Moja grupa badawcza koncentruje się na dynamice molekularnej, która oczywiście może generować gigabajty danych w ramach jednej trajektorii, którą należy następnie przeanalizować. Kilka problemów, którymi się zajmujemy, wiąże się z korelacjami w zbiorze danych, co oznacza, że musimy śledzić duże...
Rozwijam jakiś większy kod do wykonywania obliczeń wartości własnych ogromnych rzadkich macierzy w kontekście fizyki obliczeniowej. Moje procedury sprawdzam na prostym oscylatorze harmonicznym w jednym wymiarze, ponieważ wartości własne są dobrze znane analitycznie. Robiąc to i porównując własne...
Czy ktoś tutaj używał obliczeń naukowych o podwójnej precyzji z procesorami graficznymi nowej generacji (np. K20) za pośrednictwem Pythona? Wiem, że ta technologia szybko się rozwija, ale jaki jest obecnie najlepszy sposób? GPU nie wchodzi w zakres popularnych naukowych bibliotek Pythona numpy i...
Piszę powtarzalny artykuł, a artykuł ma wyniki obliczeń generowane przez skrypt Pythona (podobny skrypt MATLAB generuje prawie identyczne wyniki). Wydaje mi się, że artykuł byłby łatwiejszy do zrozumienia dla czytelników, gdyby mogli dopasować obliczenia w artykule do obliczeń w kodzie. Praca...
Chcę zaimplementować następujące wyrażenie w Pythonie: gdzie x i y są tablicami liczbowymi o rozmiarze n , a k to tablica liczbowa o wielkości n × n . Rozmiar n może wynosić do około 10000, a funkcja jest częścią wewnętrznej pętli, która będzie oceniana wiele razy, więc szybkość jest ważna.xja=...
Mam problem z implementacją funkcji numerycznie. Cierpi na tym fakt, że przy dużych wartościach wejściowych wynik jest bardzo dużą liczbą razy bardzo małą liczbą. Nie jestem pewien, czy katastrofalne anulowanie jest właściwym terminem, więc proszę mnie poprawić, jeśli tak jest. Dowody na coś nie...
Mam frustrację związaną ze sposobem, w jaki Matlab obsługuje integrację numeryczną vs. Scipy. Poniżej obserwuję następujące różnice w moim kodzie testowym: Wersja Matlaba działa średnio 24 razy szybciej niż mój odpowiednik w Pythonie! Wersja Matlaba jest w stanie obliczyć całkę bez ostrzeżeń,...
Stosowałem różne metody do obliczania zarówno rangi macierzy, jak i rozwiązania układu równań macierzowych. Natknąłem się na funkcję linalg.svd. Porównując to do własnych wysiłków związanych z rozwiązaniem systemu z eliminacją Gaussa, wydaje się on zarówno szybszy, jak i bardziej precyzyjny....
Jestem nowy w programowaniu i próbuję rozwiązać swój pierwszy duży problem i napisać swój pierwszy duży program. Szukałem przykładów kodu open source do nauki, ale jak dotąd znalazłem tylko kod w językach, których nie do końca rozumiem lub które zawierają pokrewne, ale wciąż zbyt odległe rzeczy,...
Istota mojego pytania jest następująca: mam system dwóch ODE. Jeden ma ograniczenie wartości początkowej, a drugi ograniczenie wartości końcowej. Można to traktować jako pojedynczy system z ograniczeniem wartości początkowej dla niektórych zmiennych i ograniczeniem wartości końcowej dla...
Próbuję dowiedzieć się, czy istnieje szybszy sposób obliczenia wszystkich wartości własnych i wektorów własnych bardzo dużej i rzadkiej macierzy przylegania niż przy użyciu scipy.sparse.linalg.eigsh O ile mi wiadomo, metody te wykorzystują tylko rzadkość i atrybuty symetrii macierzy. Macierz...
Muszę rozwiązać s.t.minx∥Ax−b∥22,∑ixi=1,xi≥0,∀i.minx‖Ax−b‖22,s.t.∑ixi=1,xi≥0,∀i.\begin{alignat}{1} & \min_{x}\|Ax - b\|^2_{2}, \\ \mathrm{s.t.} & \quad\sum_{i}x_{i} = 1, \\ & \quad x_{i} \geq 0, \quad \forall{i}. \end{alignat} Myślę , że to kwadratowy problem, który powinien być rozwiązany za...
Próbuję zaimplementować metodę Runge-Kutta czwartego rzędu do rozwiązywania ODE pierwszego rzędu w Pythonie, tj. . Rozumiem, jak działa ta metoda, ale próbuję napisać skuteczny algorytm, który minimalizuje liczbę obliczeń f (x, y), ponieważ jest to dość kosztowne. Powiedziano mi, że możliwe jest...
Muszę napisać skończony kod głośności dla magnetohydrodynamiki (MHD). Pisałem wcześniej kod numeryczny, ale nie w tej skali. Chciałem tylko zapytać, który będzie dobrym wyborem, używając struktury danych (podejście zorientowane obiektowo) z klasami lub po prostu używając wielu tablic dla różnych...
Proszę wymienić pakiet Python (petsc4py itp.) Oraz rzadkie obsługiwane przez nie bezpośrednie solwery. Poproszę jedną odpowiedź (wiki-społeczności) na
Mam zestaw danych 3-wymiarowych punktów, dla których chciałbym zbudować siatkę, używając Pythona. Całe oprogramowanie, które widziałem, wymaga podania krawędzi. Czy w Pythonie jest program, który jako dane wejściowe przyjmuje zestaw punktów w 3D i generuje siatkę? Jeśli to możliwe, chciałbym, aby...
Mam problem fizyczny rządzony równaniem Poissona w dwóch wymiarach Mam pomiary dwóch składników gradientu ∂ u / ∂ x i ∂ u / ∂ y wzdłuż pewnej części granicy, Γ m , więc chciałbym narzucić ∂ u−∇2u=f(x,y),inΩ−∇2u=fa(x,y),janΩ -\nabla^2 u = f(x,y), \; in \; \Omega ∂u /...
O ile wolniej jest Petsc4py vs C / C ++ / Fortran? Zdaję sobie sprawę, że będzie to w znacznym stopniu zależeć od wykonywanego kodu, ale co z czymś prostym, takim jak produkt
CVXOPT: http://abel.ee.ucla.edu/cvxopt/index.html OpenOpt: http://openopt.org/Welcome Jaki jest związek między nimi? Jakie są ich zalety / wady? BTW, czy jest jakaś inna wysokiej jakości biblioteka optymalizacji wypukłej ogólnego przeznaczenia dla Python / C
Czy są jakieś algorytmy wykrywania społeczności dla grafów dwustronnych (sieci 2-trybowe) zaimplementowane w igraph, networkX, R lub Python itp.? W szczególności, czy istnieje takie wdrożenie, w którym można by ograniczyć wykrywanie społeczności tylko w jednym z dwóch...