Złożoność symulacji MD

14

Jestem nowy w symulacjach dynamiki molekularnej (MD). Jaka jest złożoność symulacji dynamiki molekularnej pod względem czasu symulacji? Innymi słowy, jeśli chcę wydłużyć symulowany czas z 10 nanosekund do 20 nanosekund, czego mogę się spodziewać w związku ze wzrostem czasu działania?

molecular-dynamics complexity Daniel Standage
źródło

Odpowiedzi:

16

O(n)Δt

Brian Diggs
źródło
6
Dodatkowo złożoność pod względem symulowanego rozmiaru systemu zwykle skaluje się z O (n ^ 2), gdy nie stosuje się zmodyfikowanych elektrostatyki, takich jak PME.
Keith Callenberg
1
@KeithCallenberg To prawda; Nie wspomniałem o tym, ponieważ pytanie nie zadawało tego. Bardziej kompletne może być stwierdzenie, że skaluje się według O(n^2)O(t)miejsca, w którym njest wielkością (liczbą cząstek) i tliczbą kroków czasowych (długość symulowanego czasu podzielona przez wielkość każdego kroku czasowego).
Brian Diggs
1
To trochę bardziej skomplikowane, prawda? Powinno to być O (N ^ 2), jeśli studiujesz systemy bez ograniczeń; O (N log N), jeśli wykonujesz systemy nienaładowane z odcięciem lub systemy naładowane z podejściami opartymi na siatce.
aeismail