Chciałbym wiedzieć, czy istnieje szybki sposób na obliczenie odległości euklidesowej dwóch wektorów w oktawie. Wydaje się, że nie ma do tego żadnej specjalnej funkcji, więc czy powinienem po prostu użyć formuły z
Chciałbym wiedzieć, czy istnieje szybki sposób na obliczenie odległości euklidesowej dwóch wektorów w oktawie. Wydaje się, że nie ma do tego żadnej specjalnej funkcji, więc czy powinienem po prostu użyć formuły z
Uruchomiłem kod dynamiki molekularnej (MD) GROMACS w klastrze Ubuntu Linux składającym się z węzłów zawierających 24 procesory Intel Xeon. Moje szczególne zainteresowanie okazuje się nieco wrażliwe na zmiennoprzecinkową precyzję arytmetyczną, więc musiałem uruchomić GROMACS z podwójną precyzją, a...
Prowadzę symulacje dynamiki molekularnej (MD) przy użyciu kilku pakietów oprogramowania, takich jak Gromacs i DL_POLY. Gromacs obsługuje teraz zarówno algorytmy dekompozycji cząstek, jak i dekompozycji domen. Domyślnie symulacje Gromacs wykorzystują rozkład domen, chociaż przez wiele lat, do...
Jestem nowy w symulacjach dynamiki molekularnej (MD). Jaka jest złożoność symulacji dynamiki molekularnej pod względem czasu symulacji? Innymi słowy, jeśli chcę wydłużyć symulowany czas z 10 nanosekund do 20 nanosekund, czego mogę się spodziewać w związku ze wzrostem czasu...
W systemie, w którym teoretycznie należy oszczędzać energię, najdokładniejsza symulacja pozwoliłaby zaoszczędzić energię (a także podać dokładne pozycje, prędkości itp.). RK4 jest dokładniejszy niż skokowy żaba, ale skokowy oszczędza energię, a RK4 nie. Dlaczego...
Prowadzę symulacje dynamiki molekularnej wody do celów testowych. Pudełko jest dość małe, jeśli zapytasz faceta z klasyczną MD, i stosunkowo duże, jeśli zapytasz faceta z DFT: Mam 58 cząsteczek wody w okresowych warunkach brzegowych. Aby zaoszczędzić czas procesora, optymalizuję komórkę za pomocą...