Iterowanie po tablicy numpy

135

Czy istnieje mniej szczegółowa alternatywa dla tego:

for x in xrange(array.shape[0]):
    for y in xrange(array.shape[1]):
        do_stuff(x, y)

Wymyśliłem to:

for x, y in itertools.product(map(xrange, array.shape)):
    do_stuff(x, y)

Co oszczędza jedno wcięcie, ale nadal jest dość brzydkie.

Mam nadzieję na coś, co wygląda jak ten pseudokod:

for x, y in array.indices:
    do_stuff(x, y)

Czy coś takiego istnieje?

Ram Rachum
źródło
Jestem w Pythonie 2.7 i używam twojego rozwiązania z itertools; Czytałem w komentarzach, że korzystanie z itertools będzie szybsze. jednak (może dlatego, że jestem w 2.7) musiałem również rozpakować mapę w pętli for. for x, y in itertools.product(*map(xrange, array.shape)):
ALM
W NumPy Reference jest strona o nazwie „Iterating Over Arrays”: docs.scipy.org/doc/numpy/reference/arrays.nditer.html
Casey
related: stackoverflow.com/questions/29493183/…
Eulenfuchswiesel

Odpowiedzi:

187

Myślę, że szukasz ndenumerate .

>>> a =numpy.array([[1,2],[3,4],[5,6]])
>>> for (x,y), value in numpy.ndenumerate(a):
...  print x,y
... 
0 0
0 1
1 0
1 1
2 0
2 1

Jeśli chodzi o wydajność. Jest to trochę wolniejsze niż rozumienie listy.

X = np.zeros((100, 100, 100))

%timeit list([((i,j,k), X[i,j,k]) for i in range(X.shape[0]) for j in range(X.shape[1]) for k in range(X.shape[2])])
1 loop, best of 3: 376 ms per loop

%timeit list(np.ndenumerate(X))
1 loop, best of 3: 570 ms per loop

Jeśli martwisz się o wydajność, możesz nieco bardziej zoptymalizować, patrząc na implementację ndenumerate, która robi 2 rzeczy, konwertując na tablicę i zapętlając. Jeśli wiesz, że masz tablicę, możesz wywołać .coordsatrybut płaskiego iteratora.

a = X.flat
%timeit list([(a.coords, x) for x in a.flat])
1 loop, best of 3: 305 ms per loop
SiggyF
źródło
1
Zauważ, że to działa, ale jest niesamowicie powolne. Lepiej jest iterować ręcznie.
Marty
43

Jeśli potrzebujesz tylko indeksów, możesz spróbować numpy.ndindex:

>>> a = numpy.arange(9).reshape(3, 3)
>>> [(x, y) for x, y in numpy.ndindex(a.shape)]
[(0, 0), (0, 1), (0, 2), (1, 0), (1, 1), (1, 2), (2, 0), (2, 1), (2, 2)]
nadawca
źródło
15

zobacz nditer

import numpy as np
Y = np.array([3,4,5,6])
for y in np.nditer(Y, op_flags=['readwrite']):
    y += 3

Y == np.array([6, 7, 8, 9])

y = 3nie zadziała, użyj y *= 0i y += 3zamiast tego.

C19
źródło
2
lub użyj y [...] = 3
Donald Hobson