Prowadzę symulacje dynamiki molekularnej (MD) przy użyciu kilku pakietów oprogramowania, takich jak Gromacs i DL_POLY. Gromacs obsługuje teraz zarówno algorytmy dekompozycji cząstek, jak i dekompozycji domen. Domyślnie symulacje Gromacs wykorzystują rozkład domen, chociaż przez wiele lat, do...
Optymalizuję funkcję 10-20 zmiennych. Zła wiadomość jest taka, że ocena każdej funkcji jest kosztowna, około 30 minut obliczeń szeregowych. Dobrą wiadomością jest to, że mam do dyspozycji klaster z kilkudziesięcioma węzłami obliczeniowymi. Zatem pytanie: czy są dostępne algorytmy optymalizacji,...
Ludzie informatyki: I pierwotnie opublikowany na to pytanie w matematyce Stos Exchange i ktoś powiedział, że mogę dostać się „znacznie lepiej” odpowiedź tutaj: Jestem nowicjuszem w metodach numerycznych i Matlabie. Próbuję oszacować następującą sumę dwóch potrójnych całek (można to oczywiście...
Muszę obliczyć następującą całkę: Gdziejest macierzą (kinetyka jednej cząstki i energia potencjalna wyrażona w podstawie),jest macierzą zależną od(funkcja Greena jednego ciała dla wielu ciał), a całka konturu jest lewym półkolem. Całkama bieguny na ujemnej osi rzeczywistej i ocena jest kosztowna....
Pozwól x, ybyć dwóch liczb zmiennoprzecinkowych. Jaki jest właściwy sposób na obliczenie ich średniej? Naiwny sposób (x+y)/2może doprowadzić do przepełnienia kiedy xi ysą zbyt duże. Myślę, że 0.5 * x + 0.5 * ymoże lepiej, ale wiąże się to z dwoma multiplikacjami (co może być nieefektywne) i nie...
Regularnie biorę udział w tak zwanych „konkursach programistycznych”, w których rozwiązujesz trudne problemy algorytmiczne za pomocą własnego kodu i umiejętności rozwiązywania problemów w ograniczonym czasie. Aby zapoznać się z przykładowymi przykładami tego, jak mogą one wyglądać, wyszukaj...
Przepraszam za długi post, ale chciałem załączyć wszystko, co uważałem za istotne za pierwszym razem. Czego chcę Wdrażam równoległą wersję Krystalicznych metod podprzestrzeni dla gęstych matryc. Głównie GMRES, QMR i CG. Zdałem sobie sprawę (po profilowaniu), że moja procedura DGEMV była żałosna....
Szukam implementacji typu open source (dowolne z Python, C, C ++, Fortran jest w porządku) racjonalnego zbliżenia do funkcji. Coś w tym artykule [1]. Daję mu funkcję i zwraca mi dwa wielomiany, których stosunek jest przybliżeniem dla danego interwału, a błąd oscyluje z tą samą amplitudą i jest to...
Załóżmy, że mam dwa pliki VTK, oba w ustrukturyzowanym formacie siatki. Strukturyzowane siatki są takie same (mają tę samą listę punktów, w tej samej kolejności), aw każdym pliku VTK znajduje się pole, nazwij je „Phi”. Chcę utworzyć trzeci plik VTK, ponownie z tą samą strukturą siatki i wykreślić...
Moja grupa badawcza koncentruje się na dynamice molekularnej, która oczywiście może generować gigabajty danych w ramach jednej trajektorii, którą należy następnie przeanalizować. Kilka problemów, którymi się zajmujemy, wiąże się z korelacjami w zbiorze danych, co oznacza, że musimy śledzić duże...
Czasami podczas optymalizacji kodu wymagane jest odmierzanie czasu niektórych fragmentów kodu, korzystam z poniższych od lat, ale zastanawiałem się, czy istnieje prostszy / lepszy sposób na zrobienie tego? call system_clock(count_rate=clock_rate) !Find the time rate call
W symulacji półprzewodników często równania są skalowane, aby miały znormalizowane wartości. Na przykład w skrajnych przypadkach gęstość elektronów w półprzewodnikach może zmieniać się o ponad 18 rzędów wielkości, a pole elektryczne może zmieniać się kształtnie, o ponad 6 (lub więcej) rzędów...
Prowadzę zajęcia z analizy numerycznej i szukam motywacji do metody BFGS dla studentów z ograniczonym zapleczem / intuicją w optymalizacji! Chociaż nie mam czasu, aby rygorystycznie udowodnić, że wszystko się zbiega, staram się uzasadnić, dlaczego może pojawić się aktualizacja Hesji BFGS....
Rozwijam jakiś większy kod do wykonywania obliczeń wartości własnych ogromnych rzadkich macierzy w kontekście fizyki obliczeniowej. Moje procedury sprawdzam na prostym oscylatorze harmonicznym w jednym wymiarze, ponieważ wartości własne są dobrze znane analitycznie. Robiąc to i porównując własne...
Meta zdawała się sugerować, że porady dotyczące kariery są w porządku. . . więc tutaj idzie. Mam kilku bliskich przyjaciół w dziedzinie ML i modelowania matematycznego, którzy właśnie kończą studia doktoranckie i zaczynają szukać pracy. Obaj są dość wykwalifikowani i utalentowani, ale nie są...
Miałem wgląd w analizę numeryczną (głównie metody numeryczne, takie jak znajdowanie pierwiastków, równania kwadratowe i inne wstępne rzeczy) w mojej klasie Calculus, ale teraz chcę bardziej wyrafinować w swojej pracy. Czy istnieje dobra książka, która pomoże mi zrozumieć pojęcia takie jak...
Częstym problemem w statystyce jest obliczanie pierwiastka kwadratowego odwrotnego symetrycznej dodatniej macierzy określonej. Jaki byłby najbardziej efektywny sposób obliczenia tego? Natknąłem pewnym literaturze (które nie zostały jeszcze przeczytane) oraz jakiegoś przypadkowego kodu R tutaj ,...
Tworzę prosty symulator astronomiczny, który powinien wykorzystywać fizykę newtonowską do symulacji ruchu planet w układzie (lub dowolnych obiektach, jeśli o to chodzi). Wszystkie ciała są okręgami na płaszczyźnie euklidesowej, które mają takie właściwości, jak położenie, prędkość, masa, promień i...
Wydaje się, że istnieją dwa główne rodzaje funkcji testowych dla optymalizatorów bez pochodnych: jednowierszowe, takie jak funkcja Rosenbrock ff., z punktami początkowymi zestawy rzeczywistych punktów danych, z interpolatorem Czy można porównać powiedzmy 10d Rosenbrock z prawdziwymi...
Istnieje wiele schematów FD dla równania porady dyskutować w sieci. Na przykład tutaj: http://farside.ph.utexas.edu/teaching/329/lectures/node89.html∂T∂t+u∂T∂x=0∂T∂t+u∂T∂x=0\frac{\partial T}{\partial t}+u\frac{\partial T}{\partial x}=0 Ale nie widać każdy zaproponowanie "ukryte" wiatr schemat...