W początkach systemu OS X wydawało się, że jest dużo hałasu, przynajmniej w świecie komputerów Mac (w tamtym czasie nie byłem tak blisko obliczeń naukowych) na temat Mac OS jako platformy do obliczeń naukowych i aplikacji HPC. XGrid wyszedł z pudełka, Virginia Tech miała swój fantazyjny klaster...
Nasza grupa robocza tworzy aplikację komputerową, która symuluje wydajność energetyczną budynku. Jest to aplikacja .NET, a gdy użytkownik uruchamia wiele symulacji, może to zająć dużo czasu. Symulacje są w pełni zrównoleglalne, a my mamy bardzo znaczące zasoby obliczeniowe HPC w „biurze”. Jednym z...
Planuję użyć multigrid do obliczenia wartości własnych i wektorów, i zauważyłem, że PETSc ma wsparcie wysokiego poziomu dla multigrid. Dokumentacja PETSc mówi, że ta część PETSc nie powinna być używana, ponieważ wkrótce zostanie wymieniona. Które inne biblioteki mają obsługę wysokiego poziomu dla...
Ponieważ to pytanie dotyczy obliczeń, postanowiłem opublikować tutaj. Mam nadzieję, że zostanie to uznane za właściwe. Właśnie zacząłem uruchamiać modele atmosferyczne i oceaniczne i zdaję sobie sprawę, że potrzebuję więcej rdzeni, pamięci i miejsca na dysku niż ma obecny pulpit. Moja instytucja...
Rzeczą, której najbardziej nie lubię w MPI, jest zajmowanie się typami danych (tj. Mapami / maskami danych), ponieważ nie pasują one tak dobrze do obiektowo zorientowanego C ++. boost::mpiobsługuje jednak tylko MPI 1.1 z ich strony internetowej: boost :: mpi to przyjazny interfejs C ++ do...
Używam Valgrind + Callgrind do profilowania napisanego przeze mnie solwera. Jak stwierdza instrukcja obsługi Valgrind, skompilowałem swój kod z opcjami debugowania dla kompilatora: „Bez informacji o debugowaniu najlepsze narzędzia Valgrind, które można zrobić, to odgadnięcie, do której funkcji...
Zajmuję się dziedziną, która niekoniecznie wykonuje wiele pracy HPC, a kiedy ją napotyka, często jest to wynikiem badań badaczy z innych dziedzin, którzy badają nowe zastosowania swoich metod i tym podobne. Przede wszystkim oznacza to, że tak naprawdę nigdy nie zostaje wprowadzony w trakcie studiów...
Mam PETSc Mati chciałbym oszacować jego numer
Moja grupa badawcza koncentruje się na dynamice molekularnej, która oczywiście może generować gigabajty danych w ramach jednej trajektorii, którą należy następnie przeanalizować. Kilka problemów, którymi się zajmujemy, wiąże się z korelacjami w zbiorze danych, co oznacza, że musimy śledzić duże...
Bawiłem się PETSc i zauważyłem, że kiedy uruchamiam mój program z więcej niż jednym procesem przez MPI , wydaje się, że działa jeszcze wolniej ! Jak mogę sprawdzić, co się
Gdziekolwiek widziałem, tutorial / dokumenty PETSc itp. Mówią, że jest to przydatne w algebrze liniowej i zwykle określa, że korzyści będą miały systemy rzadkie. Co z gęstymi matrycami? Jestem zaniepokojony rozwiązywania dla gęstej A .A x = bAx=bAx=bZAZAA W Fortranie napisałem własny kod dla CG...
Pytanie: Jakie metody są dostępne w celu dokładnego i wydajnego obliczenia struktury rzadkości matrycy elementów skończonych? Informacje: Pracuję nad solwerem Poissona Równania Ciśnienia, stosując metodę Galerkina z kwadratową podstawą Lagrange'a, napisaną w C, i używam PETSc do rzadkiego...
Wniosek tutaj: O ile lepsze są naprawdę kompilatory Fortran? jest to, że gfortran i gcc są tak szybkie, jak prosty kod. Chciałem więc spróbować czegoś bardziej skomplikowanego. Wziąłem przykład strzelania do normy spektralnej. Najpierw wstępnie obliczam macierz 2D A (:, :), a następnie obliczam...
Funkcja ma osobliwość zbliżoną do x = 0 . Osobliwość tę można jednak znieść: dla x = 1 należy mieć f ( x ) = 1 , ponieważ e x = ∑ k = 0 x kf:x↦(ex−1)/xf:x↦(ex−1)/xf \colon x \mapsto (e^x-1)/xx=0x=0x = 0x=1x=1x = 1f(x)=1f(x)=1f(x) = 1 a zatem (ex-1)/x=∑k=1x k - 1ex=∑k=0xkk!ex=∑k=0xkk! e^x =...
Czytałem książkę Computer Simulation of Liquids autorstwa Allena i Tildesleya. Począwszy od strony 71, autorzy omawiają różne algorytmy stosowane do integracji równań ruchu Newtona w symulacjach dynamiki molekularnej (MD). Począwszy od strony 78, autorzy omawiają algorytm Verleta, który jest być...
W przypadku aplikacji wymagających znacznych zasobów obliczeniowych wysoka wydajność może być krytycznym czynnikiem, jeśli chodzi o dostarczanie wyników naukowych lub osiąganie „przełomów” w rozsądnym czasie. Ile czasu i wysiłku powinni twórcy oprogramowania zainwestować w optymalizację...
Zwykle piszę kod seryjny, a kiedy to robię, piszę testy jednostkowe za pomocą szkieletu testowego w stylu xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose lub szkielet testowy Google C ++). Na podstawie pobieżnej wyszukiwarki Google nie widziałem wiele na temat tego, jak praktykujący testują kod jednostkowy,...
Studia przypadków w mojej rozprawie doktorskiej wymagają przedłużenia interwałów podprogramów Fortrana w CHEMKIN-II (przepraszam za link; to najlepsze, jakie mogłem znaleźć dla pakietu, który nie jest już dystrybuowany przez Sandia National Laboratory). CHEMKIN-II to pakiet chemiczny stosowany w...
Muszę rozwiązać ten sam rzadki układ liniowy (300 x 300 do 1000 x 1000) z wieloma prawymi bokami (300 do 1000). Oprócz tego pierwszego problemu chciałbym również rozwiązać różne systemy, ale z tymi samymi niezerowymi elementami (tylko różne wartości), to znaczy wiele rzadkich systemów o stałym...
Używam GSL jako podstawy wielu moich symulacji, ale jest to trochę przesada dla moich celów i określa swój własny złożony typ ze względów starszych. Czy zamiast kodu mojego własnego solvera ODE Runge-Kutta, który prawdopodobnie nie byłby bardzo wydajny, czy istnieją jakieś solwery ODE typu open...