Jak nałożyć wykresy gęstości w R?

Chciałbym nałożyć 2 wykresy gęstości na tym samym urządzeniu za pomocą R. Jak mogę to zrobić? Przeszukałem sieć, ale nie znalazłem żadnego oczywistego rozwiązania.

Moim pomysłem byłoby odczytanie danych z pliku tekstowego (kolumn), a następnie użycie

plot(density(MyData$Column1))
plot(density(MyData$Column2), add=T)

Albo coś w tym duchu.

użyj linesdo drugiego:

plot(density(MyData$Column1))
lines(density(MyData$Column2))

upewnij się jednak, że granice pierwszego wątku są odpowiednie.

ggplot2 to kolejny pakiet graficzny, który w całkiem sprytny sposób radzi sobie z takimi problemami, jak problem z zasięgiem, o którym wspomina Gavin. Obsługuje również automatyczne generowanie odpowiednich legend i po prostu ogólnie ma bardziej dopracowany wygląd po wyjęciu z pudełka z mniejszą ręczną manipulacją.

library(ggplot2)

#Sample data
dat <- data.frame(dens = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 5))
                   , lines = rep(c("a", "b"), each = 100))
#Plot.
ggplot(dat, aes(x = dens, fill = lines)) + geom_density(alpha = 0.5)

Dodanie podstawowej wersji grafiki, która dba o limity osi y, dodaje kolory i działa dla dowolnej liczby kolumn:

Jeśli mamy zestaw danych:

myData <- data.frame(std.nromal=rnorm(1000, m=0, sd=1),
                     wide.normal=rnorm(1000, m=0, sd=2),
                     exponent=rexp(1000, rate=1),
                     uniform=runif(1000, min=-3, max=3)
                     )

Następnie, aby wykreślić gęstości:

dens <- apply(myData, 2, density)

plot(NA, xlim=range(sapply(dens, "[", "x")), ylim=range(sapply(dens, "[", "y")))
mapply(lines, dens, col=1:length(dens))

legend("topright", legend=names(dens), fill=1:length(dens))

Co daje:

Aby zapewnić kompletny zestaw, oto wersja odpowiedzi Chase'a przy użyciu lattice:

dat <- data.frame(dens = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 5))
                   , lines = rep(c("a", "b"), each = 100))

densityplot(~dens,data=dat,groups = lines,
            plot.points = FALSE, ref = TRUE, 
            auto.key = list(space = "right"))

który tworzy taki wykres:

Tak to robię w bazie (tak naprawdę jest to wspomniane w komentarzach pierwszej odpowiedzi, ale pokażę tutaj pełny kod, w tym legendę, ponieważ nie mogę jeszcze komentować ...)

Najpierw musisz uzyskać informacje o maksymalnych wartościach dla osi y z wykresów gęstości. Więc musisz najpierw obliczyć gęstości oddzielnie

dta_A <- density(VarA, na.rm = TRUE)
dta_B <- density(VarB, na.rm = TRUE)

Następnie wykreśl je zgodnie z pierwszą odpowiedzią i zdefiniuj wartości minimalne i maksymalne dla osi y, którą właśnie otrzymałeś. (Ustawiam wartość min na 0)

plot(dta_A, col = "blue", main = "2 densities on one plot"), 
     ylim = c(0, max(dta_A$y,dta_B$y)))  
lines(dta_B, col = "red")

Następnie dodaj legendę w prawym górnym rogu

legend("topright", c("VarA","VarB"), lty = c(1,1), col = c("blue","red"))

Wziąłem powyższy przykład kraty i wykonałem fajną funkcję. Prawdopodobnie istnieje lepszy sposób, aby to zrobić, zmieniając kształt za pomocą topienia / odlewania. (Skomentuj lub edytuj, jeśli zauważysz poprawę).

multi.density.plot=function(data,main=paste(names(data),collapse = ' vs '),...){
  ##combines multiple density plots together when given a list
  df=data.frame();
  for(n in names(data)){
    idf=data.frame(x=data[[n]],label=rep(n,length(data[[n]])))
    df=rbind(df,idf)
  }
  densityplot(~x,data=df,groups = label,plot.points = F, ref = T, auto.key = list(space = "right"),main=main,...)
}

Przykładowe użycie:

multi.density.plot(list(BN1=bn1$V1,BN2=bn2$V1),main='BN1 vs BN2')

multi.density.plot(list(BN1=bn1$V1,BN2=bn2$V1))

Możesz skorzystać z ggjoypakietu. Powiedzmy, że mamy trzy różne betadystrybucje, takie jak:

set.seed(5)
b1<-data.frame(Variant= "Variant 1", Values = rbeta(1000, 101, 1001))
b2<-data.frame(Variant= "Variant 2", Values = rbeta(1000, 111, 1011))
b3<-data.frame(Variant= "Variant 3", Values = rbeta(1000, 11, 101))


df<-rbind(b1,b2,b3)

Możesz uzyskać trzy różne dystrybucje w następujący sposób:

library(tidyverse)
library(ggjoy)


ggplot(df, aes(x=Values, y=Variant))+
    geom_joy(scale = 2, alpha=0.5) +
    scale_y_discrete(expand=c(0.01, 0)) +
    scale_x_continuous(expand=c(0.01, 0)) +
    theme_joy()

Zawsze, gdy występują problemy z niedopasowanymi granicami osi, basenależy użyć odpowiedniego narzędzia graficznego matplot. Kluczem jest wykorzystanie argumentów fromi . To trochę hakerskie, ale dość proste, aby się rzucić:todensity.default

set.seed(102349)
x1 = rnorm(1000, mean = 5, sd = 3)
x2 = rnorm(5000, mean = 2, sd = 8)

xrng = range(x1, x2)

#force the x values at which density is
#  evaluated to be the same between 'density'
#  calls by specifying 'from' and 'to'
#  (and possibly 'n', if you'd like)
kde1 = density(x1, from = xrng[1L], to = xrng[2L])
kde2 = density(x2, from = xrng[1L], to = xrng[2L])

matplot(kde1$x, cbind(kde1$y, kde2$y))

Dodaj wodotryski jako pożądane ( matplotakceptuje wszystkie standardowe plot/ parargumenty, na przykład lty, type, col, lwd, ...).