Obliczenia o wysokiej wydajności zazwyczaj wykorzystują duże macierze komputerów połączonych w klastry lub sieci.
W moim programie doktoranckim z zakresu obliczeń pracujemy prawie wyłącznie w C ++ i Fortran. Wygląda na to, że niektórzy profesorowie wolą jeden od drugiego. Zastanawiam się, który z nich jest „lepszy” lub czy w pewnych okolicznościach jest lepszy od
Czy dobrym pomysłem jest użycie vector<vector<double>>(przy użyciu std) do utworzenia klasy macierzy dla wysokowydajnego naukowego kodu komputerowego? Jeśli odpowiedź brzmi „nie”. Czemu?
Z ankiety przeprowadzonej wśród top500 wynika, że przemysł zmierza w kierunku wykładniczego wzrostu liczby rdzeni przetwarzających . Największe superkomputery wykorzystują MPI do komunikacji między węzłami, chociaż nie wydaje się, aby istniał wyraźny trend równoległości w węzłach, przy...
Jak CUDA i OpenCL porównują się ze sobą pod koniec 2013 roku z perspektywy programisty? Moja grupa myśli o próbie wykorzystania obliczeń na GPU. Czy ograniczalibyśmy się znacznie, wybierając sprzęt obsługujący tylko OpenCL, ale nie CUDA? Aby być bardziej szczegółowym, czy poniższe założenia są...
Amazon EC2 Compute Cluster kosztuje około $ 800- $ 1000 (w zależności od cyklu pracy) na rdzeń procesora fizycznego ciągu 3 lat. Podczas naszej ostatniej rundy akwizycji sprzętu moje laboratorium wybrało sprzęt o wartości 48 rdzeni bardzo podobny do klastrów Amazon za około ~ 300 USD za rdzeń. Czy...
Paradygmat programowania OpenCL zapowiada się jako darmowy, otwarty standard dla heterogenicznych obliczeń. Czy powinniśmy poświęcać czas na tworzenie oprogramowania opartego na OpenCL? Za I
Zacznę od mojego osobistego doświadczenia w naszym laboratorium. W ciągu 9 i 10 dni w ifort byliśmy dość agresywni w zakresie optymalizacji, kompilując z flagami -O3 i specyficznymi dla procesora (na przykład -xW -xSSE4.2). Ale zaczynając od ifort 11, zaczęliśmy zauważać: 1. pewne niespójności w...
Chcę opracować od podstaw równoległe oprogramowanie do obliczeń naukowych. Chcę się zastanowić, od którego języka zacząć. Program obejmuje odczytywanie / zapisywanie danych do plików txt i wykonywanie ciężkich obliczeń równolegle, z wieloma faktoryzacjami LU i wykorzystaniem rzadkich liniowych...
W początkach systemu OS X wydawało się, że jest dużo hałasu, przynajmniej w świecie komputerów Mac (w tamtym czasie nie byłem tak blisko obliczeń naukowych) na temat Mac OS jako platformy do obliczeń naukowych i aplikacji HPC. XGrid wyszedł z pudełka, Virginia Tech miała swój fantazyjny klaster...
Nasza grupa robocza tworzy aplikację komputerową, która symuluje wydajność energetyczną budynku. Jest to aplikacja .NET, a gdy użytkownik uruchamia wiele symulacji, może to zająć dużo czasu. Symulacje są w pełni zrównoleglalne, a my mamy bardzo znaczące zasoby obliczeniowe HPC w „biurze”. Jednym z...
Wiele moich własnych prac dotyczy ulepszania skalowania algorytmów, a jednym z preferowanych sposobów wykazania równoległego skalowania i / lub wydajności równoległej jest wykreślenie wydajności algorytmu / kodu na podstawie liczby rdzeni, np. gdzie oś reprezentuje liczbę rdzeni, a oś pewną...
Uruchomiłem kod dynamiki molekularnej (MD) GROMACS w klastrze Ubuntu Linux składającym się z węzłów zawierających 24 procesory Intel Xeon. Moje szczególne zainteresowanie okazuje się nieco wrażliwe na zmiennoprzecinkową precyzję arytmetyczną, więc musiałem uruchomić GROMACS z podwójną precyzją, a...
Zajmuję się dziedziną, która niekoniecznie wykonuje wiele pracy HPC, a kiedy ją napotyka, często jest to wynikiem badań badaczy z innych dziedzin, którzy badają nowe zastosowania swoich metod i tym podobne. Przede wszystkim oznacza to, że tak naprawdę nigdy nie zostaje wprowadzony w trakcie studiów...
Używam Valgrind + Callgrind do profilowania napisanego przeze mnie solwera. Jak stwierdza instrukcja obsługi Valgrind, skompilowałem swój kod z opcjami debugowania dla kompilatora: „Bez informacji o debugowaniu najlepsze narzędzia Valgrind, które można zrobić, to odgadnięcie, do której funkcji...
Rzeczą, której najbardziej nie lubię w MPI, jest zajmowanie się typami danych (tj. Mapami / maskami danych), ponieważ nie pasują one tak dobrze do obiektowo zorientowanego C ++. boost::mpiobsługuje jednak tylko MPI 1.1 z ich strony internetowej: boost :: mpi to przyjazny interfejs C ++ do...
Ponieważ to pytanie dotyczy obliczeń, postanowiłem opublikować tutaj. Mam nadzieję, że zostanie to uznane za właściwe. Właśnie zacząłem uruchamiać modele atmosferyczne i oceaniczne i zdaję sobie sprawę, że potrzebuję więcej rdzeni, pamięci i miejsca na dysku niż ma obecny pulpit. Moja instytucja...
W przypadku aplikacji wymagających znacznych zasobów obliczeniowych wysoka wydajność może być krytycznym czynnikiem, jeśli chodzi o dostarczanie wyników naukowych lub osiąganie „przełomów” w rozsądnym czasie. Ile czasu i wysiłku powinni twórcy oprogramowania zainwestować w optymalizację...
Obliczenia równoległe są często modelowane przy użyciu deterministycznej lokalnej szybkości obliczeń, obciążenia związanego z opóźnieniami i przepustowości sieci. W rzeczywistości są one zmienne przestrzennie i niedeterministyczne. Badania takie jak Skinner i Kramer (2005) obserwują rozkłady...
Szukam wiarygodnych referencji określających, ile zasobów superkomputery wydają na koordynację, a nie na faktyczną pracę związaną z zadaniami. Zasoby mogą być dostępną mocą obliczeniową, ale nawet waty wydają się być prawidłową jednostką. Wierzę, że jeden z moich profesorów lub podręczników...
W ostatnich latach pojawiło się kilka projektów bibliotek / oprogramowania, które oferują jakąś formę równoległego zarządzania pamięcią współużytkowaną opartą na danych ogólnych. Główną ideą jest to, że zamiast pisać kod z jawnym wątkiem, programiści implementują swoje algorytmy jako zadania...