Naukowe badanie zasad dziedziczenia i zmienności cech dziedzicznych wśród spokrewnionych organizmów.
Trochę się mylę co do wyboru funkcji i uczenia maszynowego i zastanawiałem się, czy możesz mi pomóc. Mam zestaw danych mikromacierzy, który jest podzielony na dwie grupy i ma tysiące funkcji. Moim celem jest uzyskanie niewielkiej liczby genów (moich cech) (10–20) w sygnaturze, którą teoretycznie...
Innymi słowy, w oparciu o następujące, czym jest p? Aby uczynić to problemem matematycznym niż antropologicznym lub nauk społecznych i uprościć problem, załóżmy, że partnerzy są wybierani z jednakowym prawdopodobieństwem w całej populacji, z tym wyjątkiem, że rodzeństwo i pierwsi kuzyni nigdy nie...
Mam wartości p z wielu testów i chciałbym wiedzieć, czy rzeczywiście jest coś znaczącego po poprawieniu wielu testów. Komplikacja: moje testy nie są niezależne. Metoda, o której myślę (wariant metody produktu Fishera, Zaykin i wsp., Genet Epidemiol , 2002) wymaga korelacji między wartościami...
Precyzja jest zdefiniowana jako: p = true positives / (true positives + false positives) Czy jest to prawidłowe, że, jak true positivesi false positivespodejście 0, precyzja zbliża 1? To samo pytanie do przypomnienia: r = true positives / (true positives + false negatives) Obecnie wdrażam...
W badaniach asocjacyjnych całego genomu (GWAS): Jakie są główne elementy? Dlaczego są używane? Jak są obliczane? Czy można przeprowadzić badanie asocjacyjne obejmujące cały genom bez użycia
W badaniach ekspresji genów za pomocą mikromacierzy dane dotyczące intensywności muszą zostać znormalizowane, aby można było porównać intensywności między poszczególnymi osobami, między genami. Pojęciowo i algorytmicznie, jak działa „normalizacja kwantowa” i jak wytłumaczyłbyś to...
Mam nadzieję, że ktoś na tych forach pomoże mi rozwiązać ten podstawowy problem w badaniach nad ekspresją genów. Przeprowadziłem głębokie sekwencjonowanie tkanki eksperymentalnej i kontrolnej. Następnie uzyskałem krotną wartość wzbogacenia genów w próbce eksperymentalnej nad kontrolą. Referencyjny...
Staram się podsumować to, co do tej pory rozumiałem w karanej analizie wielowymiarowej z wielowymiarowymi zestawami danych, i wciąż uzyskanie właściwej definicji kary miękkiego progowania w porównaniu z penalizacją Lasso (lub ).L1L1L_1 Dokładniej, wykorzystałem rzadką regresję PLS do analizy...
Jeśli postawię hipotezę, że sygnatura genu pozwoli zidentyfikować osoby o niższym ryzyku nawrotu, to znaczy obniży się o 0,5 (współczynnik ryzyka 0,5), wskaźnik zdarzeń u 20% populacji i zamierzam użyć próbek z retrospektywnego badania kohortowego wielkość próby musi być dostosowana do nierównych...
Dlaczego ktoś stosuje wiek i kwadrat do wieku jako zmienne towarzyszące w badaniu asocjacji genetycznej? Rozumiem użycie wieku, jeśli zostało ono zidentyfikowane jako znacząca zmienna towarzysząca, ale nie mam pojęcia, jak wykorzystać wiek
Tło biologiczne Z czasem niektóre gatunki roślin mają tendencję do powielania całych genomów, uzyskując dodatkową kopię każdego genu. Z powodu niestabilności tej konfiguracji wiele z tych genów jest następnie usuwanych, a genom układa się ponownie i stabilizuje, gotowy do powtórzenia. Te zdarzenia...
Mam dwa zestawy danych z badań asocjacyjnych całego genomu. Jedyne dostępne informacje to iloraz szans i wartość p dla pierwszego zestawu danych. Dla drugiego zestawu danych mam iloraz szans, wartość p i częstotliwości alleli (AFD = choroba, AFC = kontrola) (np. 0,321). Próbuję wykonać metaanalizę...
Mam macierz , gdzie to liczba genów, a to liczba pacjentów. Każdy, kto pracował z takimi danymi, wie, że jest zawsze większe niż . Korzystając z wyboru funkcji, zredukowałem do bardziej rozsądnej liczby, jednak jest nadal większe niż .n × pn×pn\times ppppnnnpppnnnppppppnnn Chciałbym obliczyć...
W artykule, który ostatnio czytałem, w sekcji analizy danych natknąłem się na następujący fragment: Tabela danych została następnie podzielona na tkanki i linie komórkowe, a dwie podtabele zostały oddzielnie wypolerowane mediany (wiersze i kolumny zostały iteracyjnie dostosowane do mediany 0)...
Mam dwa zestawy danych z badań asocjacyjnych całego genomu. Jedynymi dostępnymi informacjami są współczynniki nieparzyste i przedziały ufności (95%) dla każdego genotypowanego SNP. Chcę wygenerować działkę leśną porównującą te dwa współczynniki szans, ale nie mogę znaleźć sposobu na obliczenie...
Weź 20 losowych punktów w przestrzeni 10 000 wymiarów z każdą współrzędną id matematyczną . Podziel je na 10 par („pary”) i dodaj średnią każdej pary („dziecka”) do zestawu danych. Następnie wykonaj PCA na uzyskanych 30 punktach i wykreśl PC1 vs PC2.N(0,1)N(0,1)\mathcal N(0,1) Dzieje się coś...