Jestem nowy w pakiecie PETSc.
Mam macierz A ~ 4000x4000 w formacie matrycowym i chcę, aby PETSc rozwiązał ten problem za pomocą wielu procesorów.
Wiem, jak rozwiązać system na jednym procesorze, ale nie wiem, jak rozdzielić macierz i wektory między różne procesory.
Czy istnieje prosty zestaw instrukcji, aby to zrobić?
Matrix Market to straszny format do równoległego czytania, dlatego lepiej jest wstępnie przetworzyć na lepszy format równoległy. Rozmiar macierzy jest bardzo mały, więc wydajność nie stanowi problemu, ale najłatwiejszą i najbardziej ogólną rzeczą jest użycie Pythona lub Matlaba / Octave'a do zapisania pliku Matrix Market w formacie binarnym PETSc, który można efektywnie odczytywać równolegle MatLoad(). Na przykład możesz użyć tego kodu Python do przetwarzania wstępnego (dodaj $PETSC_DIR/bin/pythonscriptsdo swojego PYTHONPATH)
import scipy.io, PetscBinaryIO
A = scipy.io.mmread('thematrix.mtx')
PetscBinaryIO.PetscBinaryIO().writeMatSciPy(open('petscmatrix','w'), A)
W tym momencie możesz również napisać wektor do pliku. Jeśli chcesz tylko przeczytać i rozwiązać system, możesz użyć src/ksp/ksp/examples/tutorials/ex10.c(z opcją -f petscmatrixodczytu właśnie zapisanego pliku binarnego).
W prawdziwej aplikacji należy unikać przepływu pracy polegającego na zapisywaniu plików na dysk w dowolnym formacie. O wiele lepiej jest złożyć matrycę równolegle, używając dekompozycji reprezentacji problemu. Większość przykładów w PETSc jest napisanych w ten sposób.