Korzystam z glmm ze zmienną dwumianową i predyktorem jakościowym. Efekt losowy wynika z zagnieżdżonego projektu stosowanego do gromadzenia danych. Dane wyglądają następująco:
m.gen1$treatment
[1] sucrose control protein control no_injection .....
Levels: no_injection control sucrose protein
m.gen1$emergence
[1] 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1 1 0 0....
> m.gen1$nest
[1] 1 1 1 2 2 3 3 3 3 4 4 4 .....
Levels: 1 2 3 4 5 6 8 10 11 13 15 16 17 18 20 22 24
Pierwszy model, który uruchamiam, wygląda tak
m.glmm.em.<-glmer(emergence~treatment + (1|nest),family=binomial,data=m.gen1)
Otrzymuję dwa ostrzeżenia, które wyglądają tak:
Warning messages:
1: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, :
Model failed to converge with max|grad| = 0.0240654 (tol = 0.001, component 4)
2: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, :
Model is nearly unidentifiable: large eigenvalue ratio
- Rescale variables?
Podsumowanie modelu pokazuje, że jeden z zabiegów ma niezwykle duży błąd standardowy, który można zobaczyć tutaj:
Fixed effects:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) 2.565 1.038 2.472 0.0134 *
treatmentcontrol -1.718 1.246 -1.378 0.1681
treatmentsucrose 16.863 2048.000 0.008 0.9934
treatmentprotein -1.718 1.246 -1.378 0.1681
Wypróbowałem różne optymalizatory z kontroli glittera i funkcji z innych pakietów i otrzymałem podobny wynik. Uruchomiłem model przy użyciu glm, ignorując efekt losowy, a problem nadal występuje. Podczas eksploracji danych zdałem sobie sprawę, że leczenie z wysokim Std. błąd ma tylko sukcesy w zmiennej odpowiedzi. Aby sprawdzić, czy może to powodować problem, dodałem fałszywy punkt danych z „niepowodzeniem” dla tego leczenia, a model działa płynnie i daje rozsądny błąd standardowy. Możesz to zobaczyć tutaj:
Fixed effects:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) 3.4090 1.6712 2.040 0.0414 *
treatmentcontrol -1.8405 1.4290 -1.288 0.1978
treatmentsucrose -0.2582 1.6263 -0.159 0.8738
treatmentprotein -2.6530 1.5904 -1.668 0.0953 .
Zastanawiałem się, czy moja intuicja ma rację co do braku niepowodzeń tego leczenia uniemożliwiającego dobre oszacowanie i jak mogę obejść ten problem.
Z góry dziękuję!