, aby wymusić nadpisanie istniejącego pliku / łącza

W systemie OSX El Capitan 10.11 użytkownik nie ma uprawnień do zapisu w / usr / lib. Zamiast tego użyj następującego polecenia:

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Możesz załadować libjvm.dylib jawnie, uruchamiając jak

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

W systemie macOS High Sierra (10.13.1) i Java w wersji 9 musisz użyć nieco innej ścieżki JVM (zwróć uwagę na brakujący jrefolder w ścieżce w porównaniu z instrukcjami dla wcześniejszych wersji Java):

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Musisz również powiadomić R o JVM:

MY_R_VERSION=$(Rscript -e "cat(with(R.version, sprintf('%s.%s', major, substring(minor, 1, 1))))")
ln -s /usr/local/lib/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/$MY_R_VERSION/Resources/lib/

Następujące polecenie działa:

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Następnie, w RStudio, ładowanie rJava działa poprzez ładowanie pakietu "xlsx".

library("xlsx")

Środowisko PS nr 1: Mac OS X El Capitan 10.11.3+ z RStudio 0.99.491+ i R 3.2.3+. (Przetestowałem to teraz także na macOS Sierra (10.12) i R.3.3.1.)

PS # 2 Uważam, że openxlsxjest znacznie szybszy i nie polega na Javie, więc teraz używam tego pakietu. Mam nadzieję, że to pomoże innym.

Powinieneś być w stanie używać CRAN rJava bez konieczności ponownej kompilacji rJava lub wykonywania jakichkolwiek dodatkowych kroków, łącząc bibliotekę współdzieloną z katalogiem biblioteki frameworków R.

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

Oto jak skonfigurowałem go poprawnie na dwóch komputerach Mac z systemem Mac OS X El Capitan (10.11.6):

1. Odinstaluj 'rJava', wydając następujące polecenia w oknie terminala:

   Rscript -e 'remove.packages("rJava")'
   sudo Rscript -e 'remove.packages("rJava")'

2. Pobierz i zainstaluj oprogramowanie Java z Oracle: https://www.java.com/en/download/mac_download.jsp

3. Dodaj następujące wiersze, aby /Users/<userid>/.bashrcużyć swojego ulubionego edytora:

   # Set JAVA_HOME so rJava package can find it
   export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 1.8)/jre

4. Zamknij i uruchom ponownie wszystkie okna terminala, R i RStudio (aby pobrać zmiany .bashrc).

5. Uruchom następujące polecenie w oknie terminala:

   sudo ln -sf $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

6. Uruchom następujące polecenie w oknie terminala:

   sudo Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")'

Oto proste kroki:

1. usuń pakiet rJava: remove.packages (rJava)
2. zamknij R.
3. zainstaluj najnowszą Javę na swoim Macu
4. otwórz terminal i wpisz to polecenie: sudo R CMD javareconf

5. Otwórz R i zainstaluj rJava za pomocą tego polecenia:

   install.packages ("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")

Problem z nie znalezionym obrazem występuje w przypadku zupełnie nowej instalacji w systemie OSX High Sierra z najnowszą wersją Java SE 10 JDK.

Udało mi się rozwiązać problem ze ścieżką w rJava za pomocą poprawki znalezionej na stronie problemów rJava Github: https://github.com/su/rJava/issues/78

R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS = -I / System / Library / Frameworks / JavaVM.framework / Headers

Oto, co zadziałało dla mnie na MAC:

1. w twoim ~/.profilelub~/.bashrc dodaj tę linię: %export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_102.jdk/Contents/Home

   1.1 % source .profile(lub % source .bashrc)

2. % sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
3. remove.packages(rJava)
4. remove.packages(Rweka)
5. Z terminala wprowadź następujące polecenie: %sudo R CMD javareconf
6. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
7. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
8. Załaduj swój library("rJava", "RWeka")

Powodzenia.

Może kolejna prosta odpowiedź, która nie dotyka twojego systemu plików:

$ install_name_tool -add_rpath /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/lib/server /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so

(Zastąp jdk1.8.0_131.jdkswoją ścieżką JDK.)

Sprawdź lokalizację pliku libjvm.dylib.

Spróbuj tego, w moim przypadku to zadziałało:

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

Przeszedłem przez wszystkie rozwiązania, które udało mi się znaleźć, a następnie zainstalowałem jdk-11.0.1_osx-x64_bin.dmg z: Oracle do pobrania

Po tym wszystko działało idealnie.

Sprawdź wersję biblioteki, która nie została załadowana podczas uruchamiania biblioteki ('rJava') i dopasuj ją do wersji Java, którą chcesz zainstalować.

Zauważyłem, że 'rJava' jest dość restrykcyjny co do wersji JDK podczas ładowania w Rstudio.
W moim przypadku (Mac OS. 10.14.6 - Mojave) zainstalowałem jdk-13, który był testowany z jdk-11.
Połączyłem moją wersję JDK z nieistniejącym katalogiem, który został uznany za prawidłowy przez Rstudio (JDK 11):

sudo ln -sf /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.jdk/ /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk

i zaskakująco działa jak urok ... Przy
okazji, nie było problemu z uruchomieniem 'rJavy' zgodnie z poprzednimi instrukcjami w rodzimym R.

Tutaj możesz pobrać starszą wersję Java 6 dla El Capitan: https://support.apple.com/kb/DL1572?viewlocale=en_US&locale=en_US Po wykonaniu tej czynności pakiet rJava działa dla mnie.

Ta linia poniżej rozwiązała ten sam problem, który miałem z rJavapakietem, jak kilka innych w tej dyskusji. Jestem pewien, że istnieje więcej niż jedno rozwiązanie tego problemu i serdecznie dziękuję im wszystkim za ich wkład, ponieważ czasami jedna linijka, taka jak ta poniżej, oszczędza dużo czasu przed wyrzuceniem do kosza!

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Uruchom następujące polecenie w wierszu poleceń: sudo R CMD javareconf

Wspomniało o tym kilka powyższych rozwiązań, ale sugerują one również usunięcie, a następnie ponowne zainstalowanie rJavapakietu. Uznałem, że te dodatkowe kroki są niepotrzebne.

Możesz zmienić odniesienie w języku R za pomocą następującego polecenia:

sudo install_name_tool -change /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so