Jak obliczyć przewidywane współczynniki ryzyka na podstawie modelu PH Coxa?

11

Mam następujący model Cox PH:

(Czas, zdarzenie) ~ X + Y + Z

Chciałbym dostać przewidywanych zagrożeń ceny (mówię o stopy hazardu NIE zagrożenia przełożenie) podane konkretne wartości X, Y, Z. Wiem, że pakiet muhaz R może obliczyć obserwowane współczynniki ryzyka, ale interesuje mnie przewidywany model.

Czy można to zrobić w R?

r survival hazard cox-model nostock
źródło
2
Wygląda na to, że twoje „równanie” modeluje wynik binarny. Teraz model PH Coxa dotyczy danych o przeżyciu, a to, co leży po lewej stronie, powinno być współczynnikiem ryzyka ... Myślę, że powinieneś wyjaśnić ...
ocram
2
Model Coxa nie szacuje podstawowej funkcji hazardu (zwykle oznaczanej jako ). Aby oszacować częstość występowania na podstawie modelu, należy zamiast tego użyć parametrycznego modelu przeżycia. λ0(t)
boscovich
1
W twoim pytaniu jest pewna dwuznaczność. Funkcja hazardu to prawdopodobieństwo, a nie wskaźnik. Czy potrzebujesz funkcji hazardu, czy czegoś innego?
Fomite

Odpowiedzi:

16

Funkcja w pakiecie przeżycia R w celu uzyskania wyjściowego wskaźnika ryzyka to basehaz.

Następnie należy pomnożyć go dla różnych aby uzyskać konkretny współczynnik ryzyka, biorąc pod uwagę znalezione współczynniki.eβ

Prosty przykład może pomóc:

library(survival) #survival analysis
library(eha) #used for data 
data(oldmort) #create the data

# Create surv data set
mort <- Surv(time=oldmort$enter,time2=oldmort$exit,event=oldmort$event)

reg_fit <- coxph(formula=mort~oldmort$sex)
summary(reg_fit)

# Now get baseline curve
baseline <- basehaz(reg_fit)

# Draw baseline hazard (that's male)
plot(baseline$time, baseline$hazard, type='l',main="Hazard rates") 

# Draw female hazard
lines(baseline$time, exp(-0.1929)*baseline$hazard, col="blue")

zostanie skopiowany i wklejony z sumarycznych wyników regresji Coxa , co sugeruje, że kobiety w danych mają stopy hazardu niższe niż mężczyzn.exp⁡(−0.1929)=0.8245summary(reg_fit)18%

CarrKnight
źródło
13

Funkcja basehaz(z poprzedniej odpowiedzi) zapewnia skumulowane zagrożenie , a nie funkcję hazardu (wskaźnik). Uważam, że to pytanie dotyczyło funkcji hazardu. Oszacowanie funkcji hazardu wymagałoby określenia rodzaju wygładzenia (podobnie jak w przypadku szacowania gęstości). MuhazPakiet R może zrobić dla jednej próbki danych. Nie znam funkcji, która mogłaby to zrobić dla podstawowego zagrożenia w modelu Coxa. Ja też tego potrzebuję. Myślę, że będę musiał sam zlikwidować skumulowane zagrożenie.

użytkownik21413
źródło