Używam doclets javadoc z gradle, więc muszę użyć pakietu tools.jar, który znajduje się w folderze lib z jdk (w moim przypadku 1.6.0_26). Chodzi o to, że gradle nie bierze tego automatycznie, więc dodawałem ten pakiet narzędzi do mojego folderu libs, a następnie dodawałem go do dependencies.gradle....