R wydaje się być w stanie generować ładne wykresy podsumowań z obiektów bugs
i jags
generowanych przez funkcje R2WinBUGS :: bugs i R2jags: jags .
Korzystam jednak z rjags
pakietu. Kiedy próbuję wykreślić wyniki funkcji rjags::coda.samples
za R2WinBUGS::plot.mcmc.list
pomocą wyników, są wykresy diagnostyczne (gęstość parametru, szeregi czasowe łańcucha, autokorelacja) dla każdego parametru.
Poniżej znajduje się rodzaj fabuły, którą chciałbym stworzyć, z samouczka Andrew Gelmana „Uruchamianie WinBuugs i OpenBugs z R” . Zostały one wyprodukowane przy użyciu plot.pugs
.
Problem polega na tym, że plot.bugs
przyjmuje bugs
obiekt jako argument, podczas gdy plot.mcmc.list
przyjmuje wynik coda.samples
.
Oto przykład (z coda.samples
):
library(rjags)
data(LINE)
LINE$recompile()
LINE.out <- coda.samples(LINE, c("alpha","beta","sigma"), n.iter=1000)
plot(LINE.out)
Potrzebuję też
- sposób na wygenerowanie podobnego, bogatego w informacje, jednostronicowego wykresu podsumowującego podobnego do tego, który stworzył
plot.bugs
- funkcja, która przekształci
LINE.out
się w obiekt błędów lub
źródło
mcmc.list
(o ile wiem).